骨架编辑简介:在原子尺度上选择性编辑有机分子,是有机化学家长期以来的愿景,有助于快速合成医药、农药化学品、香料和有机材料行业所需化合物。受经典Beckmann重排等有机反应启发,结合现代合成工具,化学家最近开发出多种编辑分子核心骨架的创造性方法。可以通过原子插入、删除或替换策略,实现现存化合物库的直接骨架编辑,避免从头合成,加快药物先导物制备和优化(Fig. 1a)。
原子替换骨架编辑,需要在同一个原子上选择性顺序裂解和形成强键,因而是骨架编辑中最具挑战性一类转化。但因为可以最小化改变分子结构,对药物化学家来说却是最具有吸引力一类转化。为此,多个课题组报道过各种原子替换骨架编辑方法,可以实现N/C替换、O/N和C/N替换骨架编辑。其中,C/N替换骨架编辑尤其重要,但也存在各种挑战,需要在不改变外围基团情况下实现碳原子剪切、氮原子插入和关环的选择性发生。如Fig. 1b所示,Burns组、Levin组开发出的叠氮策略和氮氧化物策略,可以实现选择性C/N原子替换骨架编辑,但因为需要预活化底物,限制了方法的应用范围。
吲哚骨架编辑:吲哚和相关氮杂环,存在于大量市售药物分子和活性天然产物中改,是发展C/N原子替换骨架编辑的优选底物。此外,将吲哚骨架替换成苯并咪唑,通常对药物先导物的优化具有积极影响,可以改善代谢稳定性和药效(Fig. 1c)。然而,目前尚未有将吲哚直接转化成苯并咪唑的方法报道,因而发展出此类转化的C/N原子替换骨架编辑方法,具有重要研究价值。
此工作简介:苏黎世联邦理工大学Bill Morandi课题组,计划发展出一种直接将吲哚转化成苯并咪唑的C/N原子替换骨架编辑方法(Fig. 1d)。基于吲哚骨架固有反应性,作者认为可以将吲哚经Witkop氧化,裂解成二羰基中间体,然后删除一个碳并用氮原子替换,最后关环得到苯并咪唑。基于此设计,作者成功发展出以市售二乙酰氧基碘苯PIDA为氧化剂,氨基甲酸铵为氮源的C/N原子替换骨架编辑反应,可以将吲哚和氮杂吲哚化合物,直接转化成苯并咪唑和氮杂苯并咪唑(Fig. 1e)。

(Fig. 1,来源:Nat. Chem.)
条件筛选:如Fig. 2a所示,作者首先用Witkop氧化产物Ia开展反应可行性研究,通过筛选多种亲电性氮源,发现PIDA和氨基甲酸铵的组合条件,能够得到理想苯并咪唑产物2a。基于此,以N-甲基吲哚1a为模板底物继续开展条件筛选研究。通过对氧化剂、氮源、溶剂、温度和试剂当量等参数进行细致优化,得出如Fig. 2b中entry 6所示优选反应条件:17当量氨基甲酸铵为催化剂、6当量PIDA作氧化剂、甲醇作溶剂于室温下反应30分钟,能以42%的中等收率得到理想苯并咪唑产物2a。Fig. 2c的控制实验研究表明,反应中发生了氧化裂解,且中间体Ia和IIa是反应的可能中间体。副产物3t源自Witkop氧化产物的过氧化。
(Fig. 2,来源:Nat. Chem.)
底物拓展:如Table 1所示,在优选反应条件下,可以将各种吲哚化合物和氮杂吲哚化合物,以中等收率转化成对应苯并咪唑和氮杂苯并咪唑产物2。反应兼容底物上多种官能团,包括甲氧基、烯丙基、苄基、卤素、酯基、吡啶、嘧啶、砜、无保护羟基、酰胺、羧酸等基团,但对硝基、氰基、硼酸酯基团不兼容(图1)。此外,作者发现吲哚C5位基团会影响产物收率(2q-2t),因为会生成二氰基副产物,需要额外补加一份反应试剂才能转化完,C4位和C7位基团影响则很小。
(Table 1,来源:Nat. Chem.)
(图1,来源:Nat. Chem.)
应用研究:如Fig. 3所示,在优选反应条件下,可以将15种吲哚类复杂类药分子,以可观收率转化成对应苯并咪唑衍生物2。从中可以发现此反应优异的官能团耐受性,可以兼容底物上多种官能团,包括吡啶、羧酸、氨基甲酸酯、伯酰胺、三氟甲基、噁唑、磺酰胺、嘧啶、三甲基硅等。
(Fig. 3,来源:Nat. Chem.)