光绪五年（1879年），日本吞并琉球国，改设冲绳县，此举引发清廷朝野震动，促使清政府将海防建设列为重要议题。光绪九年（1883年），在都察院左副都御史张佩纶的奏议下，清廷在总理衙门内增设”海防股”，除主管南北洋海防事务外，还统辖长江水师、沿海炮台、船厂建设，以及轮船、枪炮、弹药采购，机器制造、铁路修筑与各省矿务等事宜。
自海防股设立以来，朝野上下关于设立海军衙门的呼声始终未绝。中法战争甫一结束，清廷即发起第二次海防大讨论，建立海军衙门遂成为朝议焦点。历经十余载筹谋，统一海防之宏图终得实现。光绪十年九月初七日（1885年10月24日），海军衙门正式设立并开始办公，此举不仅标志着我国近代海防建设迈入新阶段，更意味着海军自此成为独立军种，在国防体系中占据重要地位。
海军衙门的组织架构主要沿袭清代军机处与总理衙门的传统体制，分为两大系统：一是由朝廷任命的5位大臣组成的管理部门，负责重大决策；二是由各类章京构成的秘书部门，包括总办章京、帮办章京等，负责日常行政事务。值得注意的是，海军衙门大臣除亲王外，均由地方督抚兼任。
其具体编制如下：
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领导层：设总理海军事务大臣（简称”总理海军大臣”）1人，会同办理海军事务大臣（简称”会办大臣”）2人，帮同办理海军事务大臣（简称”帮办大臣”）2人。
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职能部门：下设海疆股、款项股、船政股、军械股等，各设章京3至4人，另设主稿章京负责文书工作。
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行政辅助：设轮班当月章京5至6人，印务参领2人。
该衙门在中日甲午战争北洋水师覆灭后，于光绪二十年二月十六日（1895年3月12日）被裁撤，标志着晚清海军建设的重大挫折。
清廷海军衙门主要职官一览：
1、总理事务大臣
醇亲王 爱新觉罗·奕譞（1885年10月任，1891年1月卒），道光帝第七子，光绪帝生父，后党核心成员，与慈禧太后关系密切，但实际权力受慈禧制约。
庆郡王 爱新觉罗·奕劻（1891年9月任，1894年9月免），晚清宗室重臣，后党核心成员，以贪腐无能著称，却又深得慈禧太后信任。
恭亲王 爱新觉罗·奕䜣（1894年9月任，1895年3月裁撤），道光帝第六子，洋务派领袖，虽与慈禧有权力矛盾，但始终是清廷外交和近代化改革的关键推手，堪称”开明保守派”代表人物。
2、会办大臣
庆郡王 爱新觉罗·奕劻（1885年10月任，1891年9月升任）
李鸿章（1885年10月任，1895年3月裁撤），淮军领袖、洋务派核心人物，清末最具实权的汉族官僚，门生故吏遍布军政界。
3、帮办大臣
张佳·善庆（1885年10月任，1888年6月卒），满洲正黄旗，以骁勇善战著称。
曾纪泽（1886年12月任，1890年4月卒），曾国藩长子，清末外交重臣，主张”以夷制夷”却受制于清廷弱势。
张曜（1888年5月任，1891年免），嵩武军重要将领，官至山东巡抚。
刘铭传（1890年4月兼任，1891年5月因病卸任），淮军核心将领，首任台湾巡抚。
定安（1891年9月兼任，1895年3月裁撤），满洲镶蓝旗，长期镇守东北边疆。
刘坤一（1891年9月任，1895年3月裁撤），湘军系核心重臣，甲午战争后成为东南互保运动主导者，实际控制清廷财税重地。
4、章京文案总办
恩佑（1885年10月任），蒙古正黄旗，镶黄旗满洲副都统；
尚昌懋（1885年10月任），汉军镶蓝旗，正红旗汉军副都统。
5、帮办总办章京
喜塔腊·堃岫（1885年10月任），满洲正白旗，通政司参议、兵部侍郎、神机营翼长；
佟佳·常明（1885年10月任），满洲镶红旗，浙江道御史；
奎焕（1885年10月任），蒙古镶白旗，太仆寺少卿；
明惠（1885年10月任），满洲镶黄旗，记名副都统；
阿麟（1885年10月任），记名知府，户部侍郎。
6、上行走帮总办
傅云龙（1892年兼任），候补道员。
7、管理海疆股章京
喜他拉·崇纶（1885年10月任），满洲正蓝旗，大理寺丞；
丰伸（1885年10月任），汉军正黄旗，候补通判；
荫斌（1885年10月任），满洲正黄旗，礼部候选员外郎。
8、管理款项股章京
维松（1885年10月任），蒙古镶白旗，副参领；
穆尔察·铁良（1885年10月任），满洲镶白旗，工部员外郎；
瓜尔佳·麟瑞（1885年10月任），满洲正蓝旗，候选州同治。
9、管理船政股章京
袁寿山（1885年10月任），汉军正白旗，候选员外郎；
金如鉴（1885年10月任），满洲正黄旗，京营游击；
彦忠（1885年10月任），满洲正黄旗，吏部笔帖式。
10、管理器械股章京
耀豫（1885年10月任），蒙古正黄旗，理藩院笔帖式；
庆宽（1885年10月任），满洲正黄旗，内务府员外郎；
宝文（1885年10月任），满洲镶蓝旗，宗人府笔帖式。
11、主稿章京
载林（1885年10月任），满洲镶蓝旗，吏部候补主事；
耆龄（1885年10月任），汉军镶黄旗，工部候补主事；
联魁（1885年10月任），满洲镶红旗，兵部郎中；
丰培（1885年10月任），满洲镶红旗，工部候补主事。
12、轮班当月章京
英文（1885年10月任），宗室，满洲镶蓝旗；
色古图（1885年10月任），蒙古镶黄旗；
色楞额（1885年10月任），蒙古镶黄旗；
钟俊（1885年10月任），满洲镶黄旗；
全顺（1885年10月任），满洲镶黄旗；
春龄（1885年10月任），满洲正黄旗。
13、印务参赞
明惠（1885年10月任），满洲镶黄旗；
穆尔察·铁良（1885年10月任），满洲镶白旗。
14、襄理办水师章程
周馥（1888年8月任），洋务派官僚，长期辅佐李鸿章，主管北洋海防、电报局等洋务项目。