药研视角

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近日,国际权威药物化学期刊《Journal of Medicinal Chemistry》发表了一篇题为“Vepdegestrant(ARV-471)向美国食品药品监督管理局(FDA)提交新药申请(NDA):靶向蛋白降解剂(PROTAC)新时代的开启”的文章。该文聚焦于靶向蛋白降解(TPD)技术,特别是蛋白降解靶向嵌合体(PROTACs)在药物研发中的突破性进展。文章详细介绍了Vepdegestrant(ARV-471)这一口服生物可利用的PROTAC蛋白降解剂的研发历程,以及其在治疗ESR1突变的ER+/HER2-晚期或转移性乳腺癌中的临床应用前景。Vepdegestrant的成功研发及新药申请(NDA)标志着PROTAC技术从概念验证到临床转化的重大突破,开启了靶向蛋白降解药物研发的新纪元。

靶向蛋白降解技术的突破性进展

靶向蛋白降解(TPD)技术,包括蛋白降解靶向嵌合体(PROTACs)和分子胶降解剂(MGDs),正在成为药物研发领域的变革性治疗策略。自2001年Crews及其团队首次报道基于肽的PROTAC以来,该技术在过去二十年中取得了飞速发展,从概念验证(POC)到临床转化,彻底改变了精准医学领域,尤其是在癌症治疗中。最近,Arvinas和Pfizer向美国食品药品监督管理局(FDA)提交了新药申请(NDA),申请批准vepdegestrant(ARV-471)这一口服生物可利用的PROTAC蛋白降解剂,用于治疗ESR1突变的ER+/HER2-晚期或转移性乳腺癌患者。这一申请基于VERITAC-2三期临床试验的积极结果,预示着vepdegestrant有望成为首个获得FDA批准的PROTAC降解剂。这一里程碑事件标志着PROTAC降解剂新时代的开启,极大地激励了PROTAC技术的发展及其在药物研发和临床试验中的影响。

图片来源:ACS

PROTACs:新型靶向蛋白降解分子的优势与挑战

作为传统小分子抑制剂的替代品,PROTACs是一类通过选择性降解致病蛋白来发挥作用的新型分子。它们属于小分子化学诱导邻近性(CIPs)家族,由三个部分组成:靶蛋白(POI)的结合剂、E3泛素连接酶的结合剂以及连接两者的连接链。通过诱导POI-PROTAC-E3三元复合物的形成,PROTACs利用人体固有的泛素-蛋白酶体系统(UPS),实现对POI的多泛素化和蛋白酶体降解。

与小分子抑制剂相比,PROTACs具有诸多独特优势。它们以亚化学计量的量诱导POI降解,作为化学催化剂发挥作用,采取“事件驱动”模式而非小分子抑制剂的“占据驱动”模式,从而减少高系统暴露下的非靶向效应。PROTACs通过消除POI而非简单抑制其功能来发挥作用,即使对结合亲和力较低的配体也具有可行性,并且能够克服由POI结合口袋突变引起的药物耐受性。此外,PROTACs不仅能消除POI的催化功能,还能消除其支架功能,展现出比抑制剂更高的疗效,并且可以降解传统上被认为“不可成药”的靶点,大大扩展了可靶向蛋白的范围。然而,PROTACs通常分子量较大,不符合Lipinski的五规则(Ro5),可能导致药物性质受限,例如水溶性差、细胞渗透性低和代谢稳定性差。不过,Arvinas、Kymera Therapeutics和Nurix Therapeutics等生物制药公司近期发布的口服PROTACs的积极临床结果,已经缓解了这些担忧。

截至目前,已有6111种PROTACs被合成并研究,针对超过200种靶蛋白的降解。其中,超过30种PROTAC降解剂已进入临床试验阶段,展现出显著的治疗效果。其中,vepdegestrant(ARV-471,PF-07850327)是最先进的PROTAC,其新药申请(NDA)已提交至美国食品药品监督管理局(FDA)。受PROTACs成功应用的启发,研究人员还开发了多种新型化学诱导邻近性(CIPs)分子,包括调节诱导邻近性靶向嵌合体(RIPTACs)、去泛素化酶靶向嵌合体(DUBTACs)、增强靶向嵌合体(ENTACs)、RESTORACs、磷酸化诱导嵌合体(PHICs)、磷酸酶招募嵌合体(PhoRCs)、磷酸化靶向嵌合体(PhosTACs)、去磷酸化靶向嵌合体(DEPTACs)、乙酰化标记系统(AceTAG)以及转录/表观遗传CIPs(TCIPs)。

Vepdegestrant的特性

从0到1的突破!首款PROTAC抗癌药递交上市申请,“靶向蛋白降解”迎来新时代

靶向蛋白降解(TPD)技术,包括蛋白降解靶向嵌合体(PROTACs)和分子胶Vepdegestrant是一种强效、选择性高、口服生物利用度良好的小分子雌激素受体(ER)靶向PROTAC降解剂。它由lasofoxifene基的ER结合基团、lenalidomide基的E3泛素连接酶CRBN结合基团和一个刚性的含氮杂环连接链组成。Vepdegestrant对重组ER具有高亲和力和效力(Ki = 0.28 nM;IC50 = 0.99 nM),与合成激素雌二醇(Ki = 0.24 nM;IC50 = 0.85 nM)相当。其结合效力与lasofoxifene(IC50 = 1.5 nM)相当。在T47D-KBluc荧光素酶报告基因实验中,vepdegestrant能够剂量依赖性地结合并抑制ER功能,抑制荧光素酶表达(IC50 = 1.1 nM)。此外,vepdegestrant能够在多种乳腺癌细胞系中剂量依赖性地降解野生型ER,包括MCF7、BT474、CAMA-1、ZR-75-1和T47D。在MCF7细胞中,vepdegestrant的半最大降解浓度(DC50)为0.94 nM,最大降解率(Dmax)为95%。乳腺癌细胞在芳香化酶抑制剂治疗后常出现药物耐受性,这主要是由于雌激素受体基因ESR1的激活突变所致。vepdegestrant能够有效降解T47D细胞中特异性表达的两种临床相关突变体ERY537S和ERD538G,降解效力相当。此外,vepdegestrant还能在T-Rex-293胚胎肾细胞中降解其他五种临床相关突变体,包括Y537C、Y537N、E380Q、L536P和V422del。降解剂(MGDs),正在成为药物研发领域的变革性治疗策略。自2001年Crews及其团队首次报道基于肽的PROTAC以来,该技术在过去二十年中取得了飞速发展,从概念验证(POC)到临床转化,彻底改变了精准医学领域,尤其是在癌症治疗中。最近,Arvinas和Pfizer向美国食品药品监督管理局(FDA)提交了新药申请(NDA),申请批准vepdegestrant(ARV-471)这一口服生物可利用的PROTAC蛋白降解剂,用于治疗ESR1突变的ER+/HER2-晚期或转移性乳腺癌患者。这一申请基于VERITAC-2三期临床试验的积极结果,预示着vepdegestrant有望成为首个获得FDA批准的PROTAC降解剂。这一里程碑事件标志着PROTAC降解剂新时代的开启,极大地激励了PROTAC技术的发展及其在药物研发和临床试验中的影响。

图片来源:ACS

Vepdegestrant的机制与抗增殖活性

Vepdegestrant能够诱导雌激素受体(ER)配体结合域(ER-LBD)与CRBN之间形成三元复合物(ER:vepdegestrant:CRBN),从而发挥其降解作用。在MCF7细胞中,vepdegestrant显示出比CRBN非活性对照组更强的ER拮抗活性(IC50 = 3.06 nM,对照组IC50 = 33.23 nM),这种活性主要源于其降解ER的机制,而非单纯的抑制作用。Vepdegestrant通过蛋白酶体依赖的方式降解ER蛋白,这一过程可以通过与蛋白酶体抑制剂卡非佐米(carfilzomib)联合处理来消除。Vepdegestrant在多种ER阳性乳腺癌细胞中选择性地降解ER蛋白,并且在MCF7细胞中对ESR1编码的ER蛋白的降解效果最为显著,这一结果通过串联质谱标签(TMT)蛋白质组学得到证实。此外,vepdegestrant处理还能适度减少MCF7和T47D细胞中ER响应蛋白PGR的水平,这部分归因于直接结合和降解,而不仅仅是由于ER水平降低导致的转录下调。

与已知具有新底物降解活性的免疫调节剂(IMiDs)lenalidomide和CC-885不同,vepdegestrant在Ramos细胞中即使在1 μM的浓度下也不会导致IKZF1、IKZF3、GSPT1和CK1α的降解。然而,vepdegestrant在神经母细胞瘤SK-N-DZ细胞中以1 μM的浓度诱导部分SALL4降解,而lenalidomide在相同浓度下会导致SALL4的完全降解。此外,vepdegestrant在宫颈上皮细胞系C-33中不会降解SALL4,这表明vepdegestrant对SALL4的降解具有组织依赖性,可能源于不同组织中E3连接酶CRBN的分布差异。

Vepdegestrant的强效ER降解活性能够成功转化为显著的细胞增殖抑制活性。它能够以浓度依赖的方式显著抑制野生型ER依赖的MCF7(GI50 = 3.3 nM)和T47D(GI50 = 4.5 nM)细胞的增殖。重要的是,vepdegestrant还能有效抑制表达ER突变体Y537S和D538G的T47D细胞的生长,这些细胞对配体独立和内分泌治疗(ET)具有耐药性,其GI50值分别为8 nM和5.7 nM。Vepdegestrant的显著抗增殖活性主要源于ER降解,而不仅仅是抑制作用。

Vepdegestrant的体内抗肿瘤活性与联合治疗潜力

Vepdegestrant在多种动物模型中展现出强大的抗肿瘤活性。在NOD SCID小鼠中,vepdegestrant(10 mg/kg,口服,每日一次)能够有效降解MCF7肿瘤组织中的ER,使ER水平降低≥90%。与AZD9496不同,AZD9496在ER+乳腺癌模型中具有抗肿瘤活性,但在子宫内膜组织中表现出雌激素/ER激动活性,而vepdegestrant(30 mg/kg,口服,每日一次)在未成熟大鼠子宫肥大模型中没有表现出内在的雌激素/ER激动活性,与对照组相比,子宫重量没有增加。与vepdegestrant类似,氟维司群(100 mg/kg,皮下注射,每日一次)在该模型中也没有雌激素/ER激动活性。两者都能有效降低子宫组织中的ER水平,分别减少96%和65%。

在多种动物模型中,包括野生型ER(WT ER)CDX模型、突变型ERY537S患者来源的异种移植(PDX)模型以及对Palbociclib耐药的ERY537S PDX模型,vepdegestrant显示出显著的肿瘤消退效果。在WT ER乳腺癌模型中,vepdegestrant(口服,每日一次,连续28天)以3、10和30 mg/kg的剂量给药,分别实现了85%、98%和120%的肿瘤生长抑制(TGI)。vepdegestrant在所有剂量下都通过在肿瘤组织中实现超过94%的ER降解来实现强大的体内抗肿瘤活性。在携带ERY537S突变的ST941/HI PDX模型中,vepdegestrant(10 mg/kg,口服,每日一次,连续28天)实现了99%和107%的TGI,这比氟维司群(200 mg/kg,皮下注射,每周两次,连续2周)实现的62%的TGI更有效。vepdegestrant对氟维司群的优越性归因于其更强的ER降解能力。vepdegestrant(30 mg/kg)使ER水平降低了88%,而氟维司群在相同剂量下使ER降低了63%。

CDK4/6抑制剂与内分泌治疗(ET)联合是目前ER+晚期乳腺癌的标准治疗方案,显示出协同效应。然而,与大多数靶向治疗一样,CDK4/6抑制剂治疗后也会出现耐药性。在对Palbociclib耐药的ST941/HI PDX模型(ST941/HI/PBR)中,vepdegestrant(10 mg/kg,口服,每日一次,连续28天)显著抑制了肿瘤生长,TGI为102%,而Palbociclib(60 mg/kg,口服,每日一次,连续28天)和Abemaciclib(50 mg/kg,口服,每日一次,连续28天)的TGI分别为57%和40%,显示出较差的肿瘤生长抑制活性。靶向PI3K/AKT/mTOR信号轴的抑制剂是治疗涉及这些通路耐药的复发或难治性ER+乳腺癌的有效疗法。CDK4/6抑制剂(如Palbociclib、Abemaciclib和Ribociclib)、PI3K抑制剂和mTOR抑制剂(如Everolimus)的每一种抑制剂与Vepdegestrant联合使用时,都能增强Vepdegestrant的抗增殖活性,在体外显示出协同的抗肿瘤活性。重要的是,与单独使用Everolimus相比,Vepdegestrant与Everolimus联合使用在携带配体独立的ERY537S或ERD538G突变的T47D细胞中显示出更强大的疗效。同样,Vepdegestrant与这些抑制剂中的每一种联合使用也在MCF7原位异种移植模型中显示出体内协同效应。Vepdegestrant(30 mg/kg,口服,每日一次,连续28天)与Palbociclib(60 mg/kg,口服,每日一次,连续28天)联合使用导致更显著的肿瘤消退(TGI = 131%),与氟维司群(200 mg/kg,皮下注射,每周两次,连续2周)联合Palbociclib(60 mg/kg,口服,每日一次,连续28天)(TGI = 108%)以及单独使用Vepdegestrant(30 mg/kg,口服,每日一次,连续28天,TGI = 105%)或氟维司群(200 mg/kg,皮下注射,每周两次,连续2周,TGI = 46%)相比。所有治疗在整个研究期间对小鼠体重的影响可以忽略不计,耐受性良好。此外,Vepdegestrant与CDK4/6抑制剂Abemaciclib(50 mg/kg)或Ribociclib(75 mg/kg)、mTOR抑制剂Everolimus(2.5 mg/kg)或PI3Kα抑制剂Alpelisib(25 mg/kg)或Inavolisib(25 mg/kg)联合使用,与单独治疗相比,显示出协同的抗肿瘤活性,显著提高了TGI,导致显著的肿瘤消退。所有与Vepdegestrant联合的治疗在小鼠肿瘤组织中几乎完全降解了ER,并显著降低了CDK4/6和PI3K/AKT/mTOR通路中信号通路的磷酸化水平。综上所述,这些发现表明,通过Vepdegestrant诱导的ER降解和直接靶向CDK4/6或PI3K/AKT/mTOR轴抑制的双重阻断,有可能发挥出更好的治疗效果,为包括配体独立的ER突变乳腺癌在内的晚期ER+/HER2−乳腺癌患者提供了新的治疗选择。

Vepdegestrant的药代动力学特性与临床试验进展

Vepdegestrant具有较高的脂溶性,其计算得到的LogP(cLogP)值为6.8,超过了Lipinski五规则(Ro5)中5.0的上限。然而,通过实验方法评估其脂溶性,包括在pH 7.4下进行的正辛醇/水分配实验(LogD)和高效色谱LogD(chromLogD)实验,其实验值分别为4.6和5.3,均低于计算值6.8。此外,通过超临界流体色谱(SFC)方法测得的vepdegestrant的实验极性(ePSA = 146 Ų)是通过Ertl拓扑极性表面积(tPSA)方法计算的极性值(tPSA = 96 Ų)的1.5倍。研究表明,溶剂暴露的氢键供体(eHBD)≤2的PROTACs比eHBD > 2的具有更高的口服生物利用度,而vepdegestrant具有2个氢键供体和2个eHBD。总体而言,vepdegestrant显示出可接受的体内药代动力学(PK)特性,并且是口服生物可利用的。在狗、小鼠和大鼠中,vepdegestrant的清除率(CL)、半衰期(T1/2)和分布体积(Vss)存在差异,但其半衰期在三种物种中均有利于每日一次给药。此外,vepdegestrant在小鼠、大鼠和狗中的口服生物利用度(F%)分别为59%、24%和5%,表明其在不同物种间存在显著差异。尽管vepdegestrant不符合Ro5,但它符合“口服PROTAC规则”(eHBD ≤ 2),这可能更适合用于评估PROTACs的口服生物利用度。

鉴于vepdegestrant在临床前显示出的抗肿瘤活性、高安全性和理想的代谢稳定性,它顺利进入了临床试验阶段。目前,vepdegestrant正在超过20项临床试验中进行研究。在一项I/II期临床试验(NCT04072952)中,vepdegestrant显示出高安全性、理想的药代动力学特性和强大的抗肿瘤活性。在13.8个月的中位随访时间里,vepdegestrant(每日总剂量30-700 mg)被良好耐受,未出现剂量限制性毒性(DLTs)。大多数治疗相关不良事件(TRAEs)为1/2级,最常见的为疲劳和恶心。在每日总剂量为30-500 mg时,vepdegestrant的0-24小时血浆浓度-时间曲线下面积(AUC0-24h)和最大血浆浓度(Cmax)呈剂量依赖性增加。在患者肿瘤组织中,200 mg每日总剂量的vepdegestrant导致ER降解的中位数为69%,平均值为71%(范围:28%-95%);500 mg每日总剂量的vepdegestrant导致ER降解高达89%。此外,vepdegestrant在患者中显示出强大的抗肿瘤活性,临床获益率(CBR)为36.1%(95% CI:25.9%-47.4%),确认的客观缓解率(ORR)为11.5%(95% CI:4.7%-22.2%)。在两项III期临床试验中,vepdegestrant被研究用于治疗ER+/HER2-晚期乳腺癌,一项是与批准的CDK4/6抑制剂Palbociclib联合使用对比Letrozole联合Palbociclib(NCT05909397),另一项是作为单药治疗对比氟维司群(NCT05654623)。关键的III期VERITAC-2(NCT05654623)临床试验结果显示,作为二线治疗的vepdegestrant单药治疗使患者的中位无进展生存期(PFS)比氟维司群延长了2.9个月(PFS = 5个月对比PFS = 2.1个月),这些患者此前接受过CDK4/6抑制剂和内分泌治疗。此外,vepdegestrant在该试验中通常被良好耐受,显示出与先前研究一致的高安全性。在试验期间,很少出现中断治疗的情况,并且观察到的胃肠道相关副作用发生率较低。作为首个进入III期临床试验的PROTAC,vepdegestrant为乳腺癌患者,尤其是那些具有ESR1突变的ER+/HER2-晚期乳腺癌患者,提供了新的治疗选择。基于有希望的III期临床试验结果,vepdegestrant显示出作为二线治疗ESR1突变患者的最佳单药治疗方案的潜力。2025年6月6日,Arvinas及其合作伙伴Pfizer Inc.已向FDA提交了vepdegestrant的新药申请(NDA),用于治疗此前接受过内分泌治疗后疾病进展的ESR1突变ER+/HER2-晚期或转移性乳腺癌患者。vepdegestrant的NDA提交是开发PROTAC降解剂作为新型疗法领域的一个重要里程碑。Vepdegestrant作为一类开创性的PROTAC降解剂,有望成为首个获得FDA批准上市的此类药物。PROTAC技术的快速发展确实为药物开发的新时代铺平了道路,特别是在靶向蛋白质降解和其他创新的邻近诱导治疗策略领域,这些策略利用双功能分子,有可能解决以前未满足的医疗需求并改善患者预后。