明洪武十四年即公元1381年，颖川候傅友德、永昌候蓝玉、西平候沐英平云南，留沐英镇守云南；洪武十五年即公元1382年，改元代“路”一级行政区划为府，设置云南承宣布政使司（掌政务）、提刑按察使司（理刑律）、都指挥使司（管军事），云南内陆设府、州、县，实行以流官为主的统治，在边远地区则建立宣慰司、宣抚司、安抚司、长官司、“御夷”府州等，全由土司管辖，明朝期间云南的辖境范围比元朝时期小，北部和东北部的部分地区划归四川和贵州，将罗罗斯(今四川西昌及凉山州区域）、乌撒（今贵州威宁一带）、乌蒙（今昭通一带）诸路改隶四川，将普安、普定、水西诸地改隶贵州，即现在的镇雄、威信、彝良、昭阳、鲁甸、会泽、东川、永善、绥江、巧家、盐津、大关等县市区曾划归四川省，公元1276年，又划回云南，今贵州的盘县、普县、兴义、兴仁、安顺、普定、镇宁、关岭、晴隆等县划归贵州；洪武二十二年即公元1389年，沐英“携江南、江西人民二百五十余万入滇，给予籽种资金，区划地亩，分布于临安、曲靖、云武、姚安、大理、鹤庆、永昌、腾冲各郡县，并奏移山东、江西富民六十余万户充滇”，二十四年即公元1391年，“又奏请移湖南、江南居民八十万实滇，并请发库帑三百万两，帝均允之”，明朝移民是云南历史上有确切记载、规模空前的朝代，大量汉族移民进入云南，昆明汉族人口首次超过本地土著居民；清顺治十八年即公元1661年,沐英第十一世孙沐天波随永历帝入缅，在“咒水之难”遇害，明王朝对云南统治结束。
明代云南政区设置：
云南府，治昆明县，领四州九县：云南府领四县【昆明县、富民县、宜良县、罗次县（今禄丰县北之碧城）】，云南府晋宁州领二县【归化县（今呈贡马金铺）、呈贡县】，云南府安宁州领二县【禄丰县、三泊县（今安宁西南之县街）】，云南府昆阳州领一县（易门县），嵩明州【明洪武十五年（公元1382年）改嵩盟，成化十八年（公元1482年）恢复嵩明名】
大理府，治太和县，领四州三县一长官司：太和县（今大理市）、赵州（今大理凤仪）、云南县（今祥云县）、邓川州（今洱源邓川）、浪穹县（今洱源县）、宾川州、云龙州、十二关长官司（今祥云县楚场西北约二十里）
临安府，治建水州，领四州五县十长官司：建水州，石屏州，阿迷州（今开远市），宁州（今华宁县）领五县【通海县、河西县（今通海县河西）、嶍峨县（今峨山县）、蒙自县、新平县】，纳楼茶甸长官司（今建水县官厅），教化三部长官司（今文山县），王弄山长官司（今河口县），安南长官司（今屏边县），八寨长官司（今马关县），亏容甸长官司（今红河县），溪处甸长官司（今红河县），思陀甸长官司（今红河县），左能寨长官司（今红河县），落恐甸长官司（今红河县）
永昌府，治保山县，领三州二县、五安抚司、五宣抚司、六长官司：保山县、凤溪长官司（今保山县东北部凤溪镇）、施甸长官司（今施甸县）、镇道安抚司（今泸水县）、杨塘安抚司（今潞江和境外恩梅开江以东地带）、茶山长官司（今缅甸克钦邦东北部恩梅开江支流小江流域一带）、永平县、腾越州（今腾冲县）、瓦甸安抚司（今腾冲县）、潞江安抚司、南甸宣抚司（今梁河县）、盏达副宣抚司（今盈江县）、干崖宣抚司（今盈江县）、户撒长官司（今陇川县）、腊撒长官司（今陇川县）、陇川宣抚司（今陇川县）、猛卯安抚司（今瑞丽市）、遮放副宣抚司（今德宏潞西市遮放）、芒市长官司（今德宏芒市）、镇康州（今镇康县）、湾甸州（今昌宁县）
楚雄府，治楚雄县，领二州五县：楚雄府领二县【楚雄县、定远县（今牟定县）】，南安州（今双柏县）领二县【广通县（今禄丰敦仁）、鄂嘉县（今双柏鄂嘉）】，镇南州（今南华县）领一县【定边县（今南涧县）】
曲靖军民府，治南宁县，领四州二县一府一卫：南宁县（今曲靖市），沾益州，陆凉州，马龙州，罗平州领一县【亦佐县（今富源县）】，平夷卫（今富源县），寻甸府
澄江府，治河阳县，领二州三县：澄江府领三县【河阳县（今澄江县）、江川县、阳宗县（今澄江阳宗镇）】，新兴州（今玉溪红塔区），路南州（今石林县）
蒙化府，治巍山县
鹤庆军民府，治鹤庆，领一州：剑川州
姚安府，治姚州，领一州一县：姚州（今姚安县）、大姚县
广西府，治泸西，领三州：师宗州、弥勒州、维摩州（今丘北县）
寻甸军民府，治寻甸
武定府，治和曲州，领二州一县：和曲州（今武定县）、元谋县、禄劝州
景东府，治景东县，领一州：威远州（今景谷县）
元江府，治今元江澧江镇，领二州一长官司：奉化州【因远罗必甸（今元江）长官司】、恭顺州（今墨江、新平）、钮兀长官司（今江城县）
丽江军民府，治通安州，领七州一县二长官司：通安州（丽江县城）、宝山州（今丽江大具）、兰州（今兰坪县）、巨津州（今丽江巨甸）、临西县（今维西县）、剌和庄长官司（今德钦县）、革甸长官司（今中甸县）、北胜州（今永胜县）、顺州（今永胜西部之顺州）、蒗蕖州（今宁蒗县）
广南府，治广南县，领一州：富州（今富宁县）
顺宁府，治顺宁，领二州二长官司：广邑州（今昌宁县）、云州（公元1598年以前称大候长官司，今云县）、猛缅长官司（今临翔区）、孟连长官司（今孟连县）
永宁府，治今宁蒗西北永宁，领四长官司：革甸长官司（今中甸东北至四川木里县西北一带）、剌次和长官司（今四川木里县南、盐源县北部一带）、香罗长官司（今四川木里县西北与稻城连接地带）、瓦鲁之长官司（今四川稻城境内）
镇沅府，治今按板镇老城，领二长官司：禄谷寨长官司（《明史.地理七.云南》载在府城东北二百五十里地，永乐十年即公元1412年4月，以禄平寨置）、者乐甸长官司（今镇沅县恩乐镇）
孟定府，治今耿马县孟定镇，领一司：耿马安抚司（今耿马县）
车里宣慰司（今景洪市）
靖安宣慰司（今勐腊县）
四川布政司乌蒙军民府（今云南昭通市），治昭通
四川布政司东川军民府（今云南曲靖会泽县），治会泽
四川布政司镇雄军民府（今云南昭通镇雄县），治镇雄