农产品发票抵扣勾选前有一个要预先处理的过程，处理后才能正常勾选抵扣或者加计抵扣。以前也有写过关于农产品发票抵扣勾选的操作流程，但是近期这个预处理范围有所变化，所以重新写一下。
首先，农产品抵扣凭证类型有哪些，以及具体抵扣规则是什么?
1. 增值税专用发票/海关缴款书
一般纳税人取得的9%农产品专票或海关缴款书，按票面税额抵扣
2. 农产品销售/收购发票
农业生产者自产农产品免税普通发票或企业收购发票，按买价×9%计算抵扣
3. 小规模纳税人3%专票
可按9%计算抵扣（1%专票只能按票面税额抵扣）
4. 深加工企业加计抵扣
用于生产13%税率货物的农产品，领用时可加计1%抵扣（合计10%）
5. 核定扣除试点
液体乳、乳制品、酒、酒精、植物油等行业适用，不再凭发票抵扣
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其次，是抵扣勾选操作流程。分为三大块：
按上述分类（红色数字编号）大致可分为5种不同的勾选方式
①首先是无需预处理的农产品发票的勾选抵扣操作流程。这个就跟勾选一般的其他进项发票一样，直接查询“未勾选”，找到后勾选提交就行了，没啥特殊的，从上图也可看出这种直接勾的发票主要有四类。下面看看具体步骤。
（1）登录电子税务局，在首页“热门服务”模块点击【税务数字账户】。
（2）进入后点击【发票业务】。
（3）继续点击【发票勾选确认】
（4）点击【抵扣类勾选】。
（5）进入【抵扣勾选】-【发票】模块，“勾选状态”选择【未勾选】，选择“开票日期（起）”“开票日期（止）”后，点击【查询】。
如果是海关缴款书，则进入【抵扣勾选】-【海关缴款书】模块，“勾选状态”选择【未勾选】，选择“填发日期（起）”“填发日期（止）”后，点击【查询】。
（6）选择相应发票后，点击【提交勾选】，根据提示信息核对数据，如无误，点击【确定】，即完成操作。
②是税务机关代开的农产品发票，需要预处理，再勾选。
（1）在“抵扣类勾选”页面，点击【抵扣勾选】-【发票】-【代开农产品发票录入】。
（2）点击【添加行】，录入“发票代码”、“发票号码”、“开票日期”，系统会自动带出发票相关信息。并点击【确定】。
经过上述操作后，即可到【抵扣勾选】-【发票】模块对这些发票进行勾选。
③是税控系统开具的自产农产品增值税普通发票，需要预处理，再勾选。
（1）进入“抵扣类勾选”页面后，如当前有待处理农产品发票，会跳出温馨提示，可点击【立即前往】。
如果未跳出上图提示，也可进入【待处理农产品发票】-【自产农产品销售发票】模块，选择“开票日期（起）”“开票日期（止）”“是否处理”三个查询条件后，点击【查询】。
（2）勾选相应发票，并根据实际情况选择“类型”，点击【提交】。
经过上述操作后，即可到【抵扣勾选】-【发票】模块对这些发票进行勾选。
④是从小规模纳税人处购进的3%农产品专用发票，需要预处理，再勾选。
（1）点击【待处理农产品发票】-【从小规模处购进的3%农产品专票】会提示何种情况下可以使用该功能，点击【关闭】。
（2）选择“开票日期（起）”、“开票日期（止）”、“是否处理”三个查询条件后，点击【查询】，根据实际情况选择“类型”，点击【提交】。
经过上述操作，即可到【抵扣勾选】-【发票】模块对这些发票进行勾选。
⑤是农产品深加工企业加计扣除1%。，需要预处理，再勾选。
农产品类的发票完成抵扣勾选后，根据需要进行农产品加计扣除勾选。
（1）点击【农产品加计扣除勾选】，“勾选状态”选择【未勾选】，根据需要输入或选择相关查询条件，点击【查询】。
（2）如可加计扣除，在“是否用于增值税加计扣除”栏次，选择【用于加计】，填写【本次加计扣除税额】，点击【提交勾选】，根据提示信息核对数据，如无误，点击【确认】，即完成操作。
（3）如果是加计的海关缴款书，下图这里，点击【农产品加计扣除勾选】-【海关缴款书】，“勾选状态”选择【未勾选】，根据需要输入或选择相关查询条件，点击【查询】。在勾选操作区显示符合查询条件的海关缴款书信息。
如可加计扣除，在“是否用于增值税加计扣除”栏次，选择【用于加计】，点击【提交勾选】，即完成操作。
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最后，来看看一些热门问题
1. 申报表填写
在税务数字账户完成勾选抵扣操作之后，在增值税申报附表二，相应栏次填写进项金额，主表会自动带入相应数据。
（1）农产品收购发票或自产农产品销售发票按9%扣除率计算抵扣的，可抵扣税额填入《附列资料二》第6栏“农产品收购发票或者销售发票”中；
（2）代开3%农产品专票按9%抵扣计入《附列资料二》第6栏“农产品收购发票或者销售发票”中。
（3）9%专用发票，可抵扣税额填入《附列资料二》第2栏“其中：本期认证相符且本期申报抵扣”中；
（4）3%专用发票按扣除率9%计算抵扣的，可抵扣税额填入《附列资料二》第6栏；若按票面税额抵扣填入第2栏。
（5）海关进口增值税专用缴款书，可抵扣税额填入《附列资料二》第5栏“其中：海关进口增值税专用缴款书”中。
（6）已进行“加计扣除勾选”对应的税额，填入《附列资料二》第8a栏“加计扣除农产品进项税额”中。
2. 自产发票开具问题
需先完成自产自销农产品身份归类，才能开具可抵扣发票（这里的归类需要至税务机关申请，包括深加工企业的归类）。资产农产品发票左上角印有“自产农产品销售”字样。
3. 勾选撤销
未申报前可撤销勾选，选中’已勾选’发票点击’撤销勾选’
4. ‘公司+农户’模式优惠
可享受免征增值税和企业所得税优惠政策
5. 身份证信息异常
收购个人农产品时，销售方身份证年龄异常（<18或>70岁）会触发提醒
业务真实可提供合同、运输证明等材料向税务机关解释