我们都知道，石峁遗址位于陕北的神木市，经碳专家采用碳十四系列测年以及考古学系列证据，得知石峁城址初建于公元前2300年前后，废弃于公元前1800年前后，存续时间共长达500年，从夏纪年公元前2070年开始算，石卯古城在夏朝存续了270年，占夏朝总纪年471年中的一半还多30多年，石卯的繁荣期、强盛期，都在夏朝。石卯古城面积达4.25平方公里，是中国已知规模最大的龙山时代晚期城址，号称“天下第一城”。
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一、石卯遗址的发展历程
石卯闻名于海外是因为大量流散于海内外一些文博机构的玉器，在1929年，时任德国科隆远东美术馆代表的美籍德国人萨尔蒙尼，曾在北京目睹来自榆林的农民求售牙璋等玉器42件，其中最大的一件长53.4厘米的墨玉质“刀形端刃器”，后经萨尔蒙尼之手，后辗转到德国，收藏在科隆远东美术馆中。近年来的文物普查及调查发掘资料显示，石卯玉器在大英博物馆、哈佛大学赛克勒博物馆、波士顿美术馆、芝加哥美术馆、白鹤美术馆、伦敦大学亚非学院等机构都收藏着石峁遗址的牙璋或风格类似等器物，数量庞大、器类独特、玉质迥然的石峁玉器成为了世界范围内文物收藏家和玉器研究者关注的焦点。
我国考古学者首次关注到石峁遗址是在1958年，当年，陕西省开展第一次全国文物普查时，“石峁山遗址”(即今石峁遗址)首次被考古工作者记录。当时根据调查信息及采集陶片等标本分析，认为此处为一处新石器时代龙山文化遗址，就建议当地的农业社负责保护，并请求文化主管部门勘察。但当年正值“大跃进”运动，关于石峁遗址调查的相关信息遗失殆尽，遗址保护等建议亦未引起重视。
1963年，陕西省考古研究所联合西北大学共同在陕北榆林、神木、府谷等地的长城沿线调查时踏查并再次记录了“石峁山遗址”。
1975年冬，陕西省考古研究所戴应新在神木县高家堡公社前后四次共征集到玉器127件。当时文化站负责干部段海田称自1966年起至1975年的10年间经他收集的玉器最少有1500件之多。
1981年，中国社会科学研究院考古研究所张长寿来到石峁遗址进行调查，亲见当地村民收藏的牙璋、刀、璧、璜、斧、钺等玉器并征集了其中3件。同年，西安半坡博物馆对石峁遗址进行了试掘,发现房址、灰坑、石棺葬、瓮棺葬等遗迹，此次发掘对明确遗址的文化内涵与性质起到了重要作用，但关于遗址的规模、性质以及玉器埋藏环境等问题仍然没有得到解决。
1986年，陕西省考古研究所吕智荣在神府煤田考古工作时对石峁遗址进行了调查，采集到陶器残片、磨制石器、打制石器和细石器共40余件，并征集到个别玉器。
1992年，石峁遗址被陕西省人民政府公布为省级重点文物保护单位。
2006年，石峁遗址被国务院公布为第六批全国重点文物保护单位。
2009年，上海大学罗宏才对石峁遗址进行了调查，采集到石人头雕像1件，并对当地村民、榆林地区收藏家进行了走访，见到了20余件造型独特的石雕或石人头雕像。调查者认为石峁雕像与河南、关中、陇东及更远的川鄂苏地区的商时期文化有着密切联系，对探讨华夏民族的融合历史、族源、族属等问题提供了形象标尺与民族学研究提供了参照。
2010年，神木县文体局向陕西省文物局报告，石峁遗址发现了大量玉器、陶器等文物，被当地文物收藏家收藏。
2011年4月，神木县文体局专文呈报陕西省文物局，请求对石峁遗址开展考古发掘。随后石峁考古调查工作全面启动。
2012年，石峁考古发掘获得国家文物局批准，石卯遗址才正式开始全面发掘。
2015年，成立了副县级建制的神木县(市)石峁遗址管理处，与石峁考古队通力合作，共同担负起石峁遗址的相关文物工作。
2016年，陕西省政府颁布了《石峁遗址保护规划(2016—2030)》,为石峁遗址的保护管理工作提供了有效依据。
2017年，《陕西省石峁遗址保护条例》经陕西省人大常委会颁布施行，为遗址的保护管理提供了有力的法制保障。12月，石峁遗址入选第三批国家考古遗址公园立项名单。
2018年9月，“石峁遗址博物馆”破土动工，石峁遗址的考古成果惠及群众，指日可待。
2019年5月9日，国家文物局正式将石峁遗址列入《中国申报世界文化遗产预备名录》，标志着石峁遗址拿到了申遗的预备入场券。
2021年10月，被评为“百年百大考古发现”。
2022年2月，被陕西省文化和旅游厅确定石卯遗址为国家4A级旅游景区。
2022年12月29日，入选第四批国家考古遗址公园。
2023年4月，被正式授牌国家考古遗址公园。11月29日，石峁博物馆正式建成并对外开放，这标志着作为“中华文明探源工程”重要遗址的石峁遗址考古发掘、研究保护取得阶段性成果。博物馆规划用地面积80余亩，包括博物馆、遗址管理中心、考古研究中心三大功能。其展区面积5943平方米，以“中华圣城·文明王都”为主题，通过“巍巍石峁”、“王者之城”、“都邑生活”、“赫赫之名”四大版块，全面、立体、真实地展示了石峁遗址考古成果和遗产价值，体现了石峁文明在中国文明起源形成的多元性和发展过程中的重要价值和独特地位。
二、石卯先民的人种问题
2019年，复旦大学团队对石峁人骨的古 DNA 分析，揭开了颠覆性真相：石峁先民的母系基因与现代北方汉族重合度高达78%，远超同时期中原人群。更惊人的是，其 Y 染色体单倍群以O2a-M117为主（占比63%)，与仰韶文化半坡类型高度同源。【半坡遗址（公元前5000年）:O2a-M117占比58%；石峁遗址（公元前2000年）:O2a-M117占比63%；现代陕北汉族：O2a-M117占比61%】证实石峁人是仰韶先民直系后裔，正如陕西省考古研究院院长孙周勇所言：’石峁不是异族，而是华夏文明的’北方备份’。’
2020年，吉林大学生命科学院的科研团队发现两例石峁遗址的古DNA，其Y染色体分别是O2a2b1a（Oα-F2137，现代汉族主流类型）和C2e1b2（C系南支，在现在汉族占比约10%），都是华夏的土著。但是这两例样本都被确认为平民样本，因此难以用来研究石峁贵族的人群。
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之后两年，石峁遗址皇城台贵族墓葬的发现，于是揭开了石卯人种基因的谜题。2022年，中国科学院古脊椎动物与古人类研究所（以下称“古脊椎所”）付巧妹研究员团队和陕西省考古研究院、中国国家博物馆考古院、中国社会科学院考古研究所、北京大学考古文博学院、国家文物局考古研究中心、西北大学文化遗产学院等合作对陕北、山西的史前遗址人骨进行了DNA研究，发现石峁人群与现代汉族人群，尤其是和中国北方（以秦岭-淮河为界）汉族人群之间母系遗传联系最紧密。
中国科学院古脊椎动物与古人类研究所薛家旸博士研究生通过对采集自陕西五庄果墚遗址、庙梁遗址、石峁遗址，山西陶寺遗址、周家庄遗址等黄河中游13个遗址的172例个完整的线粒体基因组进行了测序分析研究。从仰韶时期到龙山时期，来自陕西北部石卯文化和山西南部、黄河中游流域的陶寺文化的结果表明，居住在石卯的人口与陕西北部新石器时代中期仰韶时期早期的人口具有密切的遗传联系，揭示了石卯人的起源主要是源于本地，并与陶寺文化相关人群之间的母系遗传联系最为密切，对于现代北方汉族具有相对更高的遗传贡献。本研究为研究新石器时代黄河中游流域石茂人的遗传起源、结构和人口动态提供了新的视角。
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对石卯遗址的晚期和早期人群的DNA对比说明，石峁文化不是外来的，而是本地起源，直接继承黄河中游的仰韶文化。这也是个重要结论，因为有些遗址的人确实是从别地迁来的。石峁城里已经有了明显的阶级分化，但是不同阶层的人DNA差异不大，说明是内部分化的，而不是外来征服或者抢夺人口。
172例样本地理位置与年代
2023年，人类学家成功在石峁遗址皇城台高级古墓中提取到了一例DNA样本，经过检测研究，其父系为N1-F963，其母系为A-a1。这个检测结果震惊了众人，因为N1-F963恰好是N-F1998（西周姬姓）的上游，也就是意味着石峁的贵族有西周姬姓的祖先。西周姬姓是西周的王族，他们自称是黄帝的后裔，西周姬姓的父系Y染色体基因已经得到了确认，那就是N-F1998。
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结合史料，《徐偃王志》记载：“爰产轩辕，是为黄帝，实姬姓”、《帝王世纪》记载：“黄帝，少典之子，姬姓也”、《广黄帝本行记》记载：“黄帝子孙各得姓於事，帝吹律定姓者十二在中卷。少昊有子姓曼，颛顼姓姬。以黄帝居姬水，帝喾子遂后稷姓姬也。”，还有其他大量文献记载“黄帝长姬水”；在结合现在的DNA样本结果，黄帝陵、陕西仰韶时期等考古信息得出，石峁的贵族有西周姬姓的祖先，验证了石卯先民就是黄帝部落的后裔。
以上样本的检测，足以说明石卯是华夏文明起源过程中的主脉而非旁系。
随着石卯遗址的不断发掘，定能揭开石卯文化的神秘面纱。