1939年6月21日(农历五月初五,端午节)凌晨三四时,侵穗日军21军104师团132旅团和第五舰队海军陆战队共1万多人,飞机40多架,舰艇40多艘,在少将旅团长兼粤东派遣军司令后藤的指挥下,分三路进攻潮汕。其中部分队伍乘汽艇入新港直溯韩江,水陆并进,直逼庵埠。同日,汕头市和潮安县的庵埠相继陷落。
日军向潮城进攻线路
日军占领庵埠后,1939年6月22至25日(农历五月初六至初九),日机连续轰炸铁路线、护堤线和各个主要山头。由于日机轰炸,国民党的党政机关先后向归湖一带山区撤退,潮安县党部迁于梨树下村,县政府和科局机关迁于溪美村,警察局迁于仙洋村。独9旅旅部撤至潮安与丰顺交界田东的伍全(后迁黄竹径,均在今登塘镇);旅部的有关部门设于附近的闪桥、西公寮等村,部队除留少数在铁路线防守外,都撤至登塘、田东一带。保安团则撤于沙溪、凤塘与揭阳交界的地区。洪之政的自卫总队撤至意溪、磷溪、铁铺一带。县自卫团撤于归湖石陂村。中共潮安县委则搬迁至文祠长背山村。
撤退前,独9旅旅长华振中下令破坏潮汕铁路,先毁汕庵段;至日军占领庵埠前几天,又毁浮洋至庵埠段。1939年6月22至24日潮州至浮洋沿线的区、乡政府,也号召农民拆毁全部铁轨和枕木,炸毁机车和车厢。6月23日,驻汕日军调集毛利、龟井、田中九等3个大队,还有臼高山炮队及工兵、通信、后勤等附属部队共2000多人,集结于庵埠车站、内外文里、溪头李和官路一带,准备进攻潮州城。
6月24日早晨,日军分三路沿铁路线、护堤线、韩江水路向潮州城进攻。野村、西迁、高柳3个中队为先锋,由龟井中佐指挥,向沿途村庄搜索前进。日机配合轰炸军事目标,空投日本旗和食物、军需品。
进攻铁路线一路的日军1000多人,分成两股:一股从铁路线东面进入华美,经骊塘出铁路;一股从铁路西面插到桑浦山边,经金石出铁路线,两股汇合后进驻彩塘。6月25日晨,日军继续搜索前进时,在鹳巢附近遭到国民党军一个连的阻击。双方战斗一个多小时,守军撤走,日军继续前进,当晚进驻浮洋的南门桥、潘厝等村。26日上午,日军进入浮洋墟,午后到达乌洋山。国民党军一个排阻击后撤走,有4名士兵牺牲。下午2时日军到枫溪车站时,遭到独9旅627团部分官兵的阻击。傍晚7时,日军先头部队到达西车站,大部队也于当晚进驻枫溪车站至云梯村一带。27日开进潮州城。
日军沿潮汕铁路线向潮州城逼进

护堤线一路日军约400人,从庵埠官路出发,沿途搜索前进,没有遭到阻击。6月25日中午到达东凤,下午在龙湖三英、后郭,打死农民4人。当晚与铁路线路日军汇合;翌日再分开搜索。27日晨,这一路日军在乌树与韩江水路部分登陆的日军汇合,开进潮城南门。
韩江水路,日军橡皮艇几十艘,载600多人,于6月25日从赐茶出发,当晚停泊于龙湖对面沙洲韩江边。翌日清晨,在“公婆树”附近,受到国民党军一个连的阻击。日军因在水上,无掩蔽物,仓惶应战,有几艘强行登陆,被国民党军击退,退到凤仪洲(排娘洲)“三丛树”的沙坝停泊。7时左右,日机2架飞临“公婆树”,投弹数枚,守军撤走,日机还空投食物接应日军。国民党军撤退后,日军洗劫凤仪洲。27日早晨,水路日军开到潮城东门外、下水门等处。
至此,2000多名日军,分三路同时进入潮州城。潮州城于6月27日陷落。
日军占领潮州城后,总部设于瀛洲酒楼,不久搬至廖厝祠和原政府大院(现镇海楼所在地),后又搬至南门堤顶。第一任“潮州警备司令”为毛利大佐。日军分驻葫芦山、金山、笔架山、西车站、南门竹铺头以及明德楼、同仁医院、瀛洲酒楼、大埔会馆等地,炮兵中队驻西湖。
日军在潮州城内与中国军队展开巷战
日军由于兵力不足,只派1个中队驻彩塘都祠,控制大寨铁路线下段。枫溪至金石一带,仍为国民党军队所控制。日军主要保留护堤线,以保障潮州至汕头的交通。护堤线沿途设春城楼、云步、乌树、龙湖、东凤、朱角院、鳌头、梅溪、赐茶、龙尾等10个据点。龙湖以上为“潮州警备司令部”管辖,东凤以下归“澄庵警备司令部”管辖。日军侵潮期间,先后更换6任司令官。这些司令官依次为:毛利、龟井、石任、中岛、小松、板本。
此后,日军相继侵占了潮安的大部分地区,除潮安中部和南部外,东至官塘,北至东津,西至登塘,韩江至将军山下,均为日军控制。意溪、铁铺成为缓冲区。日军足迹最远曾到过铁铺的尖崎山、意溪的橄榄宫,但窜扰后即被击退。他们始终未能占领潮安全境。
潮城沦陷期间市民需凭良民证进出城