6月27日凌晨，由南军第5军区的1990名士兵、460名联邦警察与270名联邦海关人员组成的联合部队，在空军战斗机与直升机的掩护下，向南奥南意边境出发，准备夺回边界通道；而另一路由110辆坦克组成的部队，则向斯洛文尼亚首都卢布尔雅那进发，其目标是控制该地的机场。面对南人民军的坦克，斯洛文尼亚立即调动其地方防御部队与警察部队准备迎战，并在全国发布了总动员令。斯军在所有交通要道与城镇人口设置路障并构筑阵地，以阻止南军坦克的通过；同时斯洛文尼亚当局切断了南军在斯洛文尼亚境内各军营的水电与食品供应，解雇南军家属在当地的就业人员。当天，南军与斯地方卫队首先在斯洛文尼亚东南部发生冲突；随后在与奥地利接壤的一些边界过境站也发生了冲突。斯地方卫队还围攻了南人民军的两个军营与一个机场，击落了1架南军的直升机。在奥地利边境的卡拉瓦卡边境站，南军还进行了空降。当天，斯全国近20个地点发生了南军与斯地方卫队的战斗。28日，冲突进一步扩大。斯地方卫队进一步围攻南军军营，而南军则在坦克进攻受阻后发起了空中打击。当天南军战斗机对斯地方卫队的14处阵地进行了轰炸，还攻击了卢布尔雅那与马里博尔的两座机场。当天下午，南国防部发表声明称，已经完全控制了斯境内的南斯拉夫国界。6月29日起，优势开始转向斯洛文尼亚方面。双方仍然在斯各地不断交火。冲突主要发生在南军各被围军营的突围与解围战斗中。在斯洛文尼亚境内各分散的南军军营均遭到斯地方卫队围攻，在断电断水与失去食品供应的情况下处境艰难；而南军解围部队则受困于地理与路障，大批斯洛文尼亚与克罗地亚族士兵逃离部队也削弱了南军战斗力。在持续一周的冲突中，南军有36人阵亡，2500人被俘。斯洛文尼亚的坚决抵抗出乎了南人民军与塞尔维亚的预料。尽管南军兵力与装备占压倒性优势，但是此时南境内已经是危机四伏，南军无法抽调足够的兵力形成绝对优势。在这种情形下，南军与塞尔维亚均意识到，斯洛文尼亚的独立已经不可逆转，南军继续在斯洛文尼亚用兵，或许能够一时压倒斯地方卫队，但是必将深陷其中。而南军身后还有一个克罗地亚，一旦克罗地亚准备完毕，则南军必将两面受敌。此后直到7月初各地不断地有零星的战斗，然而由于与斯洛文尼亚同时宣布独立的克罗地亚境内塞尔维亚人与克罗地亚人冲突扩大，使得居中介入的联邦军队难以调度。此外斯洛文尼亚实行截断南斯拉夫联邦军补给线的行动，甚至不惜击落由斯洛文尼亚人所驾驶的联邦无武装直升机。在斯洛文尼亚国内对于南斯拉夫联邦军强烈的不支持也对战争形成了有利的状态，加上实行宣传战更让联邦变成了坏人一角，此时在欧洲各国的指摘声中7月2日南斯拉夫联邦军一部份的军队决定先撤退。7月5日晚，在欧共体外长的调解下，斯洛文尼亚宣布接受停火条件，推迟3个月独立，拆除全部路障，遣散地方卫队，释放2500名南军被俘人员；而南军也宣布从斯洛文尼亚撤军。7月7日，南斯拉夫联邦共和国和斯洛文尼亚共和国双方在欧洲共同体的出现下进行调停并且在布里欧尼岛达成协议停火。南斯拉夫军队从斯洛文尼亚完全撤军，而卢布尔雅那当局暂缓三个月独立，两方都遵守协定。7月8日，斯洛文尼亚政府发表胜利宣言。这次战争，斯洛文尼亚方面共阵亡18人，182人负伤，而南斯拉夫则有44人阵亡，146人受伤，另有5000人被俘虏。而斯洛文尼亚的胜利，敲响了南联邦的丧钟。（2）克罗地亚战争 眼看斯洛文尼亚成功了，秉承着我上我也行的想法，克罗地亚也爆发了战争。但是，很快克罗地亚被教育了。1991年7月下旬，塞族武装在巴拉尼亚地区展开了更大规模的进攻，而人数占优的克罗地亚军队则连战连败。在Dvor na Uni附近，塞族武装攻占了2个克族村庄，附近的南人民军329装甲旅的一支部队袖手观望；在巴拉尼亚北部的格利纳（Glina）警察局，南人民军51机械化旅的一个营则参加了塞族武装对警察局的进攻。而在东斯拉沃尼亚地区，南人民军的部队同样在塞族武装攻击时采取观望的姿态。进入8月份之后，随着更大规模的交火在克罗地亚全境展开，更多的南人民军部队被卷入交火中，这些部队多采取一种塞族进攻，则置之不理，克族反击则阻止交火的策略。而塞族武装则进一步利用这一点，每攻占一地就宣布当地自治，随后要求南人民军对该地实施保护。缺乏重武器的克罗地亚军队既无法战胜塞族武装、亦不敢攻击南人民军，连连失利后即把怒火全部集中到南人民军身上。1991年8月3日，克罗地亚要求南人民军立即撤离克罗地亚领土，在南人民军拒绝其要求后，克罗地亚军队对其领土上的南军各军营与军事基地展开了围攻，这即是克罗地亚战争期间著名的“军营围攻战”，克罗地亚军队希望通过攻占军营获得其急需的重武器装备。因为大多数南人民军军营都处于人口稠密地带，为了避免攻击军营导致严重的人员伤亡，克罗地亚军队对攻击军营行动进行了周密的计划：首先切断各军营的水电与粮食供应，并对军营进行包围；通过谈判或其他手段迫使南人民军主动撤离军营；在疏散附近居民进行强攻。克罗地亚军队对南军营的围攻在9月14日到9月19日的六天间达到了高潮，在攻击中有36个南军军营和26个军事设施或被攻占或宣布投降。尽管南联邦空军摧毁了部分军营，但是克罗地亚军队还是从这些军营中得到了大量的重武器。9月中旬开始，南人民军的增援部队从多个方向进入克罗地亚境内。南军的计划包括：在克罗地亚北方，利用强大的装甲机械化部队，首先攻击东斯拉沃尼亚，然后向西推进攻击东斯拉沃尼亚地区，并直捣萨格勒布；在亚得里亚海沿岸，南军将切断其东西交通，包围克罗地亚的亚得里亚海沿岸重镇杜布罗夫尼克，随后向西推进到内雷塔瓦河谷一线，最终迫使克罗地亚投降。随着南人民军的全面介入，克罗地亚的形势急转直下。在东斯拉沃尼亚，南第12军和第1近卫机械化师的部队攻占了全部巴拉尼亚地区，随后第12军主力包围了武科瓦尔，而第1近卫机械化师则继续西进。在西斯拉沃尼亚，南第5军的部队试图解救在瓦拉日丁被围困的第32军，但是未能成功，在32军投降后，南第5军转而包围了奥库查尼及其附近地区。在克罗地亚中部，被包围在萨格勒布的南第5军区负责指挥该地区的南军行动，包括南第10军、13军和32军部分部队，自西向东突击，夹击萨格勒布。在南部塞尔维亚边境，南军第37军的部队于9月24日包围了杜布罗夫尼克。在亚得里亚海沿岸，南第9军从克拉伊纳与波黑共和国出发，攻击克罗地亚南部地区。亚得里亚海上，南人民军海军从9月17日开始出动舰队封锁了克罗地亚沿海，并从海上为南军部队提供火力支援。10月1日，克罗地亚中部重要的粮食产地帕克拉茨被人民军占领，南军推进到距离萨格勒布50公里的地区；10月6日，南空军战斗机突袭了萨格勒布的克罗地亚总统府，总统府被炸弹击中，图季曼总统死里逃生；在杜布罗夫尼克，南人民军从地面、海上和空中同时对城内进行炮击与轰炸，南军还使用了地对地导弹攻击了该城附近的目标，大批克罗地亚人躲在海滨的国际饭店内，期望饭店的涉外身份能保护他们免遭战火。11月16日，武科瓦尔附近的要塞博洛沃被占领；11月18日，坚持了3个月的武科瓦尔被人民军攻占，克罗地亚国民卫队204旅被消灭，大约1000名克罗地亚士兵被打死，1000人被俘，2000人投降，东斯拉沃尼亚落入南军手中。但从十月份开始，南军既不能攻下克罗地亚首都萨格勒布，克军也无法从强大的南军手中收复失地，克罗地亚战争进入到僵持阶段。直到1995年，克罗地亚军队在安特戈托维纳的指挥下发动了“风暴行动”，克罗地亚战争才开始逐渐走向尾声。
