最近看到一篇高分文献资源，其将文献分析所用代码整理成了一本书，每一个文献中的fig都可以进行学习和复现。文献于2024年1月29号发表在 Nature Medicine 杂志（IF: 58.7）上，标题为《Prospective observational study on biomarkers of response in pancreatic ductal adenocarcinoma》。
代码和数据
文献中所用的数据可以在下面两个地方下载得到：
https://www./node/project/detail/OEP004100
https:///10.6084/m9.figshare.24863049
代码分享：http://www./PDAC2BOOKLET/index.html
代码的目录大纲如下：
文献的主要内容
这篇文献主要对191名患者的样本进行蛋白质组学分析，揭示了具有临床相关性的功能蛋白模块，并且「为PDAC建立了一个基于蛋白质组学的预后风险模型」，并利用一个公开的外部队列进一步验证了其有效性。更重要的是，通过结合临床和蛋白质组学数据集的交互效应回归分析，本研究发现了两个生物标志物（「NDUFB8和CEMIP2」），它们表明PDAC患者对辅助化疗的整体敏感性。
使用的数据情况如下：
图一：PDAC中的肿瘤特异性通路特征
b，PCA图显示治疗前肿瘤及其配对的TATs（肿瘤邻近组织）中可分析的蛋白质。每个点代表一个样本，蓝色点为TAT样本，红色点为肿瘤样本。
c，火山图显示肿瘤与TATs之间差异丰富的蛋白质。每个点代表一种蛋白质，红色点表示在肿瘤中显著上调的蛋白质，蓝色点表示在肿瘤中显著下调的蛋白质。
d，点图展示基于显著上调/下调的蛋白质识别的富集通路。红色点表示与TATs相比在肿瘤中上调的蛋白质富集的通路（校正P < 0.05），而蓝色点表示在肿瘤中下调的蛋白质富集的通路（校正P < 0.05）。
图二：PDAC的蛋白质组学图谱及功能蛋白模块的临床相关性
a，WGCNA识别出32个在肿瘤样本的蛋白质组学数据中富集的功能蛋白模块（ME01–32）。
b，将肿瘤与TATs之间显著上调/下调的蛋白质叠加到网络节点上。
c，条形图显示使用RJ队列1以及Cao等人队列的数据计算出的32个蛋白模块在肿瘤和TATs中的标准化富集得分。
d，32个模块的富集得分与临床数据的关联。
e，通过辅助治疗和ME11的高/低丰度（中位数截断）对患者亚组进行分层后，比较其总生存期（OS）的KM生存曲线。
图三：建立最佳蛋白质组学水平的预后风险模型
a，PDAC的LASSO模型。左侧面板显示LASSO-Cox回归模型中14种蛋白质的回归系数。
b，KM生存曲线比较“RJ队列1”中LASSO评分低和评分高组的OS（左侧）和DFS（右侧）。
c，将LASSO模型中的14种蛋白质叠加到加权相关网络节点上。节点按功能蛋白模块着色（与图2a相同），黑色节点代表LASSO模型中的蛋白质。
d，“RJ队列1”和Cao等人队列中LASSO评分与32个功能模块富集评分之间的Spearman相关性。
e，使用Cao等人队列的数据比较LASSO评分低和评分高组的OS的Kaplan-Meier生存曲线。
f，另一个内部PDAC队列（“RJ队列2”）中LASSO评分低和评分高组的OS（左侧）和DFS（右侧）的Kaplan-Meier生存曲线。
图四：鉴定用于预测PDAC患者辅助化疗结果的生物标志物
a，散点图显示化疗与生物标志物交互项的log2（HR）与- log10（交互项P值）的关系。蓝色和红色点分别代表PDAC辅助化疗的有利和不利蛋白质组学生物标志物（交互项P < 0.05）。排名前两位的蛋白质用黑色圆圈标记。
b，分别为NDUFB8和CEMIP2的多变量Cox比例风险回归的森林图。
c，d，Kaplan-Meier生存曲线比较接受辅助化疗和根据 NDUFB8（c）和 CEMIP2（d）的高/低丰度（中位数截断）分层的患者亚组之间的总生存期（OS）。
e，通过GSEA比较根据 「NDUFB8 丰度」分层的两个患者亚组的氧化磷酸化和核糖体（左侧）或比较 NDUFB8 沉默和对照组的PDAC细胞（中间和右侧），在NDUFB8高表达组中显著上调的通路（NES > 0，P < 0.05和校正P < 0.25）被可视化。
f，通过GSEA比较根据CEMIP2丰度分层的两个患者亚组的细胞外基质糖蛋白和上皮-间质转化（EMT）或比较CEMIP2沉默和对照组的PDAC细胞。根据两组之间的log2（FC）对CEMIP2的RNA和蛋白质进行排序。在CEMIP2高表达组中显著上调的通路（NES > 0，P < 0.05和校正P < 0.25）被可视化。
g，通过ELISA检测PDO培养基中透明质酸的水平。
h，PDO的Masson三色胶原染色。
i–j，E-钙黏蛋白（i）和波形蛋白（j）的免疫荧光染色。对细胞进行EMT标记物（橙色）染色，并用DAPI（蓝色）复染以观察细胞核。
h–j，进行了三个生物学独立实验。
图五：在PDAC队列中独立验证所鉴定生物标志物的临床转化价值
a，b，展示针对NDUFB8（a）和CEMIP2（b）染色的PDAC和TAT组织的代表性IHC图像。进行了三次生物学独立实验，结果相似。
c，d，在“RJ队列3”中，根据辅助化疗以及NDUFB8（c）和CEMIP2（d）的高/低表达对患者亚组进行分层后，比较其总生存期（OS）的KM生存曲线。
e，f，在“SH队列”中，根据辅助化疗以及NDUFB8（e）和CEMIP2（f）的高/低表达对患者亚组进行分层后，比较其总生存期（OS）的KM生存曲线。
g，h，在“FR队列”中，根据辅助化疗以及NDUFB8（g）和CEMIP2（h）的高/低表达对患者亚组进行分层后，比较其总生存期（OS）的KM生存曲线。