京杭大运河充当我国江南漕粮北运航道历时数百年。进入近代以后，在各种因素的影响下，京杭大运河逐步废弃，失去了原来沟通南北的作用。
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一、漕运的衰落
1842年，英军夺取了京杭大运河与长江交汇处的镇江，封锁了清朝的漕运。道光帝被迫与英国签订《南京条约》，漕运恢复。1853年后，太平天国占据南京和安徽沿江一带十多年，运河漕运被迫中断。1855年，黄河改道后，运河山东段逐渐淤废，从此漕粮主要改经海路运输。
从1851年开始，长达14年的战乱中，清政府在江浙一带的漕运几乎处于瘫痪的状态。咸丰三年(1853年)，湖北、湖南、江西、安徽四省漕粮改折(指用银两或其他物品代替)。
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晚清时期漕运之利上不归国家，下不属百姓，其间中饱私囊者大有人在，许多帮粮船舵设教立派，敛财滋事，结果造成漕粮成本不断提高，如江南地区每百石漕粮私截银两达百余两，漕运成本激增导致官民交困。以致官民交困。
二、轮船与铁路的影响
大运河年久失修，河道淤积严重，1855年黄河大改道直接冲击运河航道，导致漕运中断或效率骤降。漕运依赖的闸坝、堤防等设施因腐败和管理松散而失修，水利工程维护失效。清政府因财政困难与战乱无力治理，加速了漕运的瘫痪。
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1901年清廷废除漕运实物征税，改为折银征收，导致运河运输需求骤减。漕运作为运河主要功能被取消后，官方疏于维护，运河逐渐淤塞。
1872年，轮船招商局在上海成立，正式用轮船承运漕粮。1904年，漕运总督被撤废。光绪二十六年(1900年)，南漕改用火车，由天津运往北京。1911年，津浦铁路（天津到南京浦口）全线通车，逐步取代河运，效率更高且成本更低。从此京杭大运河以及沿线城市的地位一落千丈。
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三、作用降低
轮船招商局成立后，凭借清政府给的“漕运”专利，开始承运江浙漕粮。火轮船每艘载米3000多石，15天往返上海、天津，每月可装运两次，每石运费5角6分银两，十分便宜。轮船运输漕粮遂成定例。
1901年清廷废除漕运实物征税，改为折银征收，导致运河运输需求骤减。漕运作为运河主要功能被取消后，官方疏于维护，运河逐渐淤塞。再加上战乱影响，漕粮改折，吏治腐败，漕运成本提高，以及近代交通运输方式兴起等原因，京杭大运河逐渐被废弃了。
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一则由于沿海航运开通，再则，1911年后津浦铁路建成通车，这些导致间接运河山东段逐渐淤塞，中运河沿线闸坝大都失修废弛，里运河在沿线湖泊影响下水位不稳，时常决堤成灾。因此，京杭运河逐渐失去其沟通南北交通的作用。