上三旗为正黄、镶黄、正白，下五旗为正红、镶红、镶白、正蓝、镶蓝。
上三旗地位高贵，人多势众，构成了八旗的核心；下五旗是诸王、贝勒、贝子等宗室贵族的分封之地。发展到后来，旗主权力被削弱，八旗全归皇帝统领。这是八旗制度的一次重大变革，是以皇权为代表的专制主义中央集权进一步加强的明显标志。
上三旗守卫皇城，在皇帝外出时担任扈从，是皇帝最倚重的亲军。下五旗除守卫京城外，还被大批派往各地驻防戍卫。为了破除上三旗人与下五旗人的隔阂，鼓励下五旗人建功立业，皇帝特别建立了“抬旗”制度。由满洲下五旗抬入上三旗者，谓之“抬旗”。
各旗所有的包衣随之分为两个体系：上三旗的包衣称内务府属或内府旗人，编入内三旗为皇家私属，亦分满、蒙、汉；下五旗包衣称王公府属，编为佐领、管领。
