1938年1月1日，为强化抗战时期全国军政动员，国民政府正式设立军事委员会政治部，由陈诚首任部长，周恩来、黄琪翔任副部长，形成国共合作的特殊架构。该部统辖全国军队政治训练、民众军事组织动员、抗战宣传及战地服务四大核心职能，初期设部长1人、副部长2人，下设秘书处（1940年9月裁撤）、总务厅及第一（军队政训）、第二（民众动员）、第三（文化宣传）厅，主任参事1人辅佐决策。
1944年12月抗战后期，为适应战时需求精简机构，改组为秘书处、总务处、人事处三大行政单元，保留原三厅职能体系。其运作期间（1938-1946）通过《扫荡报》等媒介开展抗战宣传，组织十万知识青年从军运动，成为战时国统区军政教化中枢。1946年6月随军事委员会撤销而裁并，其职能分流至国防部等单位。
政治部部长，负责领导思想政治工作、管理人事考核任免、监督纪律廉洁、组织开展宣传教育活动。
陈诚（1938.1.10.任）
张治中（1940.9.1~1946.5.30）
政治部副部长，协助部长统筹思想政治工作，分管干部人事管理、宣传文化事务，监督纪律执行，协调跨部门协作并推动政策落实。
周恩来（1938.2.6~1940.9）
黄琪翔（1938.2.6~1939.11.24）
王东原（1940~1944.8）
梁寒操（1940.9~1944.1）
袁守谦（1946.5.30.免）
何浩若（1945.3.19.免）
黄少谷（1945.3.19.任）
秘书长，负责文电处理、会议记录及议事日程编次，管理印章并协调跨部门事务承转，督办部长交办要务及机关日常运转，统筹文书撰拟与内部行政协调。
张厉生（1938.2.6.任）
主任参事，协助制定政策并参与决策审议，调研分析政治事务及提出建议，监督法规执行与部门协调，承担专项任务及机密文件处理。
刘永祚（1946.5.30.免）
第一厅厅长，主管全军政治工作人员人事考核管理，负责官兵思想政治训练及意识形态统一工作，统筹军队政工队伍建设与纪律监督。
贺衷寒（1938.2.6.任）
邓文仪（后任）
第二厅厅长，主管军队宣传与民众动员工作，统筹战地文化教育及新闻发布，监督军报编审与对外宣传纪律，协调军民关系及舆论引导。
康泽（1938.2.6.任）
徐会之（1940.任）
第三厅厅长，主管军队组织与党务工作，负责官兵党籍管理及基层组织建设，监督军队内部政治审查与忠诚教育，协调军地党组织联动事务。
郭沫若（1938.2.6.任）
何浩若（1941.5.1.免）
黄少谷（1941.5~1945.3.19.兼）
李俊龙（1945.3.19~1946.5.30）