印尼是东南亚最大的国家，总面积约191万平方公里，包括17000多个大大小小的岛屿。印尼独自拥有的大型岛屿包括，苏门答腊岛，苏拉威西岛，爪哇岛。而加里曼丹岛归属马来西亚，文莱，印尼三个国家，此外还有新几内亚岛。
新几内亚岛是仅次于格陵兰岛的世界第二大岛屿，面积达到了78.6万平方公里。新几内亚岛位于太平洋西部，澳大利亚北部，隔班达海、哈马黑拉海与马来群岛相望。在地理上，新几内亚岛并不属于马来群岛，但在实际管辖方面，岛屿西部却属于印尼，而新几内亚岛东部归属巴布亚新几内亚，印尼和巴布亚新几内亚以东经141度线为界。但新几内亚岛西部一直试图脱离印尼独立，爆发过多次独立运动，那么这是什么原因呢？
第一，人种和文化差异。印尼是一个人口大国，总人口达到了2.76亿，主体民族是马来人，使用马来语。马来人是东南亚三大种族之一，现在主要分布在马来西亚，菲律宾，印度尼西亚，文莱等国家，信仰伊斯兰教。现在马来人还分成了爪哇人、巽他人、马都拉人等民族，实际上都是马来人，他们的语言和文化相同，可以无障碍交流。
马来人最早建立的国家名叫室利佛逝王国，中心为苏门答腊岛的巨港，建立时间为7世纪。随着室利佛逝王国的扩张，势力逐渐延伸到马来半岛南部，爪哇岛，加里曼丹岛。到了14世纪，以爪哇岛为中心的满者伯夷王国成立，统治范围主要在爪哇岛，苏门答腊岛。因此在历史上，马来人的势力从来没有到达新几内亚岛。
新几内亚的原住民是巴布亚人，他们的皮肤呈棕色，头发卷曲。马来人将他们称为“巴布亚”，意思就是“卷发人”。巴布亚人属于尼格罗澳大利亚人种，是新几内亚岛，所罗门群岛等地的原住民。有研究认为，早在五万年前，巴布亚人的祖先就迁徙到了新几内亚岛。巴布亚人使用美拉尼西亚语，但新几内亚岛西部，由于长期受到印尼统治，当地居民已经通用马来语。巴布亚人主要信仰基督教，印尼统治下的巴布亚人也是如此，这和印尼大部分地区信仰伊斯兰教存在差异。
第二，被印尼强行纳入版图。印尼是一个群岛国家，疆域辽阔，分布广泛。印尼东西介于东经96度到东经141度之间，长达5500公里。在历史上，这种群岛，隔着茫茫大海，受到地理制约，如果只依靠马来人的实力，没有殖民者的扩张，很难实现整合。历史上马来人王朝只是控制着现在印尼西部地区。
大航海时代开始后，荷兰殖民者占领了爪哇岛，然后以爪哇岛为基地不断扩张，统治了周边的大量岛屿，建立了荷属东印度殖民地。荷兰人从西向东扩张，起初并没有扩张到新几内亚岛。16世纪时期，西班牙人登上新几内亚岛，他们发现当地人的体貌特征和非洲的几内亚人类似，于是将其称为新几内亚。
西班牙人没有在新几内亚站稳脚跟，18世纪，荷兰吞并苏拉威西岛之后，继续向东扩张，开始在新几内亚岛西部建立殖民据点。当时巴布亚人还过着刀耕火种的原始生活，崇拜祖先和图腾，在荷兰人的影响下，开始信仰基督教。
新几内亚岛气候炎热，丛林密布，荷兰人的扩张很慢，到19世纪中期，只是控制了新几内亚岛西部。看到荷兰的扩张，英国以澳大利亚为跳板，控制了新几内亚岛东南部，1871年德国统一后，开始对外扩张，控制了新几内亚岛东北部。
荷兰和英德两国签订协议，以东经141度线为界，分割了新几内亚岛。荷兰将新几内亚岛西部纳入了荷属东印度版图，就这样，新几内亚岛西部和印尼产生了联系。1945年二战结束后，印尼宣布脱离荷兰独立，建立了印度尼西亚共和国。印尼试图完整的继承荷属东印度版图，但遭到了荷兰的拒绝。
荷兰认为新几内亚岛西部的人种和宗教文化，都和印尼存在明显差异，不应该属于印尼。因此荷兰拒绝交出新几内亚岛西部，荷兰与印尼经过多次战争和协商，于1949年11月签订印荷《圆桌会议协定》。荷兰承认印尼独立，而新几内亚岛西部继续归属荷兰，建立了荷属新几内亚殖民地。
但印尼一直觊觎新几内亚岛西部，到了1960年，新几内亚岛西部爆发了独立运动。1961年，荷属新几内亚的独立力量已经制定了新国家的国旗和国歌，准备独立。但到了1962年，印尼出兵试图夺取新几内亚岛西部，和荷兰在西巴布亚海域爆发了海上冲突。
荷兰觉得自己反正也要退出，没必要和印尼拼命。就这样，荷兰不再抵抗，和印尼达成了协议。1962年，印尼出兵占领了新几内亚岛西部。印尼控制新几内亚岛西部后，成立了西巴布亚省，当地独立势力遭到了印尼镇压。此后新几内亚岛西部又爆发了多次独立运动，都遭到印尼镇压。