作者:徐浩,南京农业大学博士在读,主要研究根际微生物与植物的互作效应。

周刊主要展示LorMe团队成员优秀周报,每周定期为您奉上学术盛宴!本期周刊为您介绍细菌-植物跨界信号级联介导的硒细菌高效合成SeNPs的机制。原文于2024年发表在《Cell Host & Microbe》上。
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导 读

植物根际蕴藏着丰富的微生物群落,其中植物根际促生菌(PGPRs)可以通过增加土壤养分、提高作物抗逆能力以及抵御病害等途径促进农业生产。已有研究表明,植物可以通过根系分泌物来诱导PGPRs的趋化性和生物膜的形成,从而促进植物的生长。因此,探索招募有益微生物的新途径对于提高作物生产力尤为重要。随着纳米技术的快速发展,纳米颗粒在农业领域的应用逐渐受到广泛关注。近年来,土壤中微生物合成的纳米颗粒,尤其是硒纳米颗粒(SeNPs),被发现对作物的生长具有直接或间接的益处。例如,SeNPs能够促进作物的光合作用、增强抗氧化能力、改善根际微环境以及提升作物的抗逆性。然而,目前尚不清楚微生物合成的纳米颗粒是否在调节植物根际微生物群落中发挥作用。此外,植物与微生物之间的相互作用机制极为复杂,目前对其中的级联调控机制仍缺乏深入研究。基于此,该研究假设根际含硒细菌合成的SeNPs可以招募有益微生物,且该过程受多级跨界信号的调控,研究旨在深入解析这一过程的分子机制,以揭示纳米颗粒在植物-微生物互作中的潜在调节作用。

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主要结果

一、根际硒细菌合成的SeNPs可以招募对宿主有益的土壤微生物

作者从含硒地区(中国资阳)玉米根际土壤中分离出1057株细菌,并筛选出13株具有较高硒纳米颗粒(SeNP)形成率的菌株(图1A-B)。其中,菌株ZY104表现出最高的SeNP形成率,浸根接种后,ZY10显著提升了玉米植株的生长性能。同时,玉米根际细菌群落的α多样性显著增加,主坐标分析(PCoA)显示群落结构存在明显差异。此外,在接种处理后,芽孢杆菌属及OTU201分别呈现出最高的相对丰度,并均显示富集趋势。进一步从接种ZY104的玉米植株根际分离出菌株ZY17,其能够产生IAA及ACC脱氨酶,其16S rRNA基因序列与OTU201完全一致,且体外实验结果表明,该菌株可显著促进玉米的生长。体外实验还发现,SeNPs可诱导枯草芽孢杆菌ZY17的趋化性和生物膜形成;而在土壤实验中,SeNPs处理不仅改变了细菌的α多样性和群落组成,还显著提高了芽孢杆菌属的相对丰度及群落功能特性(图1C-D)。作者进一步将不同剂量的SeNPs添加至来自中国南宁、咸阳、成都和喀什的天然土壤中,结果显示所有SeNPs处理组中芽孢杆菌属的丰度均显著富集。为验证SeNP招募微生物对植物生长的促进作用,作者将SeNP处理的土壤微生物组移植至无菌土壤中种植玉米,并发现高剂量SeNPs处理后移植的微生物组使植物生物量显著增加(图1E)。为进一步证实SeNPs通过招募对植物有益的芽孢杆菌来增强植物性能,作者从SeNP处理的土壤中分离出89株PGPR菌株。经过筛选,菌株K122(喀什)、C151(成都)、X9(咸阳)和N18(南宁)显著增加了玉米植株的生物量,其16S rRNA基因序列分别与OTU65、OTU115、OTU134及OTU814显示出高度一致性(图1F)。

图1 根际硒细菌合成的SeNPs招募对宿主有益的土壤微生物 

二、芽孢杆菌是植物-微生物互作中介导硒细菌高效合成SeNPs的关键细菌

先前的研究表明,合成微生物群落(SynComs)在促进植物生长和维持植物健康方面相较于单一细菌效果更佳。因此,本研究随机构建了25个不同属的硒细菌SynComs,每个SynCom包含3-5种细菌。首先在无玉米根系分泌物的条件下测定了SynComs的SeNPs形成速率(图2A)。结果表明单一细菌的SeNPs合成效率越高,相应的SynComs的SeNPs合成效率也越高,但总体仍低于单细菌的合成效率,表明硒细菌之间并没有直接相互作用来促进SeNPs的合成。随后,作者探讨了植物根系分泌物在硒细菌合成SeNPs过程中的调控作用。分根试验结果表明,当添加来源于无菌土壤中生长玉米植株的根系分泌物时,各SynComs的SeNPs形成速率未见显著变化;而当添加来源于接种相应SynComs植株的根系分泌物后,有18个SynComs的SeNPs形成速率显著提高(图2B-C),且这18个群落均包含芽孢杆菌属。其中,SynCom19在所有单一菌株和SynComs中显示出最高的SeNPs形成速率,且SynCom19的成员(白色芽孢杆菌ZY519、假单胞菌ZY71和垂体布鲁氏菌ZY23)之间没有出现竞争。菌株层面的进一步分析显示,与对照组相比,添加ZY519接种下的根系分泌物明显增加了所有SynCom19成员的SeNPs形成速率(图2D),促进了参与亚硒酸盐有氧还原为SeNPs的生物合成基因(如谷胱甘肽还原酶基因gorA)的表达上调,但对SynCom19成员的生物量和生物膜形成没有显著影响。上述结果表明,芽孢杆菌作为重要的细菌介导植物根系的代谢重编程,特异性地刺激根际硒细菌合成SeNPs。

图2 芽孢杆菌是诱导植物根系代谢重编程的核心细菌,可促进根际硒细菌有效生物合成SeNPs

三、芽孢杆菌的次级代谢产物组胺是主要的跨界信号,介导硒纳米颗粒的高效生物合成

【LorMe周刊】细菌-植物跨界信号级联介导的‘纳米秘密’助力作物增产
作者将SynCom19中三个代表性菌株(ZY519、ZY71和ZY23)的代谢物分别添加到玉米分根系统中。结果表明,仅添加ZY519代谢物所刺激的根分泌物可显著提高硒细菌的SeNPs形成率(图3A-B),提示芽孢杆菌属释放的代谢物作为植物与微生物相互作用中的关键跨界信号,介导硒细菌特异性地高效生物合成SeNPs。基于随机森林分析、差异表达分析以及Mantel检验,ZY519产生的组胺被确定为候选代谢物。进一步测定不同硒细菌接种下玉米根际土壤中组胺的浓度发现,接种ZY519的植物根际土壤中组胺浓度显著高于接种其他代表性菌株的土壤(图3C-E),从而将组胺确认为植物-微生物系统中潜在的主要跨界信号。通过组胺外源添加实验,观察到添加组胺刺激的根系分泌物后,代表性菌株的SeNPs形成率呈剂量依赖性增加,进一步证实了该物质作为由芽孢杆菌产生的、介导硒细菌高效合成SeNPs的初级跨界信号的作用(图3F)。

图3 芽孢杆菌产生的组胺是介导硒细菌高效合成SeNPs的初级跨界信号

四、植物产生的对香豆酸是介导硒细菌高效合成SeNPs的次级跨界信号

基于广靶代谢组学揭示了组胺诱导的植物根系分泌物变化。与不添加组胺相比,添加组胺和ZY519接种下的植物根系分泌物中对香豆酸及其衍生物的相对丰度及VIP值更高(图4A-B)。基于Mantel检验,发现对香豆酸及其衍生物的相对丰度与硒细菌的SeNPs合成速率显著相关(图4C)。进一步对候选代谢物对香豆酸进行功能验证,发现该物质的施加能促进硒细菌合成SeNPs(图4D)。

根系分泌物中的对香豆酸是植物-微生物相互作用中的一种跨界次级信号,介导根际硒细菌对SeNPs的高效生物合成

五、植物来源的对香豆酸通过上调硒细菌中的RpoS促进硒纳米颗粒的生物合成 

为了揭示硒细菌响应植物根系分泌物进而积极调控SeNPs合成的分子调控机制,对施加和未施加对香豆酸的硒细菌进行了转录组学分析(图5)。在两组对比中,共计728个基因呈现出差异表达,其中339个基因受对香豆酸影响上调,389个基因下调(图5A-B)。在上调基因中,rpoS基因处于基因共表达网络的核心位置,它负责编码σ因子(RpoS)且与包括gorA在内的其他差异表达基因之间存在紧密的正相关关系(图5C)。为了探究rpoS基因是否为硒细菌响应对香豆酸时正向调控SeNPs生物合成过程的关键基因,利用rpoS敲除突变体ZY71(ΔrpoS)以及互补菌株ZY71(ΔrpoS-C)展开试验。结果表明,在存在对香豆酸的环境下,ZY71(ΔrpoS)合成SeNP的速率相较于野生型菌株更低,而在ZY71(ΔrpoS-C)中,该表型又得以恢复(图5D)。同时,由ZY519刺激所产生的根系分泌物无法促使rpoS突变体生成SeNPs(图6A)。上述表明,根分泌物中的对香豆酸是以依赖rpoS的模式,介导假单胞菌ZY71高效地进行SeNPs生物合成。

来源于植物的对香豆酸通过上调根际硒细菌中的RpoS蛋白促进SeNPs的高效生物合成

作者进一步开展了室内促生试验,结果表明,相较于野生型菌株,接种 ZY71(ΔrpoS)突变体并不会对玉米幼苗的生长造成影响(图6B)。而盆栽试验结果发现,相较于其他处理,接种ZY71(ΔrpoS)的植株其生物量和枯草芽孢杆菌ZY17的定殖率相对较低(图6C)。此外,将盆栽试验的根际微生物群落接种在生长于灭菌土壤中的玉米植株上,结果发现,在接种ZY71(ΔrpoS)处理的植株根际微生物群落后,玉米植株的生物量是所有处理中最低的(图6C-D)。

图6 RpoS的功能验证  

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结 论

本研究探讨了根际硒细菌合成的硒纳米颗粒(SeNPs)在植物-微生物互作中的作用机制。研究结果表明,根际硒细菌通过合成SeNPs,能够显著促进对植物有益的微生物(尤其是芽孢杆菌属)的富集。接种含有SeNPs土壤微生物组可显著促进玉米生长,增加植株生物量。进一步研究发现,芽孢杆菌作为关键细菌,通过刺激植物根系代谢重编程,增强了根际硒细菌对SeNPs的高效合成。此外,芽孢杆菌产生的组胺被鉴定为主要的跨界信号分子,能够调控根际硒细菌的SeNPs合成。与此同时,植物根系分泌物中的对香豆酸被确定为次级信号,通过上调硒细菌中的RpoS基因表达,进一步促进SeNPs的生物合成。本研究为理解根际微生物如何通过合成SeNPs促进植物生长提供了新的见解,揭示了植物与微生物之间复杂的代谢信号传递机制。通过优化这些微生物互作,未来有望开发更有效的农业技术,利用SeNPs增强植物的生长和抗逆性。

7 细菌-植物跨界信号级联介导的硒细菌高效合成SeNPs促进植物生长的示意图

论文信息

原名:Harnessing biosynthesized selenium nanoparticles for recruitment of beneficial soil microbes to plant roots

译名:利用生物合成的硒纳米颗粒来募集有益的土壤微生物

期刊:Cell Host & Microbe

DOI:10.1016/j.chom.2024.10.015

发表时间:2024年11月

通讯作者:Hangxian Lai

通讯作者单位:西北农林科技大学