微精选

见图一

GIST 队列的分子图谱。

图一

a 每列代表一个单独的肿瘤 （n = 78）。将成对肿瘤和正常样本的患者分为两组： WGS （n = 19） 和 WES （n = 59）。上图显示有关临床风险分层、KIT 或 PDGFRA 突变外显子、原发肿瘤部位和 TKI 治疗信息的信息。每个后续面板都显示特定的分子谱。NA，不可用。样本根据风险分层进行排名，然后是 TMB。在上图中，TKI 表示手术前（肿瘤采集）的 TKI 治疗，而 GIST 样本在采集样本之前显示 TKI 的病理进展（耐药）。DEL，缺失;BND，易位;INV， 倒置;DUP，重复。

b 箱线图显示交替负担随着风险分层的增加而增加。左图为编码突变 L （n = 23）、I （n = 5）、H （n = 22） 和 M （n = 23） 的 TMB。中心，常染色体基因组区域中 CNV 片段的百分比，L （n = 23）、I （n = 5）、H （n = 22） 和 M （n = 23）。右图为 19 个 WGS 肿瘤中的 SV 数量，L （n = 8）、H （n = 6） 和 M （n = 4）。

c 不同风险分层中编码区的克隆（左）和亚克隆（右）突变数。L （n = 15）、I （n = 5）、H （n = 16） 和 M （n = 19）。（b， c） 中的 P 值是使用双侧 wilcoxon 秩和检验 （*P < 0.05;**P < 0.01;***P < 0.001;****P < 0.0001）计算的。L 表示低风险，I 表示中等风险，H 表示高风险，M 表示转移性。箱线图的下限、中心线和上限分别表示数据的第一个四分位数、中位数和第三个四分位数。须线延伸到四分位距 （IQR） 的 1.5 倍以内的最大值和最小值。源数据作为 源数据 文件提供。

见图二

78 个 GIST 的基因组改变景观。

a 来自 68 名患者的 78 个 GIST 的临床和基因组改变的综合图。中间面板显示了选定的突变基因和变异类型。包括已知的 GIST 驱动基因和在至少 3 例患者中检测到的复发性突变基因。每个基因的突变频率在左侧显示为条形图，括号中标记了受影响的病例数。每个基因的相应 GO 生物过程在右侧显示为彩色块。右侧的蓝色注释表示基因是否在癌症基因普查 （CGC） 列表中。底部面板显示了 GISTIC2.0 检测到的选定局灶性 CNV 基因。拷贝数：CN = 0 表示深度缺失，CN = 1 表示浅层缺失，CN = 3 表示增益，≥4 表示扩增。红色基因符号表示已知的 GIST 驱动因素。

b 条形图说明了不同风险下递归突变基因（上）和拷贝数改变（下）的相对比例。

c 棒棒糖图显示了 KIT 、 PDGFRA 和 YLPM1 中所有非沉默突变的分布。比例尺表示蛋白质序列的长度（氨基酸），基因的蛋白质结构域用颜色表示。括号中的数字表示患者人数。

d GIST 中 KIT 突变的 96 突变谱。在 46 个 GIST 中共鉴定出 59 个 SNV。KIT 突变的分布与总体 SNV 分布不同，显示 T > C 和 T > A 偏倚。源数据作为 源数据 文件提供。

见图三

GIST 中 YLPM1 失活的频率很高，YLPM1 失活在体外和体内促进肿瘤生长和增殖。

图三

a 来自同一患者的多个肿瘤具有相同的 YLPM1 突变。

b 73 个 GIST 中 YLPM1 基因组和蛋白质畸变的总结。

c YLPM1 蛋白失活通过 GIST 活检的免疫印迹证明。

YLPM1野生型GIST48和GIST-T1细胞系用作阳性对照。YLPM1 失活由相对表达水平 （YLPM1/GAPDH） < 0.3 定义，标准化为 GIST-T1。所有面板均代表来自 3 次独立实验的数据。

d 苏木精和伊红染色（下）和 YLPM1 免疫组织化学 （IHC） 染色（上）：野生型 YLPM1 的病例 94 显示保留的 YLPM1 表达;具有 YLPM1 移码突变的病例 104 显示 YLPM1 表达缺失。

e IHC 在组织微阵列验证队列中评估的 YLPM1 表达总结。YLPM1 的 f-m 恢复抑制 YLPM1 失活的 GIST 中的肿瘤生长和增殖。

f Sanger 测序显示 GIST-T1YLPM1KO成功建立同基因细胞。

g 慢病毒介导的 YLPM1 恢复降低了 GIST-T1 的活力YLPM1KO细胞，通过 CellTiter-Glo 活力测定法评估。数据以平均值表示，± s.d. n = 3。

h 结晶紫染色测定显示 YLPM1 的恢复抑制细胞增殖。显示了代表性板（顶部）和平均百分比面积（底部）。数据以平均值表示，± s.d. n = 3。i YLPM1 的恢复抑制不依赖锚定的生长。显示了代表性板（顶部）和平均菌落数（底部）。数据以平均值表示± s.d. n = 3。j-l YLPM1 的恢复抑制了 GIST-T1 的生长YLPM1KO裸鼠的异种移植物。显示了照片图像 （j）（Ctrl 为 n = 9 只小鼠，YLPM1 恢复为 n = 8 只小鼠，请注意 2 只小鼠无肿瘤生长）、移植肿瘤的生长曲线 （k） 和肿瘤重量 （l）。误差线是 s.e.m. ±平均值。m GSEA 揭示参与 Hallmark 细胞凋亡基因集的基因在 GIST-T1 中上调YLPM1KO群。NES，标准化富集评分。NOM P 值、名义 P 值。所有 P 值均使用双侧 Student’s t 检验计算。源数据作为 源数据 文件提供。

见图四

基因组失衡。

图四

a 73 个 GIST 不同风险分层中的染色体手臂水平 CNV 频率。深红色、红色和浅红色分别代表原发性 （低风险、中危和高风险，n = 50） 和转移性 GIST （n = 23） 的扩增 （AMP） 频率。深蓝色、蓝色和浅蓝色分别代表低风险或中等风险、高风险和转移性 GIST 中的缺失 （DEL） 频率。具有显著组差异的组用绿色星号表示（GISTIC q 值和卡方检验 P 值均< 0.05）。

b GISTIC 2.0 检测到 1-22 和 X 染色体的局灶水平拷贝数增加和丢失，G 分数标记在纵轴上。选定的癌症相关基因被标记在显著的峰区域中。

c、d 使用 MVisAGe R 包在不同风险组中定量测量 CNV 与基因表达之间的关联。黑色代表原发性 GIST （n = 49），红色代表转移性 GIST （n = 21）。c 跨 1-22 号染色体的平滑基因水平 Pearson 相关系数（平滑的 ρ 值）的全基因组图。箭头表示来自 GISTIC 的局灶性 CNV 峰。d 未平滑的 ρ 值和所选基因是根据 Focal-CNV 峰中选定区域中的基因组位置绘制的。星号表示 GIST 中的已知驱动程序。

见图五

复杂的基因组畸变。

图五

a 两个具有染色体裂网 CN 振荡特征的侵袭性病例的 SV 和 CNV 曲线。（左）转移性 GIST 中 1 号染色体上存在染色体丝浆的证据，CN 在 2 个 CN 水平和 LOH 之间振荡。（右）在高危 GIST 中 8 号染色体上有染色体脱裂的证据，CN 振荡跨越 3 个 CN 水平。染色体位置和染色体裂口区域中的 SV 检出显示在顶部面板上。随后的面板显示受影响区域内 SNP（灰点）的总 CN（黑色矩形）、次要 CN（红色矩形）和总拷贝数对数比。CN，拷贝数。

b 降雨图显示了具有局部超突变的 3 个 GIST 的突变间距离与基因组位置的关系。横轴显示按染色体基因座排序的突变（从 1 号染色体上的第一个突变位置到 Y 染色体上的最后一个突变位置），纵轴表示突变间距离。下半部分详细显示了局部超突变位点。源数据作为 源数据 文件提供。

见图六

GIST 的转移演变描述。

图六

a 转移病灶图 （P = 原发性 GIST;M=转移性 GIST）、复发时间（m=月，yr=年）和 TKI 靶向治疗（IM = 伊马替尼，SU = 舒尼替尼，幼稚 = 无 TKI 治疗）。

b 热图显示 4 名患者每个病灶中非沉默突变的癌细胞分数 （CCF）。突变的数量标记在左侧。躯干（紫色）和私有（黄色）突变的百分比标记在右侧。

c 从 4 例患者的每个病灶中确定了 CNV 和拷贝中性 （CN-LOH） 区域。躯干 CNV 的百分比标记在 Circos 图的中心。

d 基于所有非沉默突变的 4 名患者的系统发育树。分支和树干长度与它们的数量突变成正比。选定的癌症相关基因和躯干 CNV 臂用箭头表示。对于非沉默突变：purple = 所有样本中存在突变;green=部分样本共享的突变，yellow=私有突变。对于 CNV：躯干臂水平拷贝数缺失事件标记为蓝色，躯干臂水平拷贝数扩增事件标记为红色。

e 树干（左圆圈）和分支（右圆圈）中 6 个碱基突变的相对贡献。Trunk 等于 （b） 中的截干 SNV，branch 等于 （b） 中的共享和私有 SNV。

好了，今天的文献解读就到这儿来，我们下期再见！如果你正在开展临床研究.需要方案设计.数据管理.  数据分析等支持.也随时可以联系我们。