荆州花鼓戏的资料保存在着严重的缺陷，具体表现在：
一方面，荆州花鼓戏作为地方文化，不可避免地受到政治风波的影响，它的生存和政府行为紧密联系在一起。笔者在搜集资料的过程中，多方打听关于建国后到文革前期间的荆州花鼓戏音响或文字资料，如天门老艺人杨楚珩团长则答复：因为文革时破“四旧”，家里所保存的资料都被抄家了，都被焚烧了。而当问及此时的资料时，如仙桃剧团三楼档案室管理人员的答复是：那时还没有系统管理、保存花鼓戏资料的意识，团里甚至还没有设立专门的档案室。
另一方面，在多元文化的当今时代，戏曲作为相对弱势的文化，常常会受到人们的漠视甚至丢弃。如笔者去花鼓戏老艺人鲁美姣老师的家里走访时，鲁老师说，家里曾经保存的花鼓戏资料在搬家中遗失或被老伴和儿女当废品处理掉了。这种类似的情况甚至发生在有关文化单位、艺术部门。
其实对这些资料的不重视与疏忽，不仅仅是丢掉了几本书、几盘音响资料、几张谱例的问题，而是关乎着一个地方剧种的发展，倘若大家都能够有那么一点这方面的意识，加上地方政府有关部门予以一定重视，对这些资料进行博物馆式的科学保存，这对以后的研究者来说至关重要，对于荆州花鼓戏来说，则更是一件幸事了。
荆州花鼓戏文献资料主要有：《湖北戏曲音乐集成·荆州花鼓戏音乐》《中国戏曲志·湖北卷》《荆州花鼓戏志》《荆州花鼓戏志资料汇编》《荆州花鼓戏唱腔音乐概谈》《荆州花鼓戏音乐衍变概况》《湖北荆州花鼓唱段结构形态剖析》《悲腔的艺术特色及其可变性》《试论荆州花鼓戏传统声腔的起板技法》等。
如《荆州花鼓戏志》一书，在荆州花鼓戏的历史、剧目、音乐、表演、机构、舞台美术等方面，都有详细的研究介绍。其中关于荆州花鼓戏的音乐研究具体介绍了唱腔音乐中四大主腔和小调的结构形式、调式旋法、上下句落音、板式等形态特征，以及文武场伴奏中所使用的乐器、演奏方式和锣鼓点子，语言音韵、演唱风格等也进行了简单地介绍。
荆州花鼓戏音像资料分两类：第一类是已经在市面上正式出版发行的磁带和VCD。比如：湖北省音像艺术出版社出版发行的磁带有《王瞎子闹店》《招郎》《雪梅吊孝》等；其出版发行的VCD有《站花墙》《秦香莲》《李天宝吊孝》《明月情》等。
第二类是未正式出版发行的CD，包括在20世纪80年代初期对荆州花鼓戏名老艺人如赛湖北、胡顺兴、肖作君、李茂盛、张守山、刘伏香、束小云等演唱传统唱腔选段的录音。
未正式出版发行的还包括1949年以前的唱腔主要选自由湖北省荆州花鼓戏学会编印的《湖北戏曲音乐集成·荆州花鼓戏音乐》。其中，所选高腔有7段，共25对上下句，分别有：《斩经堂》王兰英唱段（沈山演唱）；《闯宫》秦香莲唱段（蔡长生演唱）；《三哭殿》詹娘娘唱段（郑坤山演唱）；《商琳归天》商琳唱段（邬小发演唱）；《平贵回窑》薛平贵唱段（李恩宣演唱）；《贾氏吵嫁》贾氏唱段（王采凤演唱）；《刘海砍樵》刘海唱段（杨双林演唱）。圻水腔有6段，共20对上下句，分别《白扇记》黄氏唱段（赛湖北演唱）；《花魁醉酒》花魁唱段（杨珍珠演唱）；《蓝桥》魏魁元唱段（吴长演唱）；《送学茶》陈氏唱段（杨双林唱）；《告承经》陈氏唱段（赵德新演唱）；《访友》祝英台唱段（胡顺兴演唱）。解放前全为传统戏，没有现代戏和样板戏。
“文革”前后剧目主要有：《红云岗》《平原作战》《磐石湾》《蝶恋花》《沙家浜》《梅花案》，其中，所选高腔有9段，共22对上下句；圻水腔有8段，共18对上下句。
1976年至今的剧目主要有：《站花墙》《李三娘》《巡案审母》《半把剪刀》《家庭公案》。其中，所选高腔有6段，共26对上下句；圻水腔有8段，共21对上下句。
荆州花鼓戏的传承和保护现状相对较为困难。为了保护和传承这一重要的传统文化，政府和社会应加大对地方戏曲的支持力度，提供更多的资源和政策支持，同时注重与现代社会的对接，创新传统戏曲形式，吸引更多的观众参与。只有这样，才能保护好荆州花鼓戏这一宝贵的文化遗产，使其在现代社会中焕发出新的生命力。