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1、在法律上性质相同
均是“意思表示一致”的契约行为，生效的协议和合同都具有法律效力。这一点在二者的概念上即可得到确认：合同是民事主体之间设立、变更、终止民事法律关系的协议；协议是指有关国家、政党、企业、事业单位、社会团体或者个人，在平等协商的基础上订立的一种具有政治、经济或其他关系的契约。
2、是一个种属的概念
协议在其所表示的意义、作用、格式、形式等方面基本上与合同是相同的。合同就是协议的一种，是一种条款内容明确、具体、详细、齐全，权利义务清晰的民事经济关系领域的协议。所有的合同都是协议，合同是有具有特定内容的民事领域（侵权、贸易等）的协议。
3、实践中有时进行混同使用
如《XXX型号装备备产协议》，备产协议非常详细地规定双方权利义务，却未使用法定的合同术语，而使用了协议概念，这种情形属于使用的不规范，不规范使用不影响其合同的法律效力。只要协议对买卖合同双方的权利和义务作出明确、具体和肯定的约定，即使书面文件上被冠以“协议”或“协议书”的名称，一经双方签署确定，即与合同一样对买卖双方具有约束力。
合同与协议虽然有其共同之处，但两者也有其明显区别。
1、法律地位不同
法律对合同内涵和外延进行了明确界定，合同法律术语的概念、内容、标准等清晰；协议尽管在相关法律条文中出现，但对协议的具体条款内容未进行明确规定。
2、常用的范围领域不同
合同仅限于民事法律关系，合同双方是平等的民事关系，尽管协议可以涵盖政治、经济、身份关系等范围，但多用于涉及国家政党等政治经济关系，以及婚姻、收养、监护等人身关系的领域。
3、条款内容详略程度不同
正是因为法律未明确规定协议的具体内容，往往协议内容较为宽泛，而合同必须具备基本的条款内容，而且条款内容必须具体明确。
《民法典》第四百七十条规定了合同的基本条款，即“当事人的姓名或者名称和住所；标的；数量；质量；价款或者报酬；履行期限、地点和方式；违约责任；解决争议的方法。”合同的特点是明确、详细、具体，并规定有违约责任；而协议的特点是没有具体标的，简单、概括、原则，不涉及违约责任。如果协议的内容写得比较明确、具体、详细、齐全，并涉及到违约责任，即使其名称写的是协议，也是合同；如果合同的内容写得比较概括、原则、很不具体，也不涉及违约责任，即使其名称写的是合同，也不能称其为合同，而是协议。
所有的合同都是协议，但并非所有的协议都是合同。协议和合同是包含关系，协议包括合同，“协议”比“合同”的范围要大。合同是协议的特殊情形，合同是具有特定内容的协议。
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