根据海南“省直管市县”管理体制设立，目前，海南各级检察机关设有1个省级检察院（副省级机构），5个分市检察院（副厅级机构）：海南省检察院一分院、海南省检察院二分院、海口市检察院、三亚市检察院、三沙市检察院，23个基层人民检察院（16个市县检察院、海口市4个区检察院、洋浦经济开发区检察院、三亚市城郊检察院、三沙市三沙群岛检察院）。
1、海南省人民检察院第一分院
海南省人民检察院第一分院（副厅级）位于海口市，负责在管辖区域独立行使检察权，依法行使法律监督职责，下辖10个基层人民检察院（副处级）：文昌市检察院、琼海市检察院、万宁市检察院、五指山市检察院、陵水县检察院、屯昌县检察院、澄迈县检察院、琼中县检察院、定安县检察院、保亭县检察院。
①文昌市人民检察院，下设8个内设机构和2个派出检察室：派驻龙楼检察室、派驻锦山检察室。
②琼海市人民检察院，下设10个内设机构和3个派出检察室：派驻中原检察室、派驻长坡检察室、派驻潭门海洋检察室。
③万宁市人民检察院，下设8个内设机构和2个派出检察室：派驻兴隆检察室、派驻和乐检察室。
④五指山市人民检察院，下设5个内设机构和1个派出检察室：派驻毛阳检察室。
⑤陵水县人民检察院，下设5个内设机构和2个派出检察室：派驻新村检察室、派驻本号检察室。
⑥屯昌县人民检察院，下设5个内设机构和2个派出检察室：派驻新兴检察室、派驻枫木检察室。
⑦澄迈县人民检察院，下设8个内设机构和2个派出检察室：派驻老城检察室、派驻福山检察室。
⑧琼中县人民检察院，下设5个内设机构和2个派出检察室：派驻湾岭检察室、派驻长征检察室。
⑨定安县人民检察院，下设7个内设机构和2个派出检察室：派驻黄竹检察室、派驻龙门检察室。
⑩保亭县人民检察院，下设5个内设机构和1个派出检察室：派驻响水检察室。
2、海南省人民检察院第二分院
海南省人民检察院第二分院（副厅级）位于儋州市，负责在管辖区域独立行使检察权，依法行使法律监督职责，下辖7个基层人民检察院：儋州市检察院（副厅级）、洋浦经济开发区检察院（正处级）、东方市检察院、临高县检察院、白沙县检察院、昌江县检察院、乐东县检察院。
①儋州市人民检察院，下设8个内设机构和3个派出检察室：派驻白马井检察室、派驻木棠检察室、派驻雅星检察室。
②洋浦经济开发区人民检察院，下设5个内设机构，无派出检察室。
③东方市人民检察院，下设9个内设机构和3个派出检察室：派驻东河检察室、派驻感城检察室、派驻四更海洋检察室。
④临高县人民检察院，下设9个内设机构和2个派出检察室：派驻新盈检察室、派驻博厚检察室。
⑤白沙县人民检察院，下设5个内设机构和1个派出检察室：派驻七坊检察室。
⑥昌江县人民检察院，下设5个内设机构和2个派出检察室：派驻乌烈检察室、派驻叉河检察室。
⑦乐东县人民检察院，下设8个内设机构和2个派出检察室：派驻九所检察室、派驻龙沐湾检察室。
3、海口市人民检察院
海口市人民检察院（副厅级）下设16个内设机构，下辖4个基层人民检察院（副处级）：龙华区人民检察院、美兰区人民检察院、秀英区人民检察院、琼山区人民检察院。
4、三亚市人民检察院
三亚市人民检察院（副厅级）下设14个内设机构，下辖1个基层人民检察院：三亚市城郊人民检察院。
三亚市城郊人民检察院（副处级）下设8个内设机构，2个派出检察室：派驻海棠湾检察室、派驻崖城检察室。
5、三沙市人民检察院
三沙市人民检察院（副厅级）成立于2012年7月，三沙群岛人民检察院（副处级）成立于2014年1月，三沙市两级检察院为三沙建设发展提供了坚实的检察保障。
