在企业运营过程中，总分公司架构下的税收问题较为复杂，涉及核算方式、纳税申报、增值税处理等多个方面。为帮助企业更好地应对这些问题，以下将对总分公司常见税收问题进行系统梳理与解答。
一、分公司核算方式确定
分公司在填写《税务登记表》时，“核算方式” 分为 “独立核算” 和 “非独立核算”。若分公司单独进行会计核算，能独立对外开展业务，可单独向客户开具发票，且配置了财务人员，这种情况下应选择 “独立核算”；若分公司仅为办事处性质，不单独进行账务处理和开票，所有单据都由总公司进行会计核算，则应选择 “非独立核算”。需要注意的是，分支机构采用何种核算方式属于企业内部管理要求，税务机关对此并无强制规定，纳税人可根据实际情况自行确定。
二、分公司纳税申报要点
（一）企业所得税申报原则
“独立核算” 的分支机构并非必然独立纳税，“非独立核算” 的分支机构也不是一定不需要独立纳税。以总机构名义进行生产经营的非法人分支机构，若无法提供汇总纳税企业分支机构所得税分配表及相关证据证明其二级及以下分支机构身份，将视同独立纳税人计算并就地缴纳企业所得税；反之，则需按照规定汇总计算并缴纳企业所得税 。
实际工作中，许多不具备法人资格的分支机构自行完成所得税汇算清缴而未进行汇总纳税，主要原因在于部分纳税人对“独立核算” 和 “非独立核算” 的概念理解不准确，未按规定及时向税务机关提供相关证明及所得税分配表，从而被视同为 “独立纳税人” 独立缴纳企业所得税。此外，由于地域税源竞争，分支机构所在地税务机关往往不会主动提醒企业进行汇总纳税，而汇总缴纳企业所得税可实现各机构间盈亏互补，企业若未进行汇总纳税，可能会遭受一定损失。
分公司不能通过申请独立计算缴纳企业所得税，成立分公司的一大优势就在于可汇总计算缴纳企业所得税，实现总分公司之间的盈亏抵消。若企业有独立计算纳税的需求，应选择成立子公司，因为税务机关不会批准分公司独立计算缴纳企业所得税的申请。
（二）小型微利企业优惠政策适用
分公司若未办理汇总纳税，不得独立享受小型微利企业优惠政策，只能按照 25% 的基本税率进行纳税申报。这是因为分支机构不论是否独立核算，都不具备法人纳税人资格，不能以自身的从业人数、资产总额和应纳税所得额作为判断是否符合小微企业享受所得税优惠的依据 。
（三）不同地域分支机构纳税规定
1.同一地级市内跨县、区：此类分支机构企业所得税是否汇总纳税和就地预缴，需依据地方文件规定执行。若无相关规定，一般不就地预缴。例如，安徽芜湖市规定，总机构及其分支机构均在市内跨区（县）的，原则上由总机构所在地税务机关监管企业所得税，分支机构不就地预缴，由总机构统一计算、汇总缴纳；若分支机构因经营范围及行业税收政策等特殊情况需就地缴纳税款，则应由所在地主管税务机关审核后，报市级税务机关确认。
2.跨省分支机构：跨省的总分公司必须办理企业所得税汇总纳税备案（除另有规定外）。居民企业在中国境内跨地区设立不具有法人资格分支机构的，该居民企业属于跨地区经营汇总纳税企业，其企业所得税征收管理适用相关办法，企业可通过电子税务局办理备案，具体路径为：电子税务局—— 我要办税 —— 税费申报及缴纳 —— 企业所得税申报 —— 企业所得税汇总纳税企业总分机构信息备案。
（四）二级分支机构就地分摊规定
并非所有二级分支机构都需要就地分摊企业所得税。总机构和具有主体生产经营职能的二级分支机构，需就地分摊缴纳企业所得税；而不具有主体生产经营职能且在当地不缴纳增值税、营业税的内部辅助性二级分支机构、上年度认定为小型微利企业的二级分支机构、新设立的二级分支机构（设立当年）、当年撤销的二级分支机构（自办理注销税务登记之日所属企业所得税预缴期间起）、汇总纳税企业在中国境外设立的不具有法人资格的二级分支机构，不就地分摊缴纳企业所得税。
（五）企业所得税分摊计算方法
总机构应按照上年度分支机构的营业收入、职工薪酬和资产总额三个因素计算各分支机构分摊所得税款的比例，其中三级及以下分支机构的相关数据统一计入二级分支机构，三因素的权重依次为 0.35、0.35、0.30。计算公式为：某分支机构分摊比例 =（该分支机构营业收入 ÷ 各分支机构营业收入之和）×0.35+ （该分支机构职工薪酬 ÷ 各分支机构职工薪酬之和）×0.35 + （该分支机构资产总额 ÷ 各分支机构资产总额之和）×0.30 。
总机构分摊税款 = 汇总纳税企业当期应纳所得税额 ×50％；所有分支机构分摊税款总额 = 汇总纳税企业当期应纳所得税额 ×50％。
（六）特殊情况处理
1.跨地区经营企业上年度不是小型微利企业，但本年度符合小型微利企业条件时，在外地的二级分支机构仍需要就地分摊预缴企业所得税。
2.视同独立纳税人缴税的二级分支机构不能享受小型微利企业所得税减免政策，因为现行企业所得税实行法人税制，分支机构的经营情况需并入企业总机构，由总机构汇总计算应纳税款并享受相关优惠政策。
3.对于汇总纳税的总分机构，总机构完成汇算清缴后，分公司仍需要进行汇算清缴。汇总纳税企业应在年度终了之日起 5 个月内，由总机构汇总计算企业年度应纳所得税额，扣除总机构和各分支机构已预缴的税款，计算出应缴应退税款，并按照规定的税款分摊方法计算总机构和分支机构的企业所得税应缴应退税款，分别由总机构和分支机构就地办理税款缴库或退库 。
4.计算小型微利企业标准中的从业人数、资产总额时，汇总纳税企业应包含分支机构的数据，因为企业应以法人为纳税主体进行相关指标的计算。
5.分支机构分摊比例一经确定，一般不得随意调整，除特殊情况外，当年不作调整。
6.外地分公司在季度预缴企业所得税时，需在总公司预缴申报后，依据总公司提供的《分配表》向主管税务机关做预缴申报，仅填写 A20000 表，勾选表中 “预缴方式”“企业类型” 后，填报第 20 行（分支机构本期分摊比例）、21 行（分支机构本期分摊应补（退）所得税额） 。
7.分公司季度申报企业所得税时，无需申报收入、成本费用，只需填报总机构分摊给分支机构的税额。同时，季度申报时分支机构无需填写《企业所得税汇总纳税分支机构所得税分配表》（A202000），也无需报送财务报表，仅需填写分税金额 。
8.就地缴纳税款的二级分支机构，在进行年度企业所得税申报时，无需报送年度财务报表，电子税务局也不提供年度财务报表报送模块。
9.在外省新成立的分公司，当年无需进行企业所得税汇总纳税，但从第二年起必须进行汇总纳税，总分机构之间按照上述分摊计算方法进行企业所得税的分摊。
三、增值税相关问题处理
（一）纳税人身份认定
总公司是增值税一般纳税人时，设立的分公司可以是小规模纳税人。根据相关规定，总机构和分支机构不在同一县（市）的，应分别向各自所在地主管税务机关申报纳税；经批准，也可由总机构汇总申报纳税。
（二）申报缴纳主体
一般情况下，分公司的增值税由分支机构自行申报缴纳。
（三）发票抵扣与开具
1.分公司和总公司在增值税上属于不同纳税主体，纳税人识别号不同，因此分公司接受的专票不能放到总公司抵扣，应各自进行抵扣。
2.若总分公司企业所得税为汇总纳税，由于企业所得税实行法人税制，总公司的发票开成分公司抬头可以在企业所得税中扣除。
3.在建筑行业中，总公司签订合同，实际由分公司提供业务服务并开票的，发包方取得分公司的增值税专用发票允许抵扣增值税。具体规定为，建筑企业与发包方签订建筑合同后，以内部授权或者三方协议等方式，授权集团内其他纳税人（分公司）为发包方提供建筑服务，并由分公司直接与发包方结算工程款的，由分公司缴纳增值税并向发包方开具增值税发票，发包方可凭此发票抵扣进项税额。
4.总公司和分公司之间的业务往来若互相开具发票，在增值税上，总分公司应按规定分别确认增值税销售额；在会计处理上，由于分公司不具备独立法人资格，总分公司之间的商品交易不能确认为收入；在企业所得税上，总分公司作为统一法人主体，商品调拨未改变所有权归属，也不能确认为企业所得税收入。
（四）视同销售情形
1.总分公司之间调拨货物，判断增值税是否视同销售主要依据总分公司是否在同一个县（市）。若不在同一县（市）且移送到收货方后用于对外销售货物，则调拨货物增值税需要视同销售；若单纯用于收货方内部使用等，则不需要视同销售。相关规定可参考《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》及《国家税务总局关于企业所属机构间移送货物征收增值税问题的通知》。
2.总公司与分公司在增值税上是两个独立主体，相互之间无偿借款金额较大时，需视同销售贷款服务，缴纳增值税。
四、其他税收相关问题
（一）企业年报填报
分公司需要填报企业年报并公示。若分公司财务管理属于非独立核算，资产经营信息栏全部填“0”；若属独立核算，则按本单位财务报表填写 。
（二）税务检查查补税款处理
1.当某二级分支机构所在地主管税务机关对该二级分支机构实施税务检查并需要查补税款（包括滞纳金、罚款）时，二级分支机构应将查补所得税款的 50% 分摊给总机构缴纳，50% 分摊给该二级分支机构就地办理缴库，与其他二级分支机构无关 。
2.若总机构所在地主管税务机关对总机构实施税务检查并需要查补税款（包括滞纳金、罚款），总机构应将查补所得税款的 50% 按照分摊比例，分摊给各分支机构（不包括不就地分摊的分支机构）缴纳；50% 分摊给总机构缴纳，不涉及不就地分摊的分支机构 。
（三）个人所得税申报
分公司职工的工资薪金个人所得税申报缴纳主体取决于工资发放方。若分公司员工工资奖金由分支机构支付发放，则个税由分支机构申报缴纳；若由总公司直接支付，应由总公司代扣代缴个人所得税。参考依据为《个人所得税法》第八条规定。
以上涵盖了总分公司常见的税收问题处理方法。若在实际操作中遇到其他问题，或对上述内容有疑问，欢迎随时咨询进一步了解。
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