这个代码来自2025年8月5号发表在Nat Genet.杂志上的文献， 标题《Single-nucleus chromatin accessibility profiling identifies cell types and functional variants contributing to major depression》。本文通过结合单细胞染色质可及性与基因表达，研究了84名个体的背外侧前额叶皮质中超过20万个细胞，以探究重度抑郁症MDD与神经正常对照组相比的基因调控机制。

主要发现如下：

  • MDD 相关的染色质可及性改变在 deep-layer excitatory neurons 中尤为显著，这些神经元以转录因子（TF）基序的可及性和应激反应性转录因子NR4A2的结合为特征；

  • 这些神经元还富集了与MDD相关的遗传变异，这些变异破坏了与可能影响突触通讯的基因相关的TF结合位点；

  • 此外，在MDD患者中，a gray matter microglia cluster 在已知调节免疫稳态的TF结合位点处的可及性降低；

  • 最后，利用基于序列的可及性预测、供体特异性基因型和基于细胞的实验，确定了MDD风险变异的基因调控效应。这些发现揭示了遗传变异可能通过哪些细胞类型和调控机制增加MDD风险。

    Nat Genet.杂志代码分享：具有详细处理步骤的snATAC分析R代码

单细胞水平的染色质结构图谱

图a：不同亚群层次聚类结果，右侧umap散点图结果；

图b： 顶部：兴奋性excitatory细胞类型的亚群聚类，12个兴奋性神经元聚类ExN1–ExN12；底部：抑制性 inhibitory 细胞类型的亚群聚类，5个抑制性神经元聚类InN3/PV/SST/LAMP5/VIP；

图c：顶部：皮质层特异性神经元谱系标记基因，CUX2，upper layer（L1/2）；RORB、TOX，middle layer（L3/4）；SYNPR、NTNG2、FEZF2，deep layer（L5/6）；底部：中间神经元谱系标记基因，LHX2、SST、PVALB，medial ganglionic eminence（MGE）；ADARB2、VIP、LAMP5，caudal (CGE) lineage interneurons；

图d：细胞类型特异性标记基因的伪散装染色质可及性（Ast，GFAP；ExN1，SLC17A7；InN，GAD2；Mic，CX3CR1；Oli，MAG；OPC，CSPG4；按TSS中的读数标准化）；

图e：聚类特异性标记转录因子（神经元转录因子，JUNB；小胶质细胞，SPIB）Tn5偏差校正足迹。

图f：从左到右依次为：每个聚类中的高质量细胞核总数，随后是MDD与对照组以及男性与女性受试者的细胞核比例；

图g：亚群差异标记cCREs热图；

图h：亚群差异转录因子基序偏差z分数的平均差异热图。