烹调时，蛋白质的变性受到许多因素的影响，如水、火、油、酒、酸、碱、盐和搅拌等，都可以使蛋白质变性。食品中的蛋白质变性，改变了食物的原有味道，
使原来没有什么味道的或有腥膻味等不良味道的食物变得鲜香滑嫩，美味可口，容易被人体消化。
鳗鱼丸子
1.食物蛋白质加热以后的变化
加热会使蛋白质变性。从温度45~50℃开始，蛋白质开始变性。随着温度的升高，变性加快;到了80℃以上，维持蛋白质空间结构的一些化学键断裂，蛋白质原有的特性也就发生了变化。蛋白质的溶解度降低，促进了分子间的结合或与其他物质的结合，发生凝结、沉淀。
变性后的蛋白质内部的水分溢出，也就是蛋白质的持水性减弱，食物的体积减小，重量减轻。比如煮牛肉，500克生牛肉，水煮后只有300~350克。食物蛋白质受热变性，在烹调中广泛存在。肉类食品口感老嫩程度是评价菜肴质量的重要标准，而肉类食品口感老嫩程度取决于蛋白质的持水性。
水分藏身于蛋白质的网状结构中，使肌肉蛋白质形成凝胶状态。含有的水分越多，口感越嫩。
以煮牛肉为例，大火煮，很快使牛肉内的蛋白质变性，蛋白质中的水分因为蛋白质内部的网状结构被破坏，蛋白质的持水性减弱，牛肉中的水分脱出，牛肉会变得口感柴、硬、咬不动。如果凉水下锅，慢慢加热，肉中的蛋白质结构破坏少，水分保持好，牛肉会显得汁多，柔嫩。
同理，如果烤肉，火候掌握不好，火太大，肉中蛋白质迅速变性，也容易变成咬不动的老柴肉。
食物蛋白质加热过度或加热时间太长，食物会发生严重脱水，菜肴会变得老、柴，口感极差，甚至失去营养价值和产生有害物质。
水煮牛肉
2.食物蛋白质在水中的变化
食物蛋白质中有一些氨基酸是可以溶解在水里的。
如冷水煮肉，肉表面温度慢慢增加，肉中可溶解的氨基酸徐徐溶进汤里，肉汤的味道会很鲜美，但是肉的鲜味下降;若沸水煮肉，则肉中可溶解的氨基酸溶进汤中的数量就很少，汤不鲜而肉鲜。因此，就有“冷水煮肉喝汤，热水煮肉吃肉”的说法。
做肉丸子时，为增加肉质的弹性和柔嫩，利用蛋白质的持水性，要向肉馅里打水。不同的肉质，打水的数量不同。
如用鸡肉、鱼肉做丸子，因为它们含脂肪数量较少，“吃水”多，所以往肉馅里加水的比例是1:1。而用猪肉做丸子时，即使是瘦肉，脂肪含量也很高，“吃水”少，因此加水数量要少于鸡肉、鱼肉。猪肉和水的比例应该是1:0.75 比较合适。如果加水方法正确，可以得到口感鲜嫩、弹性好的丸子。
当然，在往锅里下丸子时，还应该注意水温。鸡肉、鱼肉要温度低，凉水下锅;猪肉要温度高，开水下锅。鸡肉、鱼肉的纤维短，凉水下锅慢慢加温，不易散，若开水再下就冲散了;猪肉纤维稍长，需要水温接近100℃时下锅，肉丸容易抱团。
四喜丸子
3.食物蛋白质在酒中的变化
酒即乙醇。乙醇是有机溶剂，可以使食物蛋白质的立体结构发生断裂而变性，蛋白质凝固。烹调中常用白酒腌制鲜活水产品，如醉虾、醉蟹等。南方人爱吃的糟蛋、糟鸭等糟类食品，是利用酒酿(甜米酒)制作而成的，口味独特，香醇可口。
醉蟹
4.食物蛋白质在油中的变化
油炸是烹调中最常用的方法之一。例如烹制鱼，因为鱼肉含水量较多，当温度到了 60℃左右时，鱼肉细胞膨胀，而这时鱼肉蛋白还没有凝固，所以鱼肉松散，易碎。如果换个方法，先用底油将鱼身两面煎一下，鱼体表面的蛋白质因为底油的高温而迅速变性，凝固成一层硬壳，保护了鱼肉内部的水分不流失，鱼肉细胞不破坏，鱼体不易散碎，鱼肉鲜嫩可口。
酥炸鱼
5.食物蛋白质在酸碱中的变化
常温情况下，食物蛋白质在合适的 PH 值范围内。保持着蛋白质本身结构的稳定。当 PH 值发生变化时，蛋白质中的立体结构被打破，蛋白质出现变性，凝固。
例如牛奶在酸性环境下变成酸奶;新鲜鸡蛋在碱性环境下变成皮蛋等等。