除废帝司马奕葬于吴县之外其余10帝均葬建康(南京),分布于3个陵区。聚族而葬,依据血缘关系的亲疏尊卑,东晋帝陵实行分区埋葬的制度。
南京鸡笼山(即今南京鸡鸣寺山及北极阁以西的鼓楼岗一带。)所在的西陵陵区,这个陵区一共葬有四个皇帝,即元帝司马睿(建平陵)、明帝司马绍(武平陵)、成帝司马衍(兴平陵)、哀帝司马丕(安平陵),四人以“中兴正统”的嫡长子身份入葬,身份最为尊贵。
1972年,南京大学考古系在鼓楼岗南麓西段的南大北园发掘了一座东晋早期大墓,从墓葬所在位置、墓葬形制及出土遗物等分析,可能是东晋开国皇帝-晋元帝的建平陵。这是一个两墓室的砖室墓,主室面积17平方米左右。
钟山之阳(即南京市紫金山南麓、富贵山一带)所在的东陵,在此陵区葬有五位皇帝,即康帝司马岳(崇平陵)、简文帝司马昱(高平陵)、孝武帝司马曜(隆平陵)、安帝司马德宗(休平陵)、恭帝司马德文(冲平陵)五人均以旁支身份承继大统,地位亚于鸡笼山陵区。
幕府山之阳(即幕府山南麓)所在的北陵最为特殊,独葬穆帝一人,且平地起坟,推测与其在位时期的礼制改革有关。1981年,在南京汽轮电机厂内发掘了一座东晋中期大型墓葬,这座墓葬的平面形状呈凸字形,券顶砖室墓,总长9.05米,总宽8米。墓葬分为甬道、墓室和封土墙三部分。经过考古学家的研究,这座墓葬是晋穆帝司马聃的永平陵。
总的来说,晋朝帝陵遵循先祖司马懿“不封不树,不建寝殿,不设神道”的祖训,规模较小,但基本都已被盗掘一空,还有几座陵墓的位置还无法确定。