林丹汗是成吉思汗直系后裔，元世祖忽必烈的后代，北元中兴之主达延汗八世孙。
努尔哈赤起兵统一女真部落之前，大明王朝真正的劲敌是蒙古人建立的北元政权。
努尔哈赤经过40多年的铁血战争，统一了辽东白山黑水之间的所有女真部落。努尔哈赤创造军政一体的八旗制度，使得女真人凝聚力空前强大，拥有强大的军事力量。
林丹汗面对后金政权的崛起，内心感受到了来自女真人巨大的压力。从少年时代，林丹汗就肩负振兴蒙古的重担，达延汗振兴蒙古后一系列改革经过数百年的岁月轮转，已经成了林丹汗继位后发展壮大蒙古部落巨大的障碍和阻力。
尾大不掉的各宗王部落势力，藏传佛教格鲁教派对汗王权威的削弱，虎视眈眈的后金政权，对抗了200多年的大明王朝，蒙古部落如果不完成一元化中央集权，等待北元政权的结局只有消亡。
在内忧外患之下，急于统一蒙古部落，想恢复成吉思汗时代辉煌的林丹汗，做出了一系列重大失误的战略决策。
达延汗中兴蒙古部落分封6万户，其诸子孙后代经过数百年的发展，形成几方尾大不掉的势力。
达延汗在满都海彻辰夫人的辅佐下，对卫拉特蒙古诸部进行持续打击，使得忽必烈直系后裔黄金家族重新在蒙古诸部中占据了统治主导地位。
达延汗实现蒙古部落中兴，于是将统治下的蒙古诸部重新进行分封，将所有属民分为6万户，按蒙古传统分为左右两翼，左翼三万户为察哈尔万户、喀尔喀万户、兀良哈万户，察哈尔万户是北元大汗的中央直属部落，右翼三万户为鄂尔多斯万户、蒙郭勒津万户、永邵布万户，鄂尔多斯万户是右翼三万户的统领者，其万户长是济农职位，相当于是副汗。
这六万户除了兀良哈万户外，其余五个万户都是由达延汗的儿子统领。另外，成吉思汗弟弟哈萨尔后裔统领的科尔沁部落，因为在协同达延汗平定鄂尔多斯部落叛乱时立下汗马功劳，达延汗给予了科尔沁部落独立自决部落事务的权利，使其成为独立于六万户之外的强大科尔沁万户部落。如此分封方式，在达延汗统治时期自然没有问题，这大大增强孛儿只斤黄金家族在蒙古诸部中的权威和力量。岁月会流逝，人会老去，亲情也会随着子孙后代的繁衍变得淡漠，数百年的发展，几代人以后，蒙古黄金家族不再是当初达延汗振兴蒙古时代那般兄弟齐心。
公元1604年，林丹巴图尔继任北元大汗，号称林丹汗。距离达延汗时代已经过去近百年了，蒙古部落的政治格局发生了很大变化。
达延汗第九子格埒森扎及其后代统领的喀尔喀左翼七鄂托克部落形成外喀尔喀诸部，控制着今天蒙古国境内的广大区域。
达延汗第五子阿勒楚博罗特及其后代控制着喀尔喀右翼五鄂托克部落，后来他们跟随北元达赉逊汗南迁，来到通辽老哈河、西拉木伦河一带驻牧，形成内喀尔喀五部联盟。
蒙古右翼三万户在达延汗第三子巴尔斯博罗特次子阿拉坦汗及其后裔统领下，形成以土默特部、鄂尔多斯部强大势力做支撑的部落联盟。
哈撒尔后裔控制着呼伦贝尔、大兴安岭、嫩江流域、洮儿河流域一带，形成强大的科尔沁部落联盟。
林丹汗控制着察哈尔万户，经过数百年的人口繁衍，察哈尔万户形成了阿喇克卓特、敖汉、奈曼、主亦惕、浩齐特、乌珠穆沁、苏尼特、克什克腾八个部落。
林丹汗名义上是蒙古各方势力的共主，实际上他的命令对各方势力根本起不到约束力作用。
林丹汗攻克大明城池，给蒙古诸部造成极大震撼
林丹汗接手的北元政权是在强敌环伺之下生存，为了振兴蒙古，他需要做的是重新树立蒙古黄金家族在各部落的权威，增强自己直属部落的实力。
公元1615年，林丹汗率6万大军进攻辽东的明军，袭击了大明的义州（今辽宁义县），攻克大安堡，明军全体将士阵亡。
这一举动给蒙古各部落造成极大震动，蒙古人历来重视军功，林丹汗用八天的时间以雷霆万钧之势进攻明军，使得各部对林丹汗刮目相看，右翼鄂尔多斯诸部重新恢复了对北元大汗的朝贡。
林丹汗用一场战争来向各部展示作为蒙古共主的实力和雄心，以此来震慑草原各部和树立权威。同时还有另外几个目的，要向大明王朝证明，我这个北元大汗也是有能力威胁到大明安全的，二来是草原没有高效的生产方式，物资极度匮乏，用战争的方式来掠夺物资，达到充实部落地目的，更深层次的原因是希望用这种强硬的方式逼迫大明与蒙古开关互市，以前土默特部阿拉坦汗这样干过，并且还促成了“隆庆议和”开关互市的结果。
公元1616年，努尔哈赤几乎统一女真各部落建立后金政权，正式脱离大明王朝的掌控。
明朝不希望在长城以外同时与两个强敌缠斗，两害相权之间，明朝选择答应林丹汗互市的要求。后金政权的崛起应该说同时刺痛了北元和明朝的神经，林丹汗选择了和大明结盟共同对付后金。
低估了宗教的影响力，没有从全局的角度去考虑，轻易由黄教改信红教，给统一蒙古事业造成不可逆转的损失。
公元1578年，蒙古右翼三万户首领阿拉坦汗，在青海湖畔的仰华寺与藏传佛教格鲁教派领袖索南加措结盟，不仅促成了黄教达赖喇嘛世系活佛诞生，还使得黄教向蒙古各部落渗透。
阿拉坦汗皈依黄教后，林丹汗的曾祖父札萨克图汗也紧跟着皈依了黄教，并且派人邀请了三世达赖索南加措来到北元汗庭，以蒙古大汗的名义推动了黄教在蒙古各部落的传播，漠南、漠北蒙古部落几乎全民成为了黄教信徒。
公元1616年时，黄教由喀尔喀蒙古部落传入到卫拉特蒙古部落，在卫拉特联盟盟主拜巴噶斯的带领下，卫拉特联盟诸部全体皈依黄教。
阿拉坦汗起初皈依黄教，是有深层次政治目的在里面，从三世达赖喇嘛的转世灵童落到阿拉坦汗家族，就能看出当初三世达赖和阿拉坦汗肯定是达成某种协约，达赖喇嘛转世体系里唯一的一个蒙古人四世达赖云丹嘉措就是阿拉坦汗的曾孙。作为蒙古黄金家族达延汗系旁支宗王，阿拉坦汗的父亲巴尔斯博罗特已经失去了直系继任北元大汗的资格，心有不甘的阿拉坦汗另辟蹊径，与藏传佛教格鲁教派结盟，将黄教引入蒙古部落，利用黄教的活佛转世体系，以蒙古右翼强大的军事力量帮助黄教传教为条件，使得三世达赖转世灵童落到自己家族，从而操控黄教教权的目的，来提高鄂尔多斯右翼三万户在全蒙古部落的地位。
黄教在传遍所有蒙古部落后，给北元汗庭带来了很大的麻烦，所有的蒙古人都十分尊崇黄教达赖喇嘛，黄教教廷就开始频繁插手蒙古部落的事务，达赖喇嘛利用手中宗教权威，开始给很多部落首领册封“汗”“台吉”的称号。
林丹汗继位之初，也是像他的祖辈一样，尊崇信仰黄教的。等到黄教在蒙古草原渗透越来越厉害，达赖喇嘛开始像他这个蒙古大汗一样册封各部落首领时，林丹汗才切身体会到，黄教教权已经影响到了他作为汗王在部落的权威了。
正所谓心有所想，事必有所成。藏传佛教不止格鲁教派这一支，西藏的红教宁玛教派亲眼见证了黄教与蒙古人结盟以来的飞速发展，也是有一样学一样。
公元1618年，宁玛教派领袖沙尔巴活佛来到了蒙古地区，希望找到一股支持红教传播的势力。
26岁的林丹汗还是把问题想简单了，他想稳固自己的汗权，削弱黄教的影响，殊不知黄教已经走进草原的千家万户，对待宗教这个问题上，如果处置不当，那失掉的可是全体蒙古部落的民心。
林丹汗此时将要做出他一生中最大的错误决定，他要和宁玛教派结盟，通过扶持红教来打击黄教的势力。林丹汗拜沙尔巴活佛为国师，并接受了灌顶仪式，正式由黄教改信为红教。
林丹汗的这一举措立即在蒙古各部掀起轩然大波，外喀尔喀蒙古诸部、右翼鄂尔多斯诸部、内喀尔喀诸部、科尔沁诸部的首领、台吉都对林丹汗的做法心怀不满，更加不愿听从林丹汗的号令。
四世达赖派到蒙古地区全权负责宗教事务的首席大喇嘛迈达里活佛，更是把林丹汗看做另类，并利用其手中宗教权威鼓动全体蒙古僧俗百姓反对林丹汗，与林丹汗的反对者结成同盟。
萨尔浒大战，林丹汗的盟友大明王朝在辽东遭遇惨败，蒙古人与女真人之间已经没有了缓冲空间。
公元1619年，努尔哈赤率领女真八旗军取得萨尔浒大捷，明朝在辽东十几万精锐力量全军覆没。萨尔浒大战的惨败，使得明军在关外再没有力量主动进攻后金，明朝彻底失去了对辽东的掌控权。
公元1619年7月，努尔哈赤率军进攻辽东重镇铁岭。林丹汗果断采取行动，命令内喀尔喀联盟出兵1万驰援铁岭。可惜的是，蒙古人来晚了一步，努尔哈赤的后金军攻破铁岭，并迎面撞上了内喀尔喀联盟派来的援军，士气正旺盛的后金军将蒙古人击败，内喀尔喀联盟统帅宰赛和他的两个儿子被俘虏，蒙古联军全面溃败。同年十一月，内喀尔喀五部无奈之下只得遣使向努尔哈赤求和，双方缔结盟约，共同对付明朝。
林丹汗在得知努尔哈赤同内喀尔喀五部缔结盟约以后，怒不可遏，给努尔哈送去了一份国书，国书开头是这样写的：“统四十万众蒙古国主巴图鲁成吉思汗，问滨水三万人满洲国主英明皇帝，安宁无恙耶”，很藐视努尔哈赤的姿态，同时在国书里警告努尔哈赤不得在拉拢内喀尔喀诸部，并且不得进攻广宁（辽宁北镇市），因为那里是蒙古和明朝的互市贸易基地。
努尔哈赤也给林丹汗回了一份国书，这份国书以现在的角度看回的很有水平的，努尔哈赤不光打仗厉害，怼起人来也很厉害，后金回复的国书是这样写的：“尔奈何以四十万蒙古之众骄吾国耶，我闻明洪武时，取尔大都，尔蒙古以四十万之众，败亡殆尽。逃窜得脱者，仅六万人。且此六万之众，又不尽属尔。属鄂尔多斯者万人，属十二土默特者万人，属阿索忒、雍谢布、喀喇沁者万人。此右三万之众，因各有所主也，与尔何与哉。即左三万之众，亦岂尽为尔有。以不足三万人之国，乃远行陈言，骄语四十万，而轻吾国三万人，天地岂不知之”。努尔哈赤算是戳到了林丹汗的肺管子，蒙古各部根本就不听你林丹汗的号令。
公元1621年，努尔哈赤攻克辽东重镇沈阳，随后一鼓作气又接连攻克辽东七十余城。
公元1622年，努尔哈赤率军攻克明朝在辽东重镇广宁城，林丹汗与明朝的互市贸易基地彻底丧失。
面对后金对蒙古部落的步步紧逼，林丹汗开启了对蒙古部落的铁血兼并战争。
努尔哈赤起兵40多年以来，与蒙古人有几十年的缠斗经验，从当初与科尔沁九部联军的较量中，努尔哈赤逐渐意识到蒙古人骑兵是一股强大的力量。
努尔哈赤以联姻结盟的方式，与蒙古人结成深度利益共同体，以拉拢、分化和军事打击手段，让内喀尔喀五部、科尔沁诸部开始逐步向后金靠拢。
林丹汗的悲剧在于，他既不知道向其祖先成吉思汗学习，也不知道向自己的对手努尔哈赤学习。成吉思汗打破部落家族的界限，将蒙古部落属民以十户、百户、千户、万户制度重新编定户籍，大大增强了蒙古人的凝聚力，加上了蒙古部落中央集权。努尔哈赤参照完颜阿骨打的“猛安谋克”制度，对女真人部落进行制度改革，创造了八旗制度，使得女真人部落空前团结，号令统一，在辽东这片土地上爆发出惊人战斗力。
林丹汗在后金进攻广宁城这件事情上，对后金采取绥靖政策，没有及时出兵援助广宁的明军，导致蒙古各部与明朝重要的贸易互市关口丢掉了，这直接损害了内喀尔喀五部和科尔沁诸部的利益，以至于两部在北元和后金摇摆之间，更倾向于同后金结盟合作。
林丹汗在长城以外失去了大明这个盟友的支持，现在要独自面对后金强大的军事压力，林丹汗越发感觉到了要统一蒙古各部的紧迫性。
内喀尔喀五部和科尔沁诸部同后金爱新觉罗家族进行了联姻，并且有了实质性的政治会盟。这是北元林丹汗所决不能容忍的事，漠南蒙古部落中内喀尔喀五部和科尔沁诸部的势力加起来占了林丹汗名义上掌控的蒙古部落近一半的人口。
林丹汗终于要对自己手足兄弟部落动手了，他把目标对准了内喀尔喀五部联盟和科尔沁诸部。
公元1625年，林丹汗调集察哈尔八部主力东征科尔沁诸部，并向内喀尔喀五部发出命令，要求其出兵共同打击科尔沁部。内喀尔喀五部盟主卓里克图洪巴图鲁不仅作壁上观，还将林丹汗要袭击科尔沁诸部的消息送给了科尔沁联盟盟主奥巴。
卓里克图洪巴图鲁对当时的局势也算是有很清醒的认识的，科尔沁诸部要是被林丹汗吞并，内喀尔喀五部也不可能独存。即不能看着科尔沁诸部覆灭，也不能弃林丹汗的命令与不顾，于是就派了扎鲁特一部参战。从现在的角度来看，内喀尔喀五部的行为有些糊涂，这就不是一个能够首鼠两端的局势，后金的崛起已经是一目了然的局面，蒙古人不团结一致，只有被各个击破吞并的结局，自己的部落再怎么争斗，也都是蒙古人自己家务事。为了保存自己部落的势力，不惜出卖族群利益。
公元1625年十一月，林丹汗率领大军进入科尔沁领地，科尔沁各部贵族不战而溃，林丹汗包围奥巴科尔沁部王城格勒珠尔根城（今黑龙江杜尔伯特蒙古族自治县境内），奥巴一边率军坚决抵抗，一面向后金努尔哈赤紧急求援。
努尔哈赤亲率大军抵达镇北堡（今辽宁开原威远堡一带），并令其第五子莽古尔泰率5000八旗精锐向北进军到农安，威胁着林丹汗大军的侧翼。
要说林丹汗还是缺乏他祖先明达善断的战略定力，彼时他已经取得对科尔沁部落战场上的绝对优势，再加把劲一鼓作气就能整合科尔沁诸部。林丹汗偏偏在此时被努尔哈赤后金军在侧后的威胁给吓到了，只好放弃到手的胜利成果，把大军撤回了后方。
公元1626年，努尔哈赤以其次子代善为先锋，兵分八路进攻内喀尔喀五部。卓里克图洪巴图鲁之前彻底得罪了林丹汗，面对后金的进攻，林丹汗选择见死不救，内喀尔喀五部人马只好在西拉木伦河与努尔哈赤的八旗军进行硬碰硬的较量。内喀尔喀五部联军被后金击败，其牲畜物资被劫掠一空，其残部走投无路之下，不得不逃到林丹汗的领地。
林丹汗对穷途而来的卓里克图洪巴图鲁，并没有施以同情，反而兼并了他的人马，并杀死了他，内喀尔喀五部最强盛的乌齐叶特部覆灭。内喀尔喀五部，还剩下巴林、弘吉剌、巴岳特、扎鲁特四部，巴林部在战争中受到重创，其余三部也受到不小打击。
公元1626，努尔哈赤在进攻内喀尔喀联盟得胜不久之后就去世，其第四子皇太极继位。
皇太极继位后延续了努尔哈赤对蒙古人的战略方针，对蒙古各部采取积极联姻拉拢政策，同时利用蒙古各部矛盾，逐一分化瓦解，再辅助以军事打击。
内喀尔喀余部和科尔沁诸部先后归顺后金政权，察哈尔八部中，因为林丹汗改宗红教的原因，有几个部落也慢慢与林丹汗貌合神离。
林丹汗在东部草原先后失去了对内喀尔喀五部和科尔沁各部的控制，使得他们都归顺了后金。
林丹汗遂向西发展，兼并了蒙古右翼三万户的鄂尔多斯部、土默特部、永邵布部，想以此为根基同后金抗衡。
作为成吉思汗直系蒙古黄金家族后裔最后的倔犟，林丹汗最终病死在了甘肃大草滩。
公元1632年四月，皇太极率后金八旗军与内喀尔喀部、科尔沁诸部、察哈尔部归顺的所有蒙古部落，集结兵力10万人，远征林丹汗。
面对后金组织庞大联军队伍，林丹汗有心来一场决一死战的战斗，但是他的军队疲惫不堪，部众早已断粮，所有的部众已经失去了抵抗的意志。林丹汗无奈之下，组织部众准备渡过黄河向西迁徙逃窜。
后金大军轻而易举的占领了蒙古右翼三万户的地盘，沿途俘获了三个万户大部分的部众和财物。
皇太极还是很有政治头脑的，下严令，坚决不允许破坏鄂尔多斯诸部地界的黄教大小寺庙，以达到安定这片土地内众蒙古部落的目的。
公元1634年，林丹汗与占据青海湖周边牧场的外喀尔喀部首领绰克图红台吉、统治西藏的藏巴汗、康巴西藏的白利土司顿月多吉，结成反黄教联盟。林丹汗在穷途末路之际，是想利用这几方势力的兵力做靠背，以期望争得东山再起的资本。
公元1634年夏秋之际，连长生天都不愿意再可怜林丹汗了，他很不幸的患上了天花，最终病死在了甘肃天祝大草滩。
林丹汗去世，成吉思汗自1206年建立蒙古帝国以来，世袭429年的蒙古大汗，364年的元朝，267年的北元，就此终结。
林丹汗的死，也可以说对中国历史的走向有着很大的影响。蒙古人建立国家政权的一杆旗帜倒下了，皇太极很快就统一了漠南蒙古各部落，满清女真人整合了中国北方大地最能征善战的民族势力。没有了林丹汗北元政权在侧翼的掣肘，当机会来临时，满清女真人在多尔衮的带领下毫不犹豫的组织满蒙十几万精锐骑兵杀入关内，占领北京城，建立了又一个全新主政中原的王朝。