How to | 知道单倍型+表型数据，如何做显著性分析可视化
大家好，我是邓飞，今天介绍一下，知道群体的单倍型数据，知道群体的表型数据，如何计算单倍型和表型数据的显著性分析，以及做一个小提琴图？
1，准备单倍型群体的vcf文件
将单倍型，按照区间，提取群体的vcf文件，如下：
2，整理表型数据的txt文件
如下：
3，使用R包geneHapR
如下：
4，读取vcf文件
如下：
5，读取表型数据
如下：
6，计算群体的单倍型（具体到个体）
如下：
7，将群体的单倍型数据保存到本地
如下：
8，单倍型和表型的显著性分析可视化
如下：
图表：
有结果可以得出，H001的单倍型的y1表现比H002的单倍型要好，H001是优势单倍型。群体中共有119个H001,9个H002。
示例数据和代码：
数据和代码放到星球上面了：