高分辨率的Visium HD数据分析已经沦为文献中的配角了吗？

今天来看一篇新鲜出炉的但Visium HD数据已经不是主角分析结果的文献，该文献于 2025 年 9 月 11号发表在 Cancer Cell 杂志上，文献标题为《Protein-based classification reveals an immune-hot subtype in IDH mutant astrocytoma with worse prognosis》。

全文重要亮点：

基于蛋白数据「发现了四个clusters」：脂肪生成/脂肪酸代谢（AFM）、增殖/祖细胞（adipogenesis/fatty-acid-metabolism，PPR）、富含免疫/间充质的（immune/mesenchymal-enriched，IME）和神经元（neuronal，NEU）。
「PPR 和 IME 与预后不良相关」，这一结果在 TCGA 和 273例中国IDH突变型星形细胞瘤队列中得到了验证。
对189对初发-复发样本的「纵向分析」显示，肿瘤向PPR/IME亚型发生了进化转变。从机制上讲，PPR富含CDKN2A/B缺失，而IME则表现出增加的星形细胞分化（GD）以及耗竭性T细胞和浆细胞的浸润。
「空间多组学」将GD形态与间充质样（MES样）肿瘤细胞聚集和富含淋巴细胞的微环境联系起来。
IME中的MES样肿瘤细胞过表达干扰素刺激基因，如GBP1，我们发现其促进了肿瘤细胞的增殖和迁移。
本文还开发了一种「基于 AI 的分类器」用于患者分层。

数据情况

如下图所示，发现队列有51名成人弥漫性IDH突变型星形细胞瘤患者进行多组学测序，两个纵向队列，2个独立验证队列。

此外，还有2个Visium HD，4个CODEX！

真的是超大大手笔了！

蛋白质组聚类确定四个clusters

「四个clusters」：IDH突变型脂肪生成/脂肪酸代谢（IDHm-AFM，绿色）、IDH突变型增殖/祖细胞（IDHm-PPR，红色）、IDH突变型富含免疫/间充质的（IDHm-IME，橙色）和IDH突变型神经元（IDHm-NEU，蓝色）（图1B）。特点：

AFM显示出广泛的代谢程序（脂质、羧酸和硫代谢），以脂肪生成和脂肪酸代谢为特征
PPR富含细胞周期、DNA复制和增殖；「PPR预后不良，与其CDKN2A/B缺失的高发生率和4级的富集一致。」
IME由干扰素-γ反应和上皮-间充质转化（EMT）定义
NEU富含神经元功能，包括神经元投射发育和突触传递

独立队列验证：蛋白质聚类在不同队列中的预后价值

利用队列中的匹配蛋白质组学-转录组学数据，作者定义了每个蛋白质聚类的RNA标志物，并进行Mann-Whitney-Wilcoxon基因集检验以对样本进行分类。通过留一法交叉验证，该分类器达到了很高的平衡准确率（图2A）。尽管两者存在差异，但IME的RNA标志物与蛋白质标志物在统计上是相关的（图2B）。

「CGGA（n = 273例IDH突变型星形细胞瘤）」：IME亚型的总生存期再次显示出与PPR亚型相似的不良预后（p = 0.415），且显著低于AFM和NEU亚型（p = 7.61E-05）（图2C和2D）

「多变量模型」：证实 IME 和 PPR 是独立的生存预测因子（图2E）

「进化动态研究」：在初发和复发的IDH突变型星形细胞瘤中，AFM亚型在复发时减少，而PPR和IME亚型增加，表明肿瘤在复发时倾向于向PPR和IME亚型转变（图2F、G）。

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单细胞分析：揭示 IDHm-IME 胶质瘤中独特的淋巴细胞浸润和增强的免疫活性

「单细胞RNA测序」：研究人员对18名患者的21个IDH突变型星形细胞瘤标本进行了单细胞RNA测序，这些标本与蛋白质组学数据匹配，涵盖了IME、AFM、PPR和NEU四种亚型（图3A）。

「细胞分类」：通过标记基因，研究人员将89,242个高质量细胞分类为肿瘤细胞、髓样细胞、淋巴细胞和少突胶质细胞群体，并通过检测拷贝数变异来确认肿瘤细胞。

「淋巴细胞富集」：在比较不同蛋白质聚类中的非恶性细胞时，研究人员发现IME亚型中淋巴细胞显著富集（图3B和3C），与其他亚型相比，这种富集具有统计学意义（p = 1.5e-03）。这表明IME亚型可能具有独特的免疫微环境特征，其淋巴细胞浸润可能与增强的免疫活性有关。

基于先前的转录状态研究，重新分析IDH突变型星形细胞瘤的恶性细胞，通过无监督聚类识别出六种肿瘤细胞状态：NPC样、MES样、AC样、OC样、G1/S期和G2/M期。

蛋白质聚类与细胞状态的关系：

MES样和AC样状态在IME蛋白质聚类中显著增加，而G1/S和G2/M状态则减少（图3E）
MES样肿瘤细胞与IDH突变型星形细胞瘤中的巨噬细胞浸润相关。

总体而言，IDHm-IME胶质瘤表现出一种独特的肿瘤微环境（TME），具有增加的免疫细胞浸润，特别是浆细胞，以及由间充质和免疫相关程序标记的肿瘤细胞状态，包括干扰素刺激基因的上调，突显了在这个基于蛋白质定义的聚类中肿瘤与免疫的协调激活。

关注点：空转数据分析结果

这里不仅有Visium HD而且还有超级贵的CODEX：利用10× Visium HD和CODEX对匹配的初发-复发IDHm-IME胶质瘤对进行了空间分析，以全面分析肿瘤细胞状态和免疫微环境。

下图展示了 IDHm-IME 胶质瘤中肿瘤细胞状态和淋巴细胞浸润的空间动态：

(A) 空间多组学实验设计和样本信息

(B) 在Visium HD捕获区域内空间匹配的CODEX 1、Visium HD和CODEX 2数据。左侧：一个相邻切片上的DAPI、CD74和CD31染色（CODEX 1）。中间：基于BANKSY的空间转录组学轮廓的无监督聚类。右侧：另一个相邻切片上的DAPI、CD74和CD31染色（CODEX 2）

(D) 显示两个示例斑块的代表性图像，这些斑块具有匹配的细胞形态信息

(E) GD形态与肿瘤细胞状态和肿瘤微环境（TME）细胞类型的关联

(F) 显示IDH突变型星形细胞瘤中高GD评分区域与低GD评分区域的代表性CODEX图像。高评分区域显示出增加的CD44+间充质样肿瘤细胞及其周围的免疫细胞。

下图展示了IDHm-IME胶质瘤中的空间淋巴细胞浸润模式：

(A) 比较IME与其他IDH突变型星形细胞瘤患者（n = 26）之间的血管周围淋巴细胞袖套（PLC）数量

(B) IDHm-IME胶质瘤中PLC的代表性H&E和CODEX图像

其他的就是IHC和其他数据的验证结果啦。

是不是占得篇幅内容已经不是主角啦！「作者分享了文中的两例 Visum HD 数据」：

数据下载地址：http://lfz178.:8088/download

note：记住选择谷歌网盘的数据，里面有2um的结果，百度的没有！！！

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