蔡元培故居位于绍兴市越城区笔飞弄13号，占地1856平方米，建筑面积1080平方米，清道光间，蔡元培祖父在此购置房屋，初有大厅三楹，后又加盖五楼五底，自祖父三代以下的聚在此聚居。是一座很有绍兴特色的明清台门院落。现为全国重点文物保护单位。
故居坐北朝南，主体建筑为砖木结构，青石板地、乌瓦粉墙、花格门窗，具有鲜明的绍兴地方特色。共三进，依次为门厅、大厅、座楼。第一进门厅坐西朝东，门楣匾额“蔡元培故居”系刘海粟所书。“学界泰斗，人世楷模”，门联上这八个字高度概括了蔡先生的学术地位与人格典范。由门厅通往堂厅的前天井特别开阔，围墙也特别高，显得气势不凡。 第二进一堂两厅，堂厅正中是蔡元培半身塑像，大厅上方悬挂毛泽东褒誉先生“学界泰斗”匾额。右壁有周恩来撰的柱联“从排满到抗日战争，先生之志在民族革命；从五四到人权同盟，先生之行在民主自由”，高度概括了蔡元培一生的光辉历程。 故居第三进大厅前厢房、大厅及两边间、座楼前西厢房及座楼西边间均辟为“蔡元培生平史迹陈列室”，介绍蔡元培先生一生业绩。陈列面积300平方米，展出藏品138件，通过大量的图片、照片、实物、手迹、资料等，系统而有重点地展现了蔡元培先生为发展中国的教育、文化、科学事业，争取民主自由，培植青年英才而作出的重要贡献。 美国学者杜威曾这样评价：“拿世界各国的大学校长来比较，牛津、剑桥、巴黎、柏林、哈佛、哥伦比亚等等，这些校长中，在某些学科上，有卓越贡献的不乏其人，但以一个校长身份能领导大学对一个民族、一个时代，起到转折作用的，除蔡元培而外，恐怕找不出第二个。“。