本法为药王孙思邈所传，十二经各取一穴，称为十二真元灵穴。十二灵穴分为六阴六阳，阴阳相合，匹配为六对灵穴，治疗时依施治的时间，选取一个主穴，在按照阴阳匹配的原则，选取一个辅穴。两个灵穴，一正一辅，阴阳相合，可以起到针一穴而治全身，调节人体阴阳平衡，打通人体周天经络，整体治疗，针到病除。这种方法，比传统的子午流注简单许多（只有六对共十二个灵穴，且都在肘膝关节以下），治疗时，不问何人，不问何病，只取时间。选取治疗时间的日、时，其中日取天干以象天，时取地支以象地，日的天干和时的地支结合，依法推算，从六对灵穴中选取一对灵穴进行针刺。本法虽然简单，形成极为周密的数理模式，体现了阴阳哲理，与天文数理相合，与传统的子午流注、灵龟八法、飞腾八法有异曲同工之妙。
1，十二经六对阴阳真元灵穴
合谷穴（阳穴）手阳明大肠经原穴
中都穴（阴穴）足厥阴肝经俞穴
腕骨穴（阳穴）手太阳小肠经原穴
列缺穴（阴穴）手太阴肺经络穴
阳池穴（阳穴）手少阳三焦经原穴
内关穴（阴穴）手厥阴心包经络穴
丘墟穴（阳穴）足少阳胆经原穴
公孙穴（阴穴）足太阴脾经之络穴
冲阳穴（阳穴）足阳明胃经原穴
水泉穴（阴穴）足少阴肾经郄穴
京骨穴（阳穴）足太阳膀胱经原穴
通里穴（阴穴）手少阴心经络穴
此十二阴阳灵穴，药王孙思邈在《备急千金要方》中称为十二原穴。原者真元之意也。乃采聚天地灵气，内炼修真，天人相通，天人合一的十二个真元通道。有别于后世医家的十二正经之原穴。这一点要注意。
2，应用原则
阳日阳时，阴穴为主，阳穴为辅；
阴日阴时，阳穴为主，阴穴为辅；
阳日阴时，阳穴为主，阴穴为辅；
阴日阳时、阴穴为主，阳穴为辅。
先针主穴，行针气至，后针辅穴。
3，干支阴阳
天干阴阳：
甲丙戊庚壬为阳，乙丁己辛癸为阴
地支阴阳：
子寅辰午申戌为阳，丑卯巳未酉癸为阴。
4，药王阴阳十二灵穴取穴
首先明确治疗时的日天干和时辰地支，再按照所应用的灵穴即可。
壬子、癸丑两日的取法有所不同，乃依皇极先天之数，故独立列出，其意如下：
阴阳不质五行而质气，气质即形，则胎、生、墓、死。所以甲猶草木之原，因壬癸无行于天，质具于地，质气于分，阴质阳气，故阳主变化，阴主专静，是以脏腑示原，明藏隐秘。
壬子、癸丑乃重其位。壬癸为天干之终，其中，壬为阳干之终，癸为阴干之终；子丑为地支之始，其中子为阳支之始，丑为阴支之始。故壬子、癸丑，相互配合，则终而又始，循环往复，为始终之地，为阴阳动静之枢纽，一顺一逆，一横一纵，一正一变，一生一克，交神合气，变化无穷。