毕占云出生于1903年，四川省广安县人，出生于一个贫苦的农民家庭。19岁的时候，为了谋生，他进入四川军阀部队当兵，从此投身行伍。1927年，毕占云出川后被编入了湘军，成为国民党部队的一员，并陆续担任了排长、连长、营长等职务。
1928年，身在湘军的毕占云奉命带队前往井冈山进攻红军，对毕占云来说，他出生于穷苦家庭，参军之后，对红军的了解也逐渐增多，更知道红军是一支真正为穷苦百姓战斗的队伍，因此对红军格外有好感。在进攻井冈山期间，他义无反顾地放弃了在国民党部队的职务，弃暗投明加入了红军。
加入红军之后，毕占云被编入井冈山的红四军，并担任了红四军特务营的第一任营长，此后他随军参加了保卫井冈山根据地的作战，并在1929年随军转战赣南与闽西，参与了中央根据地的反“围剿”作战，担任了红一军团一师参谋长、红八军团参谋长等职务。
1934年10月，第五次反“围剿”失败后，毕占云踏上了长征之路。1935年6月，红一方面军与红四方面军在懋功会师，当时为了加强红四方面军的建设，红一方面军向红四方面军派出了一些干部，其中就包括毕占云。到红四方面军之后，毕占云担任了总部二科科长等职务，并随红四方面军南下川康一带。
1936年春天，红四方面军南下失利之后重新北上，毕占云也随军北上，并于1936年10月到达陕北，见证了红军三大主力的会师与长征的胜利。长征胜利后，毕占云又参加了西路军，并担任了红五军参谋长，随部渡过黄河，进入河西走廊作战。
不过，西路军作战期间遭遇巨大的损失，几乎全军覆没。1937年春天，西路军余部分散突围，突围期间，毕占云经历了常人难以想象的困难，最终辗转返回了陕北。全面抗战爆发后，他担任了八路军留守兵团参谋处处长、绥德警备司令部参谋长等职务，主要负责保卫后方，为免除前线抗日将士的后顾之忧贡献了一份力量。
1939年，毕占云被组织派到太岳区，主要从事统战工作，期间，他坚持我党既独立自主，又联合抗日的统一战线政策，团结一切可以团结的力量，致力于壮大抗日武装。同时，毕占云也积极动员有志青年参军参战，筹建青年抗日协会、妇女抗敌协会等组织，使得太岳区的抗日形势如火如荼发展起来，为抗日战争的胜利作出了重要的贡献。
抗战胜利后，毕占云担任了冀东军区副司令员、豫皖苏军区副司令员等职务，任职期间，他参与领导了淮海战役以及渡江战役的前线支援工作，并充分依靠群众力量，保障了前线的物资供给，促进了革命的最终胜利。
新中国成立后，毕占云留在河南工作，担任了河南军区副司令员，1955年，他被授予中将军衔，成为开国中将。同时，毕占云还获得了一级八一勋章、一级独立自由勋章和一级解放勋章，以表彰他在革命时期作出的卓越贡献。
授衔之后，毕占云继续投身我军的革命化与正规化建设，并担任了河南省军区司令员、武汉军区副司令员等职务，是一名副大军区职干部。晚年的毕占云主要生活在郑州，于1977年因病去世，享年74岁。
