水稻3K数据库更新之后,很多小伙伴找不到了,这里发一下3K数据库更新后的使用攻略,以供小伙伴们使用!
数据库的地址:https://snp-seek./
数据库使用方法
点击左侧的Search By Genotype得到下图:

输入对应的ID,比如LOC_OS01G01010,如下图所示:
下载对应的格式即可:
单倍型分析
一般上面的3k数据库都是配合单倍型分析一起用的,可以结合表型,这里需要用到另外一个好用的网站:https://v1./Genotype/haplotype
得到下面的单倍型分类,以其中一种表型为例即可,得到结果如下图所示:
总结
如果要用好单倍型分析,还是需要紧跟具体基因的表型,关注的突变SNP等等,这样分析才有意义,不能为了分析而分析,那就是简单的凑数据了,意义不大。
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