在《堪萨斯—内布拉斯加法案》通过后，美国国内的政治力量发生了更深刻的分化和重组，最终形成了民主党与共和党之间的激烈对抗局面。美国的全国性政党自18世纪末期就开始孕育。1796年的选举中，美国首次出现了两个主要的政党。一个由亚历山大·汉密尔顿与约翰·亚当斯领导的联邦党，另一个则由托马斯·杰弗逊主导的民主共和党。在1800年大选中，联邦党遭遇惨败，随之逐渐衰退，最终于1816年解体。到了1828年，民主共和党也发生了分裂，一部分成员转向支持民主党，另一部分则后来形成了辉格党。除去1840年与1848年两次辉格党成功当选总统外，民主党一直掌握着总统职位，并且它的影响力越来越受到南方奴隶主的操控。
1854年，共和党在美国成立，最初以反对奴隶制扩张为宗旨，逐步吸引了大量原辉格党成员、部分分裂出来的民主党人以及其他反对奴隶制的人士加入。在1860年大选中，共和党明确提出要“停止扩展奴隶制”，并且在经济上支持提高保护关税等政策，同时承诺通过实施“宅地法”来为每个移民提供免费土地。共和党推选出林肯作为总统候选人。
林肯，生于肯塔基的一个贫困农民家庭，早年曾担任过雇农、船工、商店店员、邮务员以及土地测量员助手等职务。他凭借不懈努力自学法律，最终成为一名律师。他曾四次当选为伊利诺伊州议员，并曾在国会众议院任职。林肯深信美国的民主制度，并坚定支持维护联邦的统一。他主张限制奴隶制扩张，认为这将促使奴隶制逐步消失。共和党提出的竞选纲领与林肯的个人背景和品格相契合，获得了广泛的支持，尤其是工人、农民、废奴派以及资产阶级的支持。林肯最终在1860年1月当选为美国第16任总统，他的当选意味着共和党反对奴隶制扩张的政策势必得以实施。
南方的蓄奴州不愿继续受北方的主导和限制，因此立即采取分裂行动。自1860年12月起，南卡罗来纳等七个南方蓄奴州宣布脱离联邦，1861年2月，它们联合起来成立了“美利坚联众国”或称“南部同盟”，并通过了一部宪法，选举了自己的总统。同年3月，林肯正式宣誓成为美国总统，而南方则在4月炮击并占领了联邦军驻守的萨姆特要塞，林肯随即下令征募志愿兵，宣布保卫联邦。内战由此爆发。战事初期，又有四个蓄奴州加入了南部同盟。
南北双方的力量对比悬殊，北方占有三分之四的领土，人口达220万，并且1860年工业产值占全国总量的92%。南方仅占四分之一的土地，人口约90万，其中黑奴人数达到350万，工业产值相对较低。然而，在战争初期，南方却凭借其军事优势占据了一定的主动。南方的战略防御地位较为稳固，且共同的奴隶制目标激励着南方全体投入战争，军备准备也较为充分。南方奴隶主平时为防范奴隶暴动而进行军事训练，联邦军中许多经验丰富的将领均为南方人，林肯当选总统后，许多原南方的将领纷纷投向叛乱一方。这样的种种因素促使南方一度在战争初期占据上风。
林肯政府在战争初期对战争的复杂性和困难程度估计不足。最初的两次征兵仅设定了三个月的服役期，结果在1861年7月联邦军在进攻南方时遭遇惨败。经过这些初期挫折后，林肯政府开始认识到战争的严峻性，国会授予林肯征召50万志愿兵的权利，并将服役期限定为三年或直到战争结束。
为应对叛乱并维护国家统一，联邦政府采取了积极的进攻性战略。联邦军实施“长蛇计划”，旨在从海上到密西西比河的沿线对南方进行封锁，同时，另一大策略是“进军里士满”，意图攻占南部同盟的首都。战争的主战场不仅局限于海上封锁，陆地上的东战场和西战场也逐渐形成了明确的分界。东战场主要集中在波托马克河流域与弗吉尼亚州，而西战场则以密西西比河和田纳西河为中心。
在东战场，南部同盟军在罗伯特·李的指挥下多次击败了联邦军，而西战场上，由格兰特指挥的联邦军则连续取得了胜利。到1862年底，除了维克斯堡和哈得逊港外，联邦军已经完全控制了密西西比河。战争的局势发生了变化，引起了欧洲国家的广泛关注，英法两国曾有干涉的企图。特别是在1861年，英国曾表示愿意承认南部同盟为交战一方，并准备对北方采取军事行动。然而，英国工人对这一干预举动表示强烈反对，最终未能实现。
林肯政府在战争初期的政策主旨始终是反对分裂，坚决捍卫联邦的统一，这一政策赢得了北方民众的支持。林肯的战争目标激发了广大北方人民的爱国情怀，也争取到了部分民主党人的支持，并确保了西南边界上的四个蓄奴州未脱离联邦。林肯坚持按照宪法的原则进行战争，避免在战争初期涉及奴隶制的存废问题，这一策略对维护联邦统一起到了积极作用。
激进的共和党派别，如史蒂文斯和萨姆纳等人，支持林肯政府的战争方针，并要求进一步扩大战争目标。他们主张立即宣布废除奴隶制，甚至采取更加革命性的措施，比如武装黑人、镇压反战分子、撤换战时失误的将领等。随着战事的推进，各地群众也组织了集会，提出要求废除奴隶制的请愿书。
为了增强战争胜利的可能性，林肯根据战争形势审时度势，采取了一系列重大的改革措施。1862年5月，他颁布了《宅地法》，规定所有忠于联邦的成年人缴纳10美元登记费后，即可获得160英亩西部土地，耕种五年后将成为该土地的所有者。此法案极大地激励了北方广大劳动者投身战斗，大家知道，只有战争胜利才能为他们带来实际的土地和未来。而在同年的7月，林肯又签署了《没收法案》，允许没收叛乱分子的财产，解放他们的奴隶。
1862年9月，林肯发布了震动世界的《初步解放宣言》，宣布自1863年1月1日起，所有参与叛乱的南方种植园主的奴隶应当被视为自由人，并赋予这些黑人加入陆海军的权利。1863年1月1日，《解放宣言》正式发布，明确了内战的真正目的，公开提出了第二个目标：消灭奴隶制。这一举措标志着内战进入了新的阶段，历史的进程也随之发生了重大转折。
林肯还发布了严厉的公告，开始镇压反战和通敌活动，捕捉了大量嫌疑人，从而在一定程度上保障了战时后方的稳定。1863年3月，国会通过了《征兵法》，决定取消州政府召募志愿兵的制度，改为由联邦政府直接征兵，所有20至45岁的男性都有服兵役的义务。这一改革使得联邦军的规模迅速扩大，从1862年的55.6万扩展到1863年的91.8万。为了更好地资助战争，国会还通过了累进所得税法案