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各位亲爱的股东,大家早上好中午好晚上好!
来,我们来看场发布会,然后重新理解下NGS。
2025年11月14日,这一天在中国测序仪发展历史上应该是有一席之地的。
看完真迈这场“跨越山海”为主题的全新CMS测序化学发布,我确信真迈这是要革“旧NGS”的命。
如果说,Solexa GA/454/SOLiD等是解决了NGS有无的NGS 1.0版本,那么Illumina HiSeq X、华大智造DNBSEQ T7就是大规模普及NGS的2.0版本。
(顺便吐槽下真迈,这么大的事用了10来分钟“蹭”了个会就端出来了,甚至可能很多人都没关注到)。
经常做测序的朋友们都知道,在基因组上总有一些是测不好的区域。
即便我使用PCR-free建库,降低酶的偏好性,有些区域他覆盖的就是不好。
久而久之,我们把这些区域送上了“黑名单”,也习惯了这些区域他表现就是不好,仿佛从来都是如此。
这个问题,鲁迅当年就问过:“从来如此,那便对么?”
真迈这次带来的CMS化学就是颠覆这一切的利器,我们看下面这张图。
可以看到红框的位置就是测序reads覆盖的“无人区”,水色的覆盖度起起伏伏,被他们形象的称之为“山海(Moutains and Seas)”
而这,更是推导出一个惊人的事实:从前我们认为的Q30/Q40,可能并没有我们想象的那么美妙。
道理很简单,这些难覆盖的区域一般都是高GC、高重复、回文序列等等传统NGS测序化学难以驾驭的区域。
测不好的表现有很多种,我们不展开,反正这种序列直观的表现就是在下机的时候直接被filter过滤掉了,根本不参与平均Q30计算。
甚至人家Ultima直接定义了个LCR(Low confidence region)区域,把测的不好的直接pass掉,为此还被Illumina给嘲讽了一番。
这种行为怎么说呢,就是考试的时候给自己出了一套全是简单题的试卷,那我肯定考的好嘛。
然而现实世界是,这玩意就跟数学一样,不会就是不会。
Q30/Q40再高也没用,测不好的区域还是测不好。
我们的Q30/Q40可能只是看上去很美好,还是有很多坑啊。
好,测序“Moutains(M)”和“Seas(S)”的坑我们都了解了,现在我们来看看真迈的CMS化学如何跨越(Cross,C)这些坑的。
我把真迈CMS测序化学为代表的“新NGS”的典型特点我总结为“三高”:
我们再来看这张图,全局无偏倚的Q50时代,将测序准确度提升到了Q50>70%,Q40>95%。
真迈说通过革新聚合酶、打开“畸形”Non-B DNA结构实现全局无偏倚Q50的。
我们可以清晰的看到,CMS化学在一些友商测序仪无法有效覆盖的区域都得到了很好的覆盖。
我们再换个角度来看CMS在这三个指标上的表现,如果把测序速度放慢一点点,Q50还会不会是准确性的终点呢?
我觉得从他们对待这场发布会如此轻松写意的态度上来看,这还远远不是啊。
看来我们有必要来重新认识下真迈了,这已经不是我们印象中跟在Illumina屁股后面、份额被归为“其他”的那个小弟了!
(推荐真迈跟同在深圳的比亚迪仰望U9X联名一下,全球最块量产车X全球最精准测序仪)
在这个“新NGS”时代,很有可能国产测序仪将扮演至关重要的角色,甚至,托大点说,我们要习惯引领。
中国测序仪已经两次拿到了爽文剧本,第一次是Illumina赔偿了华大智造3.25亿美元,第二次就是真迈推动的全局无偏倚Q50 NGS新时代。
这时候会有野生吴彦祖要问了:“我这要这高速度、高精度和高均一性有啥用?”
真迈推动的这次“新NGS”革命推开了新世界的大门!
比如,CMS化学将rWGS(rapid WGS)带来超越“旧NGS”时代无法比拟的准确度的同时,还提高测序化学速度,使交付速度再次提升变为可能。
目前,美国开展rWGS的服务商比较出名的就是我们一直跟踪的GeneDx。
他的所谓GenomeDx ultraRapid能够在2天向客户交付报告,那么,针对NICU里面的患者如果能将时间再压缩显然有着现实意义。
再比如,更高的测序精度对于MRD检测的推动,是不是不用堆那么多数据了?
你比如类似这种STR的测序,再加上价格继续下降、速度提升之后,类似的NGS应用还将涌现。
再比如线粒体测序,CMS相较于其他主流平台在覆盖均一性上呈现绝对的碾压。
什么调整捕获探针引物浓度、什么调整分析参数都是缝缝补补,CMS从根上解决了这个难题。
那么,我们可以借用此前Jay Flately接受采访时的一段话:
“ 一种观点是「测序增长已近天花板」。事实正相反:已被测序的人类基因组仅占全球人口极小比例,而且伴随治疗选择、微小残留病灶(MRD)监测等重复检测场景落地,应用频次仍在上升。”
CMS测序化学让我们窥见了“天宫”的一角,最好的玩法是能够为广大客户提供一整套全新的解决工作流,革新“旧NGS”体系。
我们也期待着,能看到国内的上下游企业一起把这事给他干成了。
最后我们来回顾下真迈的CMS化学和给行业甚至时代带来的影响。
第一,真迈的CMS化学所带来的全局无偏倚Q50革命性推开了“新NGS”时代的大门。
第二,CMS化学带来的不仅仅是准确度的提升,还有整个NGS工作流的重塑。
第三,仅凭一个真迈还无法直接让行业跨入“新NGS”时代,需要上下游共同的推动。
第四,真迈这货看起来还有余力改进测序技术,我们可能要逐渐习惯国内企业在某些领域的领先。
而且,咱们国内的测序仪厂家绝活可不止真迈的CMS,我们完全可以期待一个百花齐放的“新NGS”时代!
Ps,别人我不知道,反正我觉得真迈这个技术挺离谱的,欢迎各位大佬拿他们公开的数据去分析。
而且,真迈说现在已经开放测试了,相信大家都有办法拿自己的样本去测试。
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