小麦育种是一个周期漫长（通常需要8-12年）、系统性的工程，主要包括以下步骤：
1. 确定育种目标
这是所有工作的起点。育种家需要根据特定生态区域（如北方冬麦区、南方冬麦区）的生产需求、市场需求和未来挑战（如气候变化）来制定清晰的目标。
例如：为华北干旱地区培育一个抗旱节水的高产冬小麦品种。
2. 种质资源的搜集与鉴定
种质资源是育种的物质基础，也称为“基因库”。包括：
地方品种：往往具有独特的适应性或抗性基因。
主栽品种：具有综合性状好的优点。
野生近缘种：是抗病、抗逆等重要基因的宝贵来源。
人工创造的中间材料：具有特定目标性状的育种材料。 需要对所有这些材料进行性状鉴定和基因型分析，明确其优缺点。
3. 创造变异（亲本选配与杂交）
将具有不同优良性状的亲本进行杂交，将它们的基因重新组合，从而在后代中产生新的变异。
单交：A品种 × B品种
复交：（A×B）F1 × C品种，用于聚合更多亲本的优良基因。
回交：为了将某个特定性状（如抗病基因）导入一个优良品种，常用回交育种法。（A×B）F1 × A，多次回交后，后代既具有A的大部分优良性状，又获得了B的抗病性。
4. 后代选择
这是育种中最耗时、最需要经验和技术的工作。从杂交后代中筛选出符合目标的个体。
系谱法：最经典的方法。从杂交后的分离世代（F2代开始）逐代选择优良单株，直到性状稳定（F5-F8代），形成株系。
混合法：在早期分离世代不进行选择，只混合收获，等到高代（F5以后）性状基本稳定时，再选择单株或株系。
分子标记辅助选择：现代育种的核心技术。通过DNA分析，在苗期就能检测到是否含有目标基因（如抗病基因、品质基因），大大提高了选择效率和准确性，缩短了育种年限。
5. 品系鉴定与产量比较试验
将选出的稳定株系升级为品系，进行多年多点的小区试验，全面评估其产量、品质、抗性等农艺性状，并与当前主栽品种（对照品种）进行比较。表现优异的品系晋级到下一阶段。
6. 区域试验与生产试验
这是品种审定的前置程序，由国家或省级种子管理部门组织。
区域试验：在多个不同的生态点进行严格统一的试验，进一步验证品种的适应性、稳定性和丰产性。
生产试验：在接近大田生产的条件下进行试验，验证品种的实际栽培表现。
7. 品种审定（或登记）
品系在区域试验和生产试验中表现优异，达到审定标准后，育种者可以向国家或省级农作物品种审定委员会申请品种审定。通过审定的品种才能获得“合法身份”，被允许在相应区域推广种植。
8. 种子繁育与推广
通过审定的品种，由种子公司或原种场进行原原种→原种→良种的扩繁，生产出大量高质量的种子，最终推广到农民手中。