公元1908年11月15日未时（大约下午两点）。
在紫禁城中度过了五十余年、执掌清朝政权近半个世纪的慈禧太后，终于走到了生命的尽头。此时，她已年满七十四岁，形容枯槁地躺在中南海的仪鸾殿中，连说话都显得格外吃力。慈禧心里十分清楚，这一次自己再也挺不过去了，以后也不可能再像往常那样垂帘听政。她努力打起精神，召见军机大臣和摄政王，安排身后之事。
下午四点左右，慈禧留下了遗言：“此后，女人不可预闻国政。此与本朝家法相违，必须严加限制。尤须严防，不得令太监擅权。明末之事，可为殷鉴！”这几句话显示出她临终时的清醒。或许是人之将死言亦善，慈禧似乎在提醒后人不要再重蹈她的覆辙：女性不应干预朝政，宦官也不该掌控大权。说完这些，她便陷入昏睡，不久后停止了呼吸，宫中顿时哭声四起，笼罩在一片哀恸之中。
事实上，就在当天上午，慈禧的精神状态还算不错。她清晨六点便起身，照例梳洗打扮，然后与载沣、隆裕等人商议立嗣之事，决定让年仅三岁的溥仪即位，载沣担任摄政王，而她则顺理成章地成为太皇太后，隆裕则晋为皇太后。一切都安排得井井有条，看上去慈禧似乎还想在幕后继续把控大局。英国人普兰德·拜克豪斯在日记中记载，前一天的慈禧甚至仍旧忙于处理政务，一直工作到深夜才休息，身体和气色似乎并无大碍。因此，她的骤然去世也引发了诸多猜测，有人甚至认为她是因恶行过多遭人下毒。
然而，根据清宫太医留下的脉案记载，慈禧的死因是“老年病逝”。她长期患有痢疾，引发了多种并发症，影响到肝肺功能，饮食和消化能力严重下降。慈禧生性好强，即便带病也坚持批阅奏折、处理政务，缺乏休养，最终在年迈体弱的情况下，病情恶化，猝然去世。起初她的病情并不显得严重，《内起居注》记录，她除腹泻外，仅有咳嗽、肋痛、口渴和乏力等毛病，因此她仍照常办公。
具体来看，从十月十五日起，她每日都在处理大量奏折：十五日批阅十四件，十六日十件，十七日多达二十五件，十八日十五件，十九日十九件，二十日四件。平均每天要处理十五份以上的文书，对于一位七十多岁的老人来说，这样的工作量极其消耗体力。尤其是到十九日以后，她饮食开始不正常，二十一日几乎完全无食欲，二十二日病情便急转直下。史籍如《慈禧外记》记载，她早在夏季就因痢疾久治不愈，身体元气大伤。
不过，到了二十世纪六十年代，一位曾在慈禧身边服侍过的宫女提出新的说法。她是李莲英的表姐，因慈禧宠信李莲英而得以近侍。这名宫女称，慈禧实则死于慢性中毒。她透露，当时太医在诊治中发现慈禧体内含有毒性物质，但他们担心一旦告知慈禧，必会引发宫廷大乱，于是只对外宣称她是自然病逝。后来专家对慈禧遗骨进行检测，的确发现了毒性物质，但并非外人下毒，而是药物残留。
为了治痢疾，慈禧长期服用各种药物。她的病情严重时，每天大便数十次，且常带脓血。太医不得不不断加重药方，用药种类和剂量日益增多。在没有现代医学的年代，这种情况极易造成药物在体内累积，最终留下“中毒”的痕迹。因此，慈禧之死并非外人暗害，而是年老体衰、久病不愈、药物副作用和过度操劳共同导致。严格意义上，这种结局在当时也可算作寿终正寝。
相比之下，慈禧死前一天驾崩的光绪帝，确实被证实是死于中毒，这才是那个时期宫廷中真正的冤案。而慈禧，则是病痛与劳累叠加之下，生命最终走向了终点。