1636至1643年间，清军六次突破长城防线，攻入京畿及中原。部分明将怯战剃发投降，朝臣束手；百姓义士与抵抗官员死伤惨重。
1636：京畿受创与昌平、定兴之陷
崇祯九年（1636年）五月，清英亲王阿济格统兵自独石口入塞。分兵掠昌平、延庆、良乡、宝坻、顺义五道，破长城关隘十二处。
清军攻掠京畿，蹂躏京畿，攻陷城堡，焚毁村庄，掳掠财物，杀官吏平民。随后转向东北，大批人畜物资经冷口撤离（今河北迁安东北）东归。明朝总监军高起潜不敢邀战而阴纵之归。
阿济格释降兵二千，诈逃为内应。守陵太监王希忠、御史王肇坤开昌平城门。清军以八旗军攻城，火炮齐发摧毁城楼。图尔格率兵登城，在潜入内应的配合下，攻陷昌平。
崇祯九年（1636年）十月，清军十旗围攻定兴城。原太常寺少卿鹿善继率军民守城七日，力竭城陷。清军迫降，鹿善继拒降斥敌：“朝廷大臣，不降尔辈！”身中三刀一箭，言毕被杀，年六十二。
总督宣大、兵部右侍郎梁廷栋本负责天寿山后防务，但清军此次由间道突破长城。崇祯帝命其戴罪入援。梁廷栋率军出援，却畏敌如虎，始终尾随清军之后，不敢一战，最终忧惧交加而死。
时任兵部尚书张凤翼（此前曾因怯懦遭孙承宗弹劾）在清军兵临北京城郊时自请督师。然而，他率军至五重安后便“经旬不出”，后又令军队紧随北返清军之后，始终不敢发动攻击。
崇祯九年（1636年）清军入塞，劫掠范围覆盖顺天府全境五州二十二县，焚毁村庄千余处，军民死伤逾十万。保定府安肃、定兴、雄县及延庆州、保安州同遭兵燹。北直隶畿辅地区遭清军扫荡，城镇损毁率逾七成。此次破坏规模较崇祯二年（1629年）己巳之变扩大两倍。次年（崇祯十一年，1638年），清军发动第五次入塞。
1638：孙承宗殉高阳，济南城破始末
崇祯十一年，（1638年），皇太极命和硕睿亲王多尔衮、贝勒岳讬统率八旗大军，发动第五次入塞掳掠。清军分两路突破长城，在京郊通州会师，随即沿京城北部向西迂回至涿州（今河北涿州）。
清军分八路快速南下：东路沿京杭大运河推进，西路沿太行山东麓进兵，其余六路则散布于山河之间，自北向南纵兵扫荡。
北京以西、太行以东、燕山以南的广袤平原上，八路清军分兵劫掠，所过之处，畿辅及山东北部，府州县镇无不攻陷屠掠。西线（太行山东麓）战事尤为惨重。
崇祯十一年（1638年）十一月，原大学士兵部尚书孙承宗于高阳率军民守城五日。城陷被俘，拒降，遭清军勒杀，年七十六。
时任宣大总督卢象昇力主抗敌，但因大学士、掌兵部事杨嗣昌力主议和，多方掣肘，使其兵力、粮饷匮乏，作战计划难以实施。卢象昇毅然率部进兵，在钜鹿（今河北巨鹿）贾庄附近遭遇清军主力。
崇祯十一年十二月十一（1638年1月25日），钜鹿贾庄战局：总兵王朴左翼溃散。宣大总督卢象昇坐镇中军，总兵虎大威扼左、杨国柱守右。明军寡不敌众，清援军夜围三匝。卢象昇身中四矢三刃战殁。杨国柱、虎大威领残兵溃围。
崇祯十一年（1638年），清军东翼自顺德府、大名府突入山东。兵部尚书杨嗣昌判断清军主攻方向在德州，调济南守军移驻德州。多尔衮率主力避开德州防线，经临清州渡卫河，十二月初九（1639年1月22日）抵济南城下。
皇太极发动的第五次入塞之役，历时五个月，转掠二千里，向东逼近北京，向西威胁大同，南破济南，席卷北直隶大部和山东西部地区。
两路大军连败明军，攻陷数十座府州县，焚毁城镇，军民死伤数万。据《明史·卢象昇传》载死者十三万众。清军亦付出代价，克勤郡王岳讬（代善长子）与其弟辅国公马瞻（代善第六子），以及大将固尔玛浑。
杨嗣昌调援失机，济南无援。总兵祖宽顿兵，山东总兵倪宠至德州返。巡抚颜继祖驻德州。
崇祯十二年正月初二（1639年2月），清军进抵济南城下，完成合围。城内守军兵力薄弱，外部援军断绝。当日，清军以云梯攀城进攻，守军弃守溃散，济南城陷落。
1642-1643：明军溃败与最终劫掠
崇祯十五年（1642年）正月，清贝勒阿巴泰率军第六次破长城。主力攻蓟州，克城。分兵取迁安、三河，转掠真定、河间、香河。蓟辽总督范志完率援军至，屯兵不战。所部频繁移防，未接敌即退，致州县防务瓦解，其军离境则城陷。
崇祯十五年（1642年）十二月，清军分兵进围临清城。守军与民众据城抵抗五日，外援断绝。城破后巷战，军民战死七千余人，临清失守。
另一路清军在馆陶城下遭遇顽强阻击。守城兵民英勇抵抗，据记载曾钩杀清军头目并将其尸掷下城墙，重挫敌人士气，清军攻城受挫，死伤颇多，最终弃城而去。
清军南下山东，取开州、东昌，占寿光，克武定、莱阳。莱阳杀原工部右侍郎宋玫、吏部郎中宋应亨、知县张宏。分兵攻莱州、登州，合兵攻顺德府，杀知府吉孔嘉。
崇祯十六年正月十二日（1643年）陷南宫。二月攻保定诸县。四月携掠获谋北返。
面对准备北返的清军，崇祯帝命蓟辽总督赵光抃与辽东总督范志完率军于平原地区会师堵截。大学士周延儒自请督师，获允后即“朝受命，夕启行”，迅疾进驻通州。然而，他名为督师，实不敢战，“惟与幕下客饮酒娱乐”，却每日向朝廷飞章奏捷。
四月十八日，清军抵密云螺山（今北京怀柔），遇赵光抃、唐通、白广恩等率明军八镇。明军溃退，八镇皆撤。
监军御史蒋拱宸竟谎报小胜，周延儒则据此编造出“斩首百余级”的大捷奏报朝廷。事实是，满载着人畜财物的清军车队绵延三十余里，渡卢沟桥耗时近十日，沿途明军紧闭营垒，无一人一骑敢于出城阻截。
最终，清军分左右两翼北返，出墙子岭。事后，崇祯帝震怒，命周延儒自尽，并将赵光抃与范志完“同日斩西市”。
持续七年的六次入塞劫掠，严重破坏华北农业经济结构。人口遭掳掠，财富遭洗劫一空，北方社会经济崩溃，明朝财政与统治根基崩坏。此消彼长，李自成势力迅速壮大，而清军通过数次远征掠夺巨量人畜物资，提升部队实战素质。