瘘管在脂肪抑制的T2加权图像上通常表现为线性高信号结构。需要进行脂肪抑制，因为周围的正常骨盆脂肪也会呈现高信号。相关的纤维化在T1和T2加权图像上通常表现为低信号。瘘管和脓腔都倾向于周边增强。瘘管壁以及周围炎症软组织的强烈增强是典型的影像发现。未增强的T1加权图像在术后早期阶段检测出血非常有帮助。扩散加权成像（DWI）也有帮助，因为它可以在周围组织信号抑制的背景下显示瘘管。尽管低空间分辨率是其作为唯一诊断序列使用的一个重要限制，DWI可能有助于检测否则会被遗漏的小脓肿。
肛瘘的Parks分类法共分为括约肌间型、经括约肌型、括约肌上型和括约肌外型这4型。
根据St. James影像分类，肛瘘分类被修订为五个不同的等级，随着等级的增加，手术结果变得更差：在1级肛瘘中，管道从皮肤延伸至肛管，穿过肛门外括约肌间平面，没有相关的脓肿或二次扩展。对于1级肛瘘伴有相关脓肿或肛门外括约肌间平面内的二次扩展，它们被升级为2级。3级肛瘘穿过内括约肌和外括约肌。当存在额外的坐骨肛门间隙脓肿或二次管道时，它们被接受为4级肛瘘。5级的提肛肌瘘具有不同的发病机制，因为它们与肛提肌平面和齿状线无关。它们在行程中穿透提肛肌，并与盆腔感染相关。5级的瘘管类似于Park分类中的超肛提肌瘘和额外肛提肌瘘。
1级肛瘘。冠状位增强对比脂肪抑制T1加权(a)和轴状脂肪抑制T2加权(b)图像显示1点钟位置有1级肛瘘（直的和弯曲的白色箭头，分别）。
2级肛瘘。冠状位脂肪抑制T2加权(a)和增强脂肪抑制T1加权(b)图像显示肛门括约肌间瘘管(弯曲的白箭头)和相关脓腔(白箭头)大小不一。脓腔在T2加权图像上呈高信号，在增强T1加权图像上呈周边环状强化。患者有克罗恩病病史。
3级肛瘘。轴向对比增强脂肪抑制T1加权图像(a, b)显示2点处的瘘管(白色箭头)。管腔通过内外括约肌(a)和(b)。在冠状位对比增强脂肪抑制T1加权图像(c)注意没有与瘘管相关的坐骨肛门脓肿或侧支管腔(白色箭头)。检查结果符合3级经括约肌型肛瘘。
4级肛瘘。轴向(a) 和冠状(b) 增强脂肪抑制T1加权图像显示4级肛门括约肌间瘘(直白箭头) 伴左侧坐骨肛管间隙脓腔(弯曲白箭头)。
直肠阴道瘘的主要原因是由于产科原因造成的创伤，其次是克罗恩病和盆腔放疗。恶性肿瘤和其他术后并发症构成少数病例。这些瘘管可能对患者造成严重影响，极大降低患者的生活质量 。
使用相控阵线圈进行的MRI检查可能由于其较低的分辨率而无法检测到微小的瘘管。然而，它们的优点是能够以非侵入性的方式覆盖广泛的视野，使读者能够检测到任何可能的相关发现。据报道，使用直肠对比剂可能有助于检测到其他情况下未检测到的微妙瘘管通道 。直肠阴道瘘通常在T2加权图像上表现为微小的高信号通道。瘘管通道和直肠阴道隔膜中同时存在空气是准确诊断的重要诊断线索 。 应该注意的是，MRI 对检测瘘管内微小气泡的敏感性不是很高。在晚期病例中，伴随密集的炎症变化和附近的小脓肿，尤其是在直肠阴道隔膜处，可能会被检测到。这些脓肿和炎症变化可能会遮蔽潜在的瘘管。位于直肠阴道隔膜的脓腔在 T1 加权图像上呈低信号，在 T2 加权图像上呈高信号。周边壁增强是诊断脓肿的一个重要辅助影像特征。
内括约肌肥大性肌病（HMAS）的特点是肛门括约肌弥漫性增厚。大多数病例是散发的；然而，也有常染色体显性遗传模式的报道。肛门疼痛是最典型的首发症状，被认为是由于肥厚的肛门括约肌痉挛性收缩所致。肛门压力增加的测压检查可能会为正确的诊断提供有用的信息。
与CT相比，MRI更适用于检测这种异常增厚。没有肛门裂隙/瘘管或肛门括约肌周围的相关炎症信号变化，表明在有相关临床体征和症状的患者中存在HMAS 。
毛囊炎（HS）是一种慢性疾病，常有复发。毛囊阻塞被认为是其潜在的病理机制，导致受影响导管的慢性阻塞。随后这些扩张的导管破裂，引发邻近软组织的慢性炎症和纤维化。毛囊和顶泌汗腺是最常受影响的解剖结构。
MRI在显示炎症变化的程度、相关的窦道和脓肿方面具有辅助作用 (19)。皮肤和皮下变化在会阴部和大腿内侧最为显著。由于炎症是其根本机制，受影响区域在T1加权图像上呈低信号，T2加权和短T1反转恢复（STIR）图像上呈高信号。除了诊断，MRI还可能在这些患者的治疗后随访中发挥作用。在治疗后炎症消退的情况下，受影响的软组织和相关通道在T2加权和STIR图像上的高信号通常会消失。受影响的软组织平面和肠段之间没有异常通信是将闭合性汗腺炎与肛周瘘鉴别开来的一个关键特征。
汗腺炎。轴向对比增强脂肪抑制T1加权像显示双侧皮肤和皮下组织显著增厚并伴有对比增强（弯曲白箭头），在已知患有腹股沟-会阴闭汗腺炎的患者中。注意没有与肠段的异常通信。
肛管癌是一种罕见的恶性肿瘤，占所有结直肠癌的约2.5%。局部疼痛、瘙痒、肛门出血、便秘和可见肿块是常见的首发症状。人乳头瘤病毒，尤其是16和18型，可能与鳞状细胞癌共存。位于齿状线以下的肿瘤倾向于引流到腹股沟淋巴结；而位于齿状线以上的肿瘤通常引流到闭孔、肛周和肠系膜下淋巴结。
MRI 可能能够准确检测肿瘤向肛门括约肌复合体、前尿生殖三角和坐骨肛门窝的扩展。T2加权图像的平面取向垂直和平行于肛管长轴被认为比STIR图像更适用于评估肛管癌和周围解剖结构 。肛管癌在T2加权图像上通常表现为具有中等信号强度增加的病变 。它们表现为不对称增厚，并伴有邻近软组织的肿瘤周围条索状改变 。随着病变增大，它们往往表现出不均匀的信号强度 ，在增强影像上，肿瘤通常表现为一个膨胀性软组织肿块，与肛周瘘管不同，并且显示强烈的对比增强。对于肛管内膨胀性对比增强肿块的鉴别诊断中，还应考虑转移瘤，尤其是对于有其他原发性恶性肿瘤的患者。
肛管癌。轴向未抑制脂肪的T1加权增强扫描图像(a)和增强抑制脂肪的T1加权图像(b)显示不规则的肿块病变(黑白箭头)涉及肛门括约肌复合体，主要位于肛管后半部分。肿瘤组织表现出强烈的对比增强。