人类基因组,由大约31.6亿个DNA碱基对组成,据估计约有20 000~25 000个蛋白质编码基因。而这部分编码蛋白质的基因,在人类基因组中少于1.5%,在这些基因及其调控序列之外,仍然有许多功能未知的广大区域。此外,要将DNA包含的信息转换成为与生老病死直接相关的生命现象,还涉及到蛋白质的表达与调控等复杂的步骤。因此,虽然人类基因组测序已经完成,但是这31.6亿个DNA碱基对,对于人类来说仍然是一部晦涩难懂的天书。
一方面,基因表达蛋白的水平,并不是一成不变的。比如之前介绍过的存在于大脑中的“僵尸”基因,会在人体死亡后出现异常的高表达(“僵尸”基因——至死不休的工作狂!)。因此,单单从一个基因所表达的蛋白去推断其在生命活动中的功能,显然是不够的。
另一方面,对于占整个人类基因组约95%以上的未知序列,它们为何在此,它们从何而来?这更是从基因水平解读生命奥秘所必须解答的难题。
今天要分享的这项研究,关注的就是来源于古老的病毒、盘桓在人类基因组非编码区中的“幽灵”基因——人内源性逆转录病毒(human endogenous retroviruses, HERVs)。
说到逆转录病毒,就不得不祭出分子生物学领域的圣经:中心法则。
简而言之,DNA是最基本的遗传信息,一方面它可以自我复制,将作为生命密码的遗传信息传宗接代;另一方面它可以转录成RNA,进而翻译成蛋白质,行使其生物学功能。绝大多数讲道理的生命体,小到细菌、大到蓝鲸,都是严格按照这个套路繁衍生息。甚至一部分DNA病毒,也老老实实遵循这个规律。
不过,另外一部分RNA病毒,因为受从前科学理论的局限,对它们的关注度不高,仗着“糊咖有理、糊做非为”的优势,作天作地,不肯遵从“中心法则”。
比如,作为当前顶级流量的热搜专业户——新冠病毒,就是一个图省事儿的RNA病毒。因为嫌这个“DNA——RNA——蛋白质”的中心法则流程太麻烦,新冠病毒就直接通过RNA的自我复制来传宗接代,同时也利用RNA为模板来翻译蛋白质。但是这种轻装上阵的“省电模式”有两个坏处:一是RNA不稳定,很容易降解;二是携带不了太多翻译复杂蛋白质的信息,无法自力更生。
所以,新冠病毒就两手一摊、十分从容地寄宿于人体,利用人体的资源拼命地复制自己,完成周而复始的生命循环。
而另一类以臭名昭著的人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus,HIV)(即艾滋病病毒)为代表的、被称为逆转录病毒的RNA病毒,就更加可恶了。这类病毒自己偷懒,不想自己走DNA复制的套路,但是又羡慕人家DNA的稳定性,于是搞了一套逆转录系统,把自己从RNA逆转录成DNA,强行插入到宿主的DNA序列中,随着宿主DNA的复制,逆转录病毒也不断得到复制和扩增,最终使宿主不堪重负。
不过,还有一类特殊的逆转录病毒,就是前面提到的——人内源性逆转录病毒(HERVs),就有点难以置评了。如果说上面所说的HIV等劫持人体DNA、并最终导致人体细胞死亡的逆转录病毒是土匪、是强盗;那么,HERVs更像是打着和平旗号、厚颜无耻的第三者了。
HERVs,通过整合进人体DNA之后,就安安心心地跟着人体DNA一起过日子,一起复制,一起传给下一代,同生共死。这些整合进人体DNA的HERVs,不再表达自己的蛋白,成为了可有可无的“幽灵”基因。

话说,自从盘古开天辟地、女娲造人补天以来,几百万年前诞生的人类先祖就在不断地感染各种逆转录病毒,人体也在不停地和这些病毒作斗争。
而在这个斗争过程中,其中一部分病毒就领悟了“天地与我并生,而万物与我为一”道法自然的精神境界,以HERVs的形式寄居于人体之中,不显山不露水,跟随人类一起延绵至今。
不过,非我族类,其心必异。越来越多的研究表明,看似无欲无求、蹭吃蹭喝的HERVs,其实也和一些人类疾病的发生密切相关。最近,来自德国的科学家开发了一套基于CRISPR的基因编辑技术,能够在人类胚胎中激活一些HERVs的表达,从而揭示它们在人体中的潜在功能。
研究发现,特异性地激活HERVs家族的成员HERV-K,会对神经元分化过程造成损害,并且会影响前脑类器官的生长。而这一影响,似乎是通过神经营养酪氨酸激酶受体3(neurotrophic tyrosine kinase receptor type 3, NTRK3)这一人体自身的基因来起作用的,其具体作用机制如下:
(图片来自文献)
简而言之,HERV-K的激活会使NTRK3表达升高,进而影响神经发育;而在激活HERV-K的同时对NTRK3进行敲低,则会逆转对神经发育造成的影响。
这一研究表明,整合于人体DNA的HERVs,已经与人体自身的基因及其表达调控形成了千丝万缕的联系。
对于人体而言,也许它们已不再是无关紧要的客人,而是潜伏于人体之中,在未知时刻冒出来秀一把存在感的“幽灵”。
不过,研究者对这一结果带来的远景启示倒是非常乐观:既然这些HERVs已经和我们人体和平共处了几百万年,那它们应该还是在我们的生命活动中发挥着某些积极作用的,并不一定就是有害无益的寄生虫。
毕竟,在生物圈已经有这种摄取外源基因为我所用的先例了。例如:一种海蛞蝓整合了来自海藻的叶绿素,能够进行光合作用。
编译:陈咏竹
参考文献:
Vidya Padmanabhan Nair, Hengyuan Liu, Gabriele Ciceri, et al. Activation of HERV-K(HML-2) disrupts cortical patterning and neuronal differentiation by increasing NTRK3. Cell Stem Cell, 2021; DOI: 10.1016/j.stem.2021.04.009
参考网址:
Helmholtz Zentrum München – German Research Center for Environmental Health. “The viruses in our genes: When activated, they damage brain development.” ScienceDaily. ScienceDaily, 21 May 2021. <www.sciencedaily.com/releases/2021/05/210520133706.htm>.