1935年3月，红二军团与红六军团在湘鄂川黔苏区遭遇国民党重兵围剿，敌我兵力相差近十倍。贺老总提出采用运动战应对，萧克则坚持阵地战。按照作战计划，红六军团一个团需扼守后坪镇东的鸡公垭高地，阻击李觉部19师渡河，待敌军注意力被吸引后，伏击部队出动将其歼灭。
20日暴雨导致李觉部暂缓渡河，红军主力误以为计划泄露，后撤15里，仅留红六军团18师53团在鸡公垭警戒。53团因高地上无遮挡物，夜间主动放弃阵地。次日凌晨，李觉部一个团隐蔽过河，抢占鸡公垭高地并修筑工事。53团发现时组织进攻，因敌军占据地利且红军缺乏重武器，难以扭转局面，团政委刘志高牺牲。红军主力赶到后，敌军增援也陆续抵达，伏击战转为消耗战，最终红军撤退。此战国军伤亡490多人，红军伤亡约800人。
1936年1月，红二、六军团转移至晃县，李觉部紧追不舍，红军决定在蜈蚣关伏击其先锋16师。部署为红六军团在关前埋伏诱敌，一部切断便水渡口，红二军团从便水谷地包围进攻。1月5日，李觉部16师抵达蜈蚣关后停止前进并修筑工事，萧克改为强攻。红六军团负责截断渡口的部队途中与敌军遭遇，任务未完成，导致敌援军可通过水路抵达主战场，萧克部陷入胶着。贺老总令红二军团从敌右翼进攻策应，双方苦战一天未分胜负。1月6日下午3点左右，萧克因部下伤亡过大下令撤退，未通知贺老总。红二军团坚持至1月7日凌晨，险些被四面包围。贺老总对此事耿耿于怀，后称萧克不老实，总结报告未提及红六军团的错误。
土地革命时期，萧克与贺老总开始合作，一同率部转战。1934年11月，红二、六军团会师后，两人均为军团长，级别相当，对诸多事务看法不同且无法相互命令。后坪战斗与便水战斗中的指挥问题加剧了两人矛盾。红二、六军团长征至甘孜与红四方面军会师后，萧克接受了不当任命，担任四方面军31军军长，而贺老总、任弼时等人坚决抵制相关错误行为。抗战初期，八路军120师出现“三王”事件，萧克在背后支持。一系列事件导致两人不宜再共事，中央因冀东急需人才，任命萧克为冀热察挺进军司令员，两人自此分开。
萧克抵达平西后，处决了冀东抗联司令员高志远。此举导致宋时轮、邓华离心离德，两人很快申请调离。冀热察挺进军建制下的主要武装力量为冀东抗联、宋时轮纵队、邓华纵队，高志远被处决及宋时轮、邓华调离，影响了整体力量。萧克在冀热察挺进军期间，数年未能打出平西。1942年2月，冀热察挺进军番号被撤销，冀东、平西、平北归晋察冀直接领导，萧克调任晋察冀军区副司令员。
萧克调任晋察冀军区副司令员后，聂帅将诸多军事工作交其负责。中央提倡精兵简政以减轻民众负担，萧克结合在平西时队伍庞大、后勤吃力的感受，推动“大团改小团”改革。改革将晋察冀野战主力团从2000余人缩编至不足900人，多数营级番号被撤销，撤裁人员编入地方部队或复员种地。改革减轻了百姓赋税，但导致部队战斗力严重下降。日军后来“扫荡”时，晋察冀受损，改制后的部队未再打出歼灭战，战绩不及之前。