正统皇帝朱祁镇时期，明王朝的文官们真正走向了权力的巅峰时期。
土木堡一战对明帝国的影响太大了，明帝国从洪武时期到宣德年间积攒几代人的精锐资源被消耗一空，武将集团直接出现断层式的真空；甚至随着也先瓦剌骑兵的长驱直入，明帝国险之又险地接受了一次近乎亡国的洗礼。
于谦对于明帝国的功绩是不容置疑的，在面对兵临城下的蒙古铁骑，于谦几乎就是靠着一己之力赢得了北京保卫战，让大明免于步上北宋南迁的后尘。
但不得不承认，在这场北京保卫战的备战工作中，拥立景泰帝，改组京营，调动备操兵，备倭兵入京勤王，整个过程中几乎没有武将参与决策，这种文官完全掌控军事大权的情况，在明朝历史上还是头一遭，代表着文官权力臻至巅峰。
更可怕的事，这种文官掌军权作为北京保卫战时期应急的特效药，并没有随着北京保卫战的结束而得到调整。在后期的明帝国面临战事时，往往出现了一种文官指挥，武将冲杀的情况，明帝国后期军事战争能力的严重下降，与文官指挥是分不开的。
明朝文官集团的权力扩张在成化年间进入了一个新阶段。内阁首辅商辂在位期间确立了一个影响深远的潜规则：‘部院大臣非翰林不任’，这个规则之下，明帝国入朝为官的唯一途径形成，那就是科举-翰林-内阁的晋升通道。
‘部院大臣非翰林不任’的规则在万安身上得到了典型的体现。这位成化二年的庶吉士，凭借翰林院背景，在商辂支持下竟一路升至吏部尚书，成为朝廷吏部’天官’。
弘治帝时期，朝廷六部尚书以及都御史、通政使和大理寺卿，几乎全部出自内阁阁臣门下；比如弘治十四年的吏部尚书倪岳、兵部尚书马文升，都是徐溥担任主考官时录取的进士。这种座主门生的关系网，使得重要政务决策往往在内阁的私人聚会中就敲定了。
‘政事多决于私第’，这种情况最盛行的时候，就连皇帝上朝，也只是走个过场。
在正德年间，一场震惊朝野的政治风暴在紫禁城内上演，
内阁首辅杨廷和率领六科给事中与十三道御史集体发难，围剿司礼监掌印太监刘谨，手持确凿证据，以‘矫诏擅权、贪赃枉法’等十大罪状弹劾司礼监掌印太监刘瑾。在这场政变中，杨廷和兵部尚书许进调动京营官兵控制皇城各门，为政变提供了武力保障。
这意味着文官集团不仅通过言官系统掌控了舆论导向，还直接掌握了京城卫戍部队的指挥权，这种‘笔杆子’加’枪杆子’的组合，标志着明代文官集团的权力达到了前所未有的高度。
在刘谨倒台之后，明王朝迎来了一场政治制度的改革，内阁首辅杨廷和对朝廷奏章的流程进行规则性的限制，‘凡章奏必先经内阁票拟，而后呈司礼监批红’，这条规则在表面上是为了避免司礼监太监再出现自作主张，形成阉党，但本质上却是把朝政大权掌握在内阁手中。
正德三年，杨廷和主持修订了《大明会典》，把内阁的“票拟权”以法律的形式确定了下来，明确规定了’凡诏令必由内阁拟进，取自上裁’，文官集团通过制度设计，把内阁形成了上承皇帝，下领群臣的中枢机构，把持朝政的做法被彻底合法化了。
也就是说，在司礼监弱势的情况下，此刻的内阁俨然就是曾经的中书省。
从正统到正德年间，文官集团在明朝中的作用，形同宰相，完成了对整个朝政的掌控。
从嘉靖年间开始，明王朝的文官集团出现了两种趋势，第一种趋势是为皇权进行限制驯化，第二种趋势是文官集团自身开始分化。
嘉靖帝刚刚上位，就和正德年间志得意满的文官集团杠上了。以杨廷和为首的内阁大臣们在正德时期斗倒了刘谨，并且整个大明帝国军政一手抓，正是势力如日中天的时候，自然对于刚刚十五岁，还是由外藩过继进来的嘉靖帝是有那么点小觑的意思。
“大礼议”之争在本质上就是杨廷和带领文官，给嘉靖帝“立规矩”的过程。事实上，嘉靖帝把谁叫爹，真的对于大明朝有什么实质影响吗？当初李世民可是把他爹都给架空夺权了，这也不也没影响大唐盛世半点荣光？
只是杨廷和没想到，朱厚熜是一点都不怂，反正我堂兄皇帝的圣旨摆在那里，指定了让我当皇帝的，有本事你们就干脆别让我进城，天下人众目睽睽可是看着呢。
杨廷和原本想着让朱厚熜先认爹再做太子，接着再继位，但朱厚熜脑瓜子一歪，不行，我已经有老子了，我是来当皇帝的，不是来当儿子的！
最终杨廷和挺不住了，毕竟堵着朱厚熜继位，这可就是明晃晃的抗旨不尊了，文官集团如日中天不假，但公然抗旨那就是自己把乱臣贼子的牌子往脑袋上挂，这就直接动摇了文官集团存在的理论基础了，杨廷和可不敢，只能妥协让步。
朱厚熜即位了，但大礼议事件还是摆在那里的。文官们和嘉靖帝几经争锋，但双方相持，谁也没有说服谁。
在这个时候，文官中出现了几个妙人，起码对于嘉靖帝而言是这样的。
这几人正是礼臣席书，张璁，桂萼几人，这几人的出现，标志着明代文官集团的分化趋势。
此刻的张璁只是文官集团的底层成员，但偏偏此刻他却站出来声援嘉靖帝，在后世史书中看，张璁的这个举动多少有点赌博的感觉，从后面张从成为明朝一代内阁首辅来看，张璁赌赢了。
当然有人认为，当时的文官集团虽然势大，但其内部的矛盾已然相当激烈，主要是最底层文官期待晋升，而高高在上的阁臣们却堵死了底层文官上升途径，毕竟做官这种事，一个萝卜一个坑，最上面的不倒下，下面的就很难如愿晋升；从这个角度来说，文官们的分化是一种必然趋势。
“左顺门事件”的爆发，代表着文官集团真正分化成型。
嘉靖三年，包括九卿二十三人，翰林二十人，给事中二十一人，御使三十人等共二百余人的庞大队伍，在杨廷和儿子杨慎的带领下，集体跪在左顺门外，大呼太祖高皇帝、孝宗皇帝撼门大哭，一时声震阙庭，想要以此来逼迫嘉靖帝退让。
但此刻只有18岁的嘉靖帝，却展现出了他与年龄毫不相符的冷血的一面，他派人将员外郎马理等五品以下官员一百三十四人逮入诏狱拷讯，四品以上官员八十六人姑令待罪。
一时间锦衣卫从四面八方围来，左顺门前血迹斑斑。这些血迹清楚地表明了十八岁的明世宗的旨意是不能被逆转的。
最终参与左顺门事件的群臣，四品以上夺俸，五品以下受杖，受杖者一百八十多人，其中十七人被创死亡，另八人编伍充军；即使如此，余怒未息的朱厚熜，命将杨慎，张原等纠集者实行廷杖，张原当时即被杖死，杨慎等或削职为民，或充戍边疆。这件事，当时也称为“大礼狱”。
嘉靖时期的文官集团，集中体现出了分化的大趋势。左顺门之后，明朝的文官集团大概形成了两类人，一类依旧保持严格着道德风骨，成为“道德榜样”，比如抬棺进谏的海瑞；另一类则更加务实，顺从皇帝，从而在明王朝职场上获得一席之地，比如嘉靖帝的心腹重臣张璁，以及后期的内阁首辅严嵩。