从庞特勤仆固俊到阿厮兰汗
自骨力裴罗建立回纥汗国以来，回纥人在漠北草原统治了一百年之久，直到唐文宗开成五年（840）被黠戛斯人击破，从此被迫分为多支外迁塞北、河西与西域地区。
唐宣宗大中二年（848），西迁至原唐朝安西都护府境内的回鹘首领庞特勤在焉耆称汗，正式建立政权。
唐懿宗咸通七年（866），回鹘首领仆固俊击败吐蕃，占领北庭、轮台、西州、伊吾等城，此后逐渐以西州（高昌）为中心，史称“西州回鹘”、“和州（火州讹音）回鹘”或“高昌回鹘”。
回鹘人在安西、北庭故地的统治，是与当地的印欧语原住民紧密结合的。
自秦汉时代以来，西域地区就一直存在吐火罗人、塞种人建立的城郭诸国，南北朝以来又有许多东伊朗语的粟特人移民至此建立城镇，比如仆固俊派往唐朝的使者米怀玉与其任命的西州牧守安宁，就都是粟特人。
高昌回鹘自唐末以来，历经中原世界的五代、北宋、南宋与北方族系的辽、金、元三代，存国四百年。
在西域地区与塞种人后裔的于阗国、葱岭以西回鹘联合葛逻禄等突厥语部族建立的喀喇汗国三足鼎立，并对其东部的归义军、甘州回鹘等政权有着重要的影响力，而与东方的宋、辽、金等大国一直维持着朝贡贸易关系。
据《辽史》记载，自辽太祖元年（907）起，“和州回鹘”曾先后24次向辽进贡。辽也在天赞三年（924），曾“遣兵逾流沙，拔浮图城（北庭故城），尽取西鄙诸部”，高昌回鹘称臣于辽，为其属国，辽以其境置“高昌国大王府”。
在中原方面，后周广顺元年（951），北宋建隆三年（962）、乾德三年（965）、太平兴国六年（981），高昌回鹘都曾遣使来献方物，其王上书时自称“西州外生（甥）阿厮兰汉”，即比攀当年唐朝与回鹘汗国的甥舅关系，自称为中原大国的外甥，阿斯兰汗则为高昌回鹘国王的汗号，意为“狮子汗”。
太平兴国六年（981）五月，王延德、白勋等人出使高昌，直至雍熙元年（984）四月回京，向宋太宗报告了当时高昌回鹘的大概情况，据其传述：
师子王以高昌为冬都，以北庭为夏都，辖境南抵沙漠，与于阗相望，西辖龟兹，与喀喇汗国交界，统辖“南突厥、北突厥、大仲云、小仲云、样磨、葛逻禄、黠戛司、末蛮、格哆、预龙”等部族，堪称西域大国。
归顺西辽、蒙古与东迁
辽朝被金所灭后，契丹贵族耶律大石于金天会八年（1130）率众西征，越过大漠戈壁，曾停驻于漠北可敦城（即回鹘汗廷故城），又向西进入西域发展。
耶律大石在对高昌回鹘国王毕勒哥的书信中说，辽朝“与尔国非一日之好”“今我将西至大食，假道尔国，其勿致疑”，随后借道高昌回鹘，西征喀喇汗王朝，并于两年后称“菊儿汗”，建立西辽帝国。
西辽对西域原有政权均采取宽松政策，基本保留了东喀喇汗国、西喀喇汗国、高昌王国与花拉子模苏丹国，只是将其收为附庸。高昌回鹘也长期处于半独立状态，其君主称号也以“亦都护”一名见于史籍。
77年后的1209年，高昌回鹘王巴而术阿而忒的斤归顺成吉思汗，蒙古称其国为“畏兀儿”。
此后，巴而术阿而忒的斤传子玉古伦赤的斤，玉古伦赤的斤传子马木剌的斤，马木剌的斤传子火赤哈儿的斤，火赤哈儿的斤传子纽林的斤，世袭蒙古汗国下辖的高昌畏兀儿亦都护。
从其王名亦能看出，高昌回鹘依然传承了部分突厥文化，比如王名都带有“的斤”（即“特勤”）一词，这本来是突厥汗国与回鹘汗国时期的高级官号。
元朝中期，纽林的斤为了躲避海都与都哇之乱，率部迁居甘肃永昌，被任命为荣禄大夫、平章政事，领本部探马等军万人镇吐蕃宣慰司。元武宗时正式嗣位亦都护，元仁宗又封其为高昌王。
这部分高昌回鹘人逐渐与自唐末以来迁居河西的甘州回鹘后裔，一起发展为后世的“撒里畏兀儿”，即“黄头回纥”，即今甘肃的裕固族。