1988年，塞尔维亚人米洛舍维奇成为新一任总统。他一上台就推行大塞尔维亚主义，先取消了科索沃和伏伊伏丁那的自治权，这引起其他共和国的恐慌。1991年，他宣布南斯拉夫社会主义联邦结束，斯洛文尼亚、克罗地亚、波黑、马其顿先后宣布独立。仅剩的塞尔维亚和黑山，则组建了全新的南斯拉夫联邦共和国，即南联盟。
米洛舍维奇还说，塞尔维亚要生活在一个统一的国家，呼吁生活在其他共和国的塞族人，要用武力争取成立塞族自治区。这直接引发了后续乱成一锅粥的南斯拉夫内战。
斯洛文尼亚独立
1991年6月27日，南斯拉夫军队开始入侵斯洛文尼亚，目标放在边境的控制还有交通枢纽。斯洛文尼亚的防卫部队采用游击战术反击，加上国内外都支持斯洛文尼亚，谴责联邦的入侵行动，然后这场战争在第十天就结束了。南斯拉夫军队撤退，斯洛文尼亚获得事实上的独立。
这场十日战争匆匆结束的原因，一是塞尔维亚与斯洛文尼亚的领土没有接壤，在补给线上有困难。二是这场冲突与民族主义关系不大，斯洛文尼亚境内的塞族只占极少数。三就是克罗地亚的塞族和克族冲突扩大，南斯拉夫联邦军必须得掉头支援了。
克罗地亚独立
接下来将视角转向克罗地亚的独立战争。早在克罗地亚宣布独立之前，境内的塞族就已成立了两个自治区。一个是克拉伊纳塞尔维亚自治州，另一个是东斯拉沃尼亚、巴兰尼亚和西斯雷姆、塞尔维亚自治州。注意，这里不是四个州，而是后者名字就那么长。
所以当克罗地亚发表独立宣言的时候，克国警察和塞族发生大大小小的冲突。南斯拉夫联邦开始对克罗地亚进行军事行动，克国境内的塞族和克族大打出手。即使昨天你还是我的邻居，但今天你就是我的仇人了。这就是战争不可理喻的地方。
1991年8月，南斯拉夫人民军攻击边境的武科瓦尔，这里抵挡不住许多重型火炮的攻击，因为防守部队只有1800名国防军，比不过联邦的36000人，每天都有12000发炮弹落入这个城市。随着11月的沦陷，这里几乎被夷为平地。塞族控制城市开始了种族清洗，许多被俘虏的士兵和平民被残忍杀害，两万多人被驱逐出这座城市。一位联邦士兵接受访问时表示，武科瓦尔陷落后，有400人从医院被南斯拉夫人民军抓出来，他们排成一排步行到拘留区。当囚犯走过时，塞尔维亚部队会随机将人拉出来，声称必须处决这些人，因为他们是战犯。这些人大多是克罗地亚人。最后有260人被送到一座养猪场处决，而这只是大屠杀的其中一环。
12月，克罗地亚重整部队夺回一些领土。国际形势越发倒向克罗地亚这边，欧盟承认克罗地亚的独立。隔年1月在联合国的斡旋下，双方暂时停火，南斯拉夫军队撤出克罗地亚，联合国维和部队进驻克国的塞族地区。但维和部队与暂时停火无法解决问题，边境地区还是在发生大小冲突。1995年，联合国维和部队离开塞族地区，克罗地亚马上反击塞尔维亚克拉伊纳共和国，只用三天就占领了首都克林，数十万塞族平民与士兵仓皇逃往塞尔维亚。这场战役被称为“风暴行动”，而这场行动，也一样的发生多起塞族平民遭屠杀、村庄被烧毁的战争罪行。但这场战争还没落幕，同一时间波黑地区也开始了波斯尼亚战争。
波黑独立
看着克罗地亚公投独立，波斯尼亚在1992年也进行了公投。首先来了解一下波斯尼亚的种族问题，波斯尼亚有三大种族，第一是波斯尼亚族，信奉伊斯兰教。第二是塞尔维亚族，信奉东正教。第三是克罗地亚族，信奉天主教。波族和克族同意脱离联邦成功独立，塞族则是放弃投票。不久波族和克族成立了波黑共和国，并得到欧盟的承认，这自然引起境内的塞族人不满。境内五个塞族自治区成立塞族共和国，波斯尼亚内战爆发。初期塞族很快就夺取了全国六成的土地，原因在于波斯尼亚族的装备比较差，无法抗衡，克罗地亚族则有人数较少的劣势。塞族很快就对首都进行著名的萨拉热窝围城战，这是现代历史上最长的围城战，长达四年。
在这期间也发生过一件令人悲伤的爱情故事，一对城里的恋人约定在某天一起逃出这座城市。男方是塞尔维亚裔的波斯尼亚人，女方是波斯尼亚裔的克族伊斯兰教徒。双方虽然不同种族、宗教，却因为爱情走在一起。他们在交战双方都有相识的人，所以约定好在停火期间偷偷出城。哪知在踏出福尔巴尼亚桥的时候，男方率先中弹倒地身亡，女方接着也中弹，她慢慢的爬向男方尸体抱住他，15分钟后，女生也气绝身亡。两人此时才25岁，还很年轻。一名美国记者刚好在附近避难，拍下了这令人心碎的一幕。香港歌手郑秀文有一首歌叫《萨拉热窝的罗密欧与朱丽叶》，唱的就是这对恋人的故事。
回到战场，此时波斯尼亚境内的克族反而与塞族结盟，因为东正教和天主教都属于广义的基督教，而波斯尼亚人信奉伊斯兰教。于是波族人一边被塞族夺取土地，另一边又与克族人进行战争，波斯尼亚全国70%的土地都已失去。1994年，萨拉热窝围城战还没结束，一枚导弹射入，造成许多平民的伤亡。这时国际形势开始同情波斯尼亚人，在联合国的介入下，波斯尼亚和克罗地亚人重新结盟，组成波斯尼亚与黑塞哥维纳联邦，也就是波黑联邦。北约部队也开始轰炸塞族人控制区，这成为整场内战的转折点。
接二连三的轰炸让波斯尼亚得到喘息机会，为后续的进攻取得一些准备时间。无独有偶，这场战争也发生了种族屠杀事件。在塞族共和国控制的斯雷布雷尼察，因为有大量的波斯尼亚人，所以联合国在1993年就宣布此地为安全区域，但塞族军队并没有理会。1995年，塞族将军拉特科·姆拉迪奇，带领部队进入此地开始了一场大屠杀，总计八千多平民被杀害。男性被隔离集中处决，妇女遭到强奸性暴力，就连怀有身孕的妇女也不放过。更多残杀平民的事件层出不穷，北约加大力度轰炸塞族地区，配合刚刚克罗地亚的反击行动，塞族终于参与和平谈判，在10月13日停战。
1995年12月14日，双方在巴黎签署代顿协定。整体上波黑领土不变，由波黑联邦与塞族共和国组成一个邦联国家。至此斯洛文尼亚、克罗地亚、波黑、还有一个马其顿，独立出南斯拉夫联邦。马其顿是唯一没有经过战争独立的南斯拉夫国家，不过在2001年时还是爆发了马其顿冲突。
科索沃战争
此时南斯拉夫联邦只剩下塞尔维亚和黑山，但就在大家以为南斯拉夫内战已经结束的时候，紧接着塞尔维亚南方的自治省科索沃加入了战局。早在1991年，科索沃就已经宣布独立，因为南斯拉夫取消了科索沃的自治省权利，但这时联邦在与克罗地亚和波黑交战，无暇顾及。科索沃的主体民族是阿尔巴尼亚族的穆斯林占90%，其次是塞尔维亚族的东正教徒占10%。很明显，这也是个民族宗教问题。
于是等到克罗地亚和波黑的战争结束，南斯拉夫转头开始与科索沃爆发冲突。科索沃解放军先是驱赶塞族警察和平民，塞尔维亚联邦军也予以还击，1998年的德雷尼察屠杀就是联邦军的杰作。塞尔维亚警察对当地的妇女儿童及老人下手，总计约一百多名无辜平民遭到杀害。隔年又发生了伊兹皮卡屠杀，许多科索沃平民为了躲避战乱躲进这个村庄。塞尔维亚警察和部队先对这里进行轰炸，然后再进村子抓人。他们威胁要杀死所有人来勒索赎金，但拿到钱后将妇女儿童送走，留下成年男性集中起来用步枪解决。战争结束后，前南斯拉夫国际刑事法庭统计，此次大屠杀导致约93名科索沃阿族人死亡。
面对层出不穷的屠杀事件，这时北约又介入了，再次对南斯拉夫进行轰炸。作为回应，南斯拉夫联邦军全面进入科索沃，驱逐阿尔巴尼亚族人高达50万。阿尔巴尼亚人逃离科索沃进入马其顿，这才导致前面说的2001年马其顿冲突。
北约一次又一次的加大轰炸力度，就是要逼迫南斯拉夫出来谈判。终于在1999年6月10日，双方接受条件，科索沃的阿尔巴尼亚解放军解除武装，南斯拉夫联邦军撤离科索沃，联合国维和部队进驻，允许流离失所的阿尔巴尼亚人回来重建家园，科索沃战争到此结束。科索沃在2008年宣布独立为科索沃共和国，但不被塞尔维亚承认。
塞尔维亚和黑山
曾经的兄弟先后独立，只剩塞尔维亚和黑山的南斯拉夫联邦共和国，最终在2003年更改国名为“塞尔维亚和黑山”，简称塞黑，组成了一个更松散的邦联。以南斯拉夫为名的国家彻底消失在了历史中。黑山又在2006年从塞黑联邦中独立出来，组成黑山共和国。塞尔维亚也只好宣布独立进行全民公决，变成了塞尔维亚共和国。
至此，曾经盛极一时的南斯拉夫联邦，解体为斯洛文尼亚共和国、克罗地亚共和国、波黑、塞尔维亚共和国、黑山共和国、马其顿共和国共六个国家，和一个还没被普遍承认的科索沃共和国，还有一个已经管不了的伏伊伏丁那自治省。这个曾以民族团结为名的国家，最终却在仇恨中瓦解。
当过去的伤痕被政治利用，族群被标签为敌人，战争就不再只是军人的事，而成了整个人类社会的噩梦。战争从来没有胜利者，只有失去更多的人。仇恨让人们开战，只有历史，能让我们学会和平。