今天分享一个marker资源:来自文献:2021年4月15号发表在 Nature Communications 杂志上,标题为《Single cell regulatory landscape of the mouse kidney highlights cellular differentiation programs and disease targets》。
样本情况
对出生第0天(P0)、3周龄(P21)和8周龄(P56)的小鼠肾脏进行了单细胞测序(图1a)。小鼠出生时仍存在肾单位祖细胞,且肾单位形成过程持续至约第21天。

scATAC-seq部分注释
根据标记基因的可及性特征,成功鉴定了代表以下细胞类型的聚类(图1d):
-
肾单位祖细胞 nephron progenitors:Uncx和Cited1、 -
内皮细胞 endothelial cells:Egfl7 -
足细胞 podocytes:Nphs1和Nphs2 -
近端小管第一段和第三段细胞 proximal tubule segment 1 and segment 3 cells:Akr1c21、Slc34a1和Slc5a2、Kap -
髓袢 loop of Henle:Slc12a1和Umod -
远曲小管 distal convoluted tubule:Slc12a3和Pvalb -
连接小管 connecting tubule:Trpv5 -
集合管主细胞 collecting duct principal cells:Aqp2和Fxyd4 -
集合管闰细胞 collecting duct intercalated cells:Atp6v1g3和Atp6v0d2 -
基质细胞 stromal:Col3a121 -
免疫细胞 immune cells:C1qb
作者还提供了别的文献中使用的:
对于scRNA-seq部分
作者也已经提供好了整理好的表格: