1946年4月26日，麦克阿瑟对《宪章》做出正式修改，法官人数增加到11人。因为修改时间太晚，增补的印度法官拉达宾诺德·帕尔于5月14日抵达东京，17日出现在法庭上时，已开庭十几天了。印度增补的法官帕尔，任命书刚刚下达就发现不对，帕尔仅担任过最高法院代理法官，不符合委任法官必须为正式法官的推荐条件。东京催得太急，况且帕尔在担任代理法官期间经手60件上诉案件，没提过一次反对意见，有人认为他是稳健偏保守的法律人士，特许他前往东京。谁能想到，印度这位法官后来竟发生那么多意外？他竟然主张慈悲为怀，宣告全体被告无罪。
印度法官帕尔
另一位增补法官菲律宾的德尔芬·哈那尼拉于6月13日前来报到，这位菲律宾前司法部长、现最高法院法官以日军俘虏的身份参加过“巴丹死亡行军，”后来审判涉及有关菲律宾的问题时他都必须回避，因此被称为法官中最压抑的人。
盟国在积极调兵遣将，日本人也在马不停蹄地谋划相关应对策略。日本政府起初准备亲自出面组织国家辩护，被占领军司令部于1946年2月16日断然驳回，但同意日本政府可以向辩护团提供相关资料。大部分战犯嫌疑人都提前选择了辩护律师，以便在法庭上为自己提供专业帮助。1946年4月5日，日本辩护律师团正式成立，团长是知名法学权威、明治大学校长鹈泽总明，副团长由东京大学法学教授清濑一郎出任，其他诸如高柳贤、高桥义次等人都属于日本法律界的头面人物。高柳是美国哈佛大学法学院院长罗斯科·庞德的得意门生，他被美国同行乔治·弗内斯称为当时世界上最优秀的律师之一，职业，“我尤其记得他的花白胡子和不合身的劣质西装”。
日本辩护律师团认为，东京审判肯定会采用美英法系的审判程序。日本作为一个大陆法系国家，除了高柳贤三等极少数英、美法专家，大部分律师并不熟悉这套法系，更不具备按照这一法系进行辩护的实操经验。此外，虽然《宪章》规定法庭正式用语为英语和日语，但大部分日本律师的英语程度不高，难以自由进行辩护。鉴于《宪章》对辩护人国籍并无特别要求，日本外务省于1946年3月15日向法庭提出正式申请，请求派出英、美籍律师协助辩护。为了显示审判的公正性，占领军司令部慷慨同意了日本人的请求。经与国内司法部沟通，法庭于3月19日做出正式答复，将委派至少15名“具有资格和充分经验”的美国律师加入辩护团队，有6个人现在就在日本。实际上在法庭正式进行辩论阶段时，为被告辩护的美国律师达到了23人，另有日本96人，至少能保证每名被告有一位美国律师和一位日本律师为其辩护。实际上在庭审的过程中，被告得到的帮助远不止于此。如为岛田繁太郎提供辩护的律师就高达9位，其中美国3人、日本6人。松冈洋右在开庭后不久，1946年6月27日就病死狱中，他只配备了美国和日本律师各一人。需要说明的是一名美国律师并非只为一名被告辩护，他们往往会“友情客串”。如富兰克林·沃伦同时负责土肥原贤二、平沼骐一郎、冈敬纯、松冈洋右4个人，本·布莱克尼的当事人有梅津美治郎和东乡茂德，迈克尔·列文同时为铃木贞一、贺屋兴宣服务。
法庭内的被告战犯
事实证明，这些美国律师千里迢迢来到东京，绝不只是做做样子，他们给法庭带来的麻烦远远大于自己的日本同行。日本律师也承认，他们比这些美国辩护人要“逊色许多”。值得肯定的是，在长达两年半的漫长诉讼过程中，法庭始终严格尊重被告的辩护权，其中一些人的做法有时甚至连被告本人都感到惊讶。美国律师的加入对不习惯英美法系的日本律师来说意义重大。除了清濑等少数几位日本律师，之后大部分出庭工作都由美国律师承担。
4月29日16时，季南代表国际检察局向法庭呈送了起诉书，法庭立即命令将起诉书和《宪章》副本送达监狱中的26名被告，另两名被告板垣征四郎和木村兵太郎此时尚被关押在新加坡，直到开庭日才被押解到东京。起诉时限从1928年1月1日算起，到1945年9月2日终止。起诉时限的终点没有任何争议，关于起点各种建议都有。有人提出从日本偷袭珍珠港的1941年12月7日算起，也有人提出从1937年7月7日卢沟桥事变算起，也有人提出从1931年918事变算起。赞成从珍珠港算起的人占大多数，因为此前中国并未向日本宣战。而中国代表团并不认同上述的几种提法。
检察官向哲濬
中国代表团到达东京之后，意识到力量不足的检察官向哲濬迅速向国内提出了增调检察官的要求，在他的积极争取之下，四名法学专家倪征燠、桂裕、刘子健、鄂森在1947年飞赴东京，作为助理检察官和法律顾问参加了中国代表团的检查工作，之后代表团人员陆续增加到20人以上。他们的到来使检察的情况大为好转，刘子健、裘邵恒等设法对日本残存档案材料进行检索调查，从中找到了日本策动伪满洲国成立等重要历史事件的相关原始档案，成为法庭上中方的有力证据。而倪征燠、桂裕等法律专家在庭审过程中与辩方律师的当堂对质更成功地完成了对战犯的定罪检控，体现了中国检察官的深湛功力。
在此之前，东京审判的检查工作已经开始。向哲濬并未坐等援军，而是接连打出了几手好牌。首先，向哲有力指导当时在东京的国府国防部副部长秦德纯出庭作证，在正式的法庭质询中，这位曾经很奇怪审战犯还要证据的国府大员，成功提供了日方在卢沟桥事变等事件中的证据，对确定日本侵华战争的非正义性起到了很大作用。其次，日方战犯的辩护律师曾试图将对其战争罪行的追究定义在珍珠港事变之后。针对这一点，中国检察官们努力影响法庭，使对日本战争罪行的追究上溯到1928年。这一年，张作霖在皇姑屯被日本关东军设计谋杀。谋杀他国首脑是最不容赦的大罪，这一说法最终被大家认可，最后确定起诉时间起点为1928年1月1日。
国际检察局的起诉书提出的诉因共三部分55项，其中第1项至第36项为“反和平罪”，第37项至第52项为“战争罪”，第53项至第55项为“反人道罪”。所列诉因太多，法庭在实际 判决时将55项削减，合并为10项。“起诉书列举了每名被告所犯的反和平罪、战争罪和反人道罪，附录是他们违反的公约、协议和条例名目。”季南在当天发布的公告中指出，“对于侵略战争的无情煽动者和那些恣意破坏公约的人，应该除去他们头上民族英雄的光环。暴露他们纯粹杀人犯的真实面目，现在这一重大时刻终于到了。”
开庭之初，远东军事法庭法官的座位次序一时难以确定。现在并无明确规定法官的座位次序。按道理，既然法官由在日本投降书上签字的国家委派，座位席次当然应以受降签字的次序为准:当时中国军队的军令部部长徐永昌上将在美国尼米兹上将之后、英国弗雷泽上将之前签字。这样即使当任庭长的韦伯坐在中间，其左右手也应是美国和中国法官。
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韦伯不喜欢这种安排，他想让美、英法官坐在左右手，便千方百计想变更这种安排。起初他提议法官次序按联合国安全理事会五强为中心排定，即以美、英、苏、中、法为序。但这5个常任理事国是以英文国名的字母先后排序的，韦伯这一提议最终落空。他又提议按参加东京审判的11国国名次序排列，这样居中的竟然变成了中国和加拿大法官。有人提议按照法官的年资为序，又找不到一个大家都认可的标准。
梅汝璈
中国法官梅汝璈坚持立场，毫不退让。他讥讽说:“我依然认为，座次按受降国签字顺序排列才最合理。如果庭长不赞成这个办法，我们不妨找个体重测量计，看看各人体重多少，然后以体重大小排序，体重者居中，体轻者居旁。”一句话说得众人哈哈大笑。
韦伯只好自嘲道:“梅博士的办法很好，但它只适用于拳击比赛。”
开庭前几次预备会议上，有关座位排序问题争论了很久也未形成一致意见。5月2日16时将举行开庭仪式彩排，众法官穿上法袍来到现场，这里已提前涌进大量新闻记者。彩排准备开始时，韦伯突然宣布，法官坐次为美、英、中、苏、法、加、荷、新、印、菲，还说这是占领军司令部的意见。
前排右二为梅汝璈
梅汝璈立即对这一排法提出了严正抗议:“这种安排是荒谬的，既非按照受降签字次序，也非按照安理会的顺序，亦非按照国名字母顺序的国际惯例，我不能接受这种排法。”梅汝璈在法官座位排列上不作丝毫退让，强硬表态，他必须维护中国的尊严。梅汝璈说完，在众多记者面前，脱去了黑色法袍，准备离开。
法庭庭长韦伯只好上前拉住他，他解释说今天是彩排使用的方法，明天正式开庭时再做调整。“今天彩排已有这么多在场记者，一旦明日见报便成既成事实。”看出韦伯又在耍花招的梅汝璈丝毫不做让步，“既然之前我的提议在同人中并无多少异议，我请求立即对我的提议进行投票表决。否则我不能参加彩排，只好回国向政府辞职。”
法庭随后举行的投票终于使法官座次按照受降签字顺序排定。一系列变故导致彩排时间比原计划推迟了半小时。不过梅汝璈还是凭借精湛的业务能力赢得了韦伯的信任，不打不成交，两人甚至发展成要好的朋友。“在法庭上是一位中国法官坐在我的身边，”韦伯在1947年10月23日写给朋友的信中说，“他是一个非常令人愉快的家伙，我们是好朋友，他告诉了我很多中国有趣的事情。”
既然《宪章》规定盟军最高统帅具有委派法官、检察官及改变判决的诸多权利，麦克阿瑟一度觉得法庭已是囊中之物。他向韦伯提出，开庭之日想在法庭上发表一个重要讲话，阐述法律的真正意义和审判的重要性。这一提议遭到了韦伯和新西兰法官诺斯克罗夫特的坚决反对，麦克阿瑟无奈作罢。正式开庭几周之后，麦克阿瑟再次向法庭提出，在发生争议的情况下，他打算独自对曾经由自己宣布的《宪章》做出解释。韦伯对此强硬地提出，只有法庭才有权利解释《宪章》:“最高统帅如有违反，那么请他另请高明。”
麦克阿瑟毕竟是聪明绝顶之人，终于明白这些脑子一根筋的法律人士可不像军人那么好管，和他们较真儿只能自讨没趣。他向韦伯保证说，自己会尽力保证法庭的独立性，今后避免介入审判的具体过程，只在法庭需要他时才抛头露面。
尽管经历了这么多不愉快，麦克阿瑟还是希望尽快开庭。美国辩护律师团团长贝弗利·科尔曼海军上校向法庭提出申请，要求延期两周开庭，以使他们有更多时间进行充分准备。这一请求被法庭驳回。韦伯强行决定远东国际军事法庭开庭时间定在1946年5月3日10时30分。原本麦克阿瑟满心希望审判在三个月内就能结束。韦伯的估计稍微保守，认为完成审判大概需要半年。如果提前知道这一过程持续两年半之久，麦克阿瑟一定会当场急得骂人。
本文4023字。
后续将继续发“东京审判”专题。