1947年10月，根据中央军委决定，广东省琼崖游击队独立纵队改编为中国人民解放军琼崖纵队下辖第一、第三、第五总队和独立支队，8000余人。1950年7月，琼崖纵队改编为中国人民解放军海南军区，隶属中南军区。琼崖纵队的编制在改编之初，是总队下辖支队阶段，后在1948年12月改为总队下辖团的编制。
琼崖纵队组织序列（一九四七年十月至一九四八年十二月）
司令员兼政委：冯白驹
副司令员：李振亚、吴克之（48年10月接任）
参谋长：马白山
参谋处长： 符振中（后改任付参谋长）
作战部副部长：梁仲明
军训部长：谢凤池
军务部长：符中权
机要科长：冯继志
管理科长：陈 英
电台总台长：王谷彰
政治部主任： 李 明
副主任 ：陈青山/ 符荣鼎（后）
秘书科长：符树金
组织部长：陈青山（兼） 、林豪（后） 、吴文龙（后）
宣传部副部长： 冯所唐 、刘青云（后）
教育科长：韩蕃元
文工团团长：黎良德
后勤部主任：谢风池、李定南（后）
后勤部副主任：郭汉忠
军医科长： 郭汉忠（兼）
财经科长：周忠义
供给科长：郭贻甫
军工局局长：符 岳 、唐 南（后）
政治委员：唐 南
副局长： 陈大新
第一总队（北海部）
总 队 长：李振亚（兼）、马白山（兼）（后）
政治委员：李振亚（兼）、 马白山（兼（后）
副总队长：张世英、 陈求光（后）
副政治委员：林 明
参谋主任： 伍向华、肖焕耀（后）
政治部主任：江 田 、谢应权（后）
组织科长：王 民 、林 松（后）
宣传科长： 黄岐山
党务科长： 何敦锦
后勤处主任： 伍 英、 叶 茂（后）
第一支队
支队长：韩凤元 、冯位才（后）
政治委员：林天生、许世淮（后）
副支队长：刘英豪、魏学良（后）
总支书记（后改政治处主任）： 符力坚（后）、 李飞空（后）
第二支队
支队长：李恩铭、伍向华（后）
副支队长： 冯位才
政治委员：许世淮 李恩铭（后）
总支书记（政治处主任）： 符 全、唐 南（后）、李维唐（后）、 吴方定（后）
第三支队
支队长： 郭壮强
政治委员 ：符致洛
副支队长： 冯位才
总支书记（政治处主任）：符静涛
第三总队（东海部）
总 队 长 ：吴克之（兼）、张世英（后）
政治委员： 吴克之（兼）、 陈青山（后）
副总队长： 陈求光、潘江汉（后）、 符志行（后）、刘 荣（后）
副政治委员 ：符 路
参谋主任： 符中权
参谋长： 王山平
政治部主任： 陈 岩
组织科长： 冯所唐
宣传科长： 黎良德
后勤处主任： 凌光前 、符 熙（后）
军医主任： 林明汉
第七支队（淮河支队）
支队长：刘 荣
政治委员：许邦国 、黎良德（后）、 何敦锦（后）
副支队长： 李贤祥 、林 青（后）
总支书记（政治处主任）： 林鸿盛 、周成光（后）
第八支队（松江支队）
支队长：符志行
政治委员： 张发华
副支队长： 杨 权
总支书记（政治处主任）： 符特奇 、陈 密（后）
第九支队（闽江支队）
支队长：童光富 、王志平（后）
政治委员 ：潘 照 、王 民（后）
副支队长: 王志平
总支书记（政治处主任）： 崔懋峰、 周成光（后）、崔懋峰（后）
第五总队（南海部）
总队长： 陈武英
政治委员 ：吴文龙、 肖焕辉（后）
副总队长： 郑 章
副政治委员： 江 田
参谋主任（参谋长）：辜汉东
政治部主任： 文 度
组织科长：符致东
宣传科长： 卢 航
后勤处主任： 朱仁兴
军医主任： 符 珍
第十三支队（南征支队）
支队长： 韩 飞（韩秀山）
政治委员： 赵履科
副支队长： 许会盛、 张积成（后）
总支书记（政治处主任）： 冯裕进
第十五支队（西征支队）
支队长： 梁仲明、 李贤祥（后）
政治委员 ：李福文
副支队长： 魏学川、 许会盛（后）
总支书记（政治处主任）： 吴以怀
粤江队
队 长：潘江汉
政治委员： 符哥洛、林天生
副队长： 刘英豪
参谋长： 张博飞
政治处主任： 符力坚
松江队
队 长： 郑 章
政治委员： 陈 石
副 队 长 ：林 青
副政治委员： 张发华
政治处主任： 陈 密
冯白驹（1903—1973），广东琼山 今海口市琼山区）人。无产阶级革命家，原名裕球，又名继周、布文 。琼崖革命武装和根据地创建人。 历任琼崖临时人民政府主席，琼崖纵队司令员兼政治委员；中共海南区委书记、海南军区司令员兼政治委员、海南军政委员会主任 海南行署主任、中共中央华南分局统战部部长、中共广东省委书记处书记，广东省、浙江省副省长等职 。
冯白驹
李振亚（ 1908一1948 ） 原名李荣， 又名李伯崇。广西藤县人。参加过百色起义，抗日战争胜利后，担任中国人民解放军琼崖纵队第一副司令员兼第一总队总队长及政治委员，并任中共琼崖区党委委员兼琼西区地委书记等职。参与领导巩固发展扩大海南解放区。1948 年秋琼崖纵队成立前线作战指挥部，担任总指挥兼政治委员。9 月中旬指挥部队在凌城光岭歼敌一部。9 月27 日， 在万宁战斗中英勇牺牲。
吴克之（1911年ー1985年9月），海南琼山人。1947年秋，任琼崖纵队副司令员，兼第3总队总队长、政委。1948年10月，任琼崖纵队前线总指挥兼政委，1950年7月，任海南军区第一副司令员。1952年秋，入南京军事学院深造，毕业后留任该院训练部副部长，后改任科学研究部副部长、训练研究部副部长。1955年被授予大校军衔，1961年晋升少将。1964年春，任人民解放军防化学兵科学技术研究院院长。“文化大革命”期间受到。1976年恢复工作，任总参谋部防化学兵部副部长。
马白山（1907年3月—1992年8月3日），原名马家声，海南省澄迈县老城镇马村人。南京中央军官学校毕业，1947年5月，任中国人民解放军琼崖纵队参谋长，第一总队总队长兼政委，949年春季攻势任前线副总指挥、纵队副司令员，海南解放后，任中国人民解放军海南军区副司令员。1955年被授予少将军衔，1981年1月，任海南军区副兵团职顾问。
陈武英（1914-1989），琼海县（今属海南省）嘉积镇桥头村人。琼崖纵队第5总队总队长，琼崖临时人民政府公安厅厅长等职。1950年4月参加海南岛战役。中华人民共和国成立后，历任海南行政公署农村处处长、国营兴隆农场场长、海南行政公署华侨事务局局长、水利处处长、海南行政公署副主任等职。
吴文龙（1916～1949），原名吴多富，学名有兴。广东省澄迈县（今属海南省）加乐奉水村人。1947年10月任琼崖纵队第五总队政治委员。1948年秋任琼崖纵队政治部组织部部长。1949年2月兼任春季攻势前线指挥部政治部副主任，3月10日在临高县和舍乡海岸岭战斗中牺牲，时年33岁。
吴文龙
肖焕辉（1907—1986），广东省会同县（今属海南省琼海市）人。1949年3月兼琼崖纵队第五总队政治委员，1949年，肖焕辉任中共琼崖特委常委兼民运部部长，动员和组织全岛人民搞好支前准备工作，迎接大军解放海南岛。1964年，当选为第三届全国人大代表、第三届广东省政协副主席。
肖焕辉