1949年1月，三大战役全部结束，各野战军开始按照军委指示进行整编。三野有一支比较特殊的部队，就是吴化文起义而来的35军。济南战役时该军就起义了，但没有真正参与淮海战役，而是在政委何克希的主持下，进行教育整训。
何克希此前担任华野一纵副司令，是名将叶飞的副手，早年还当过政工干部，论工作能力称得上是军政双全。在35军的几个月时间，他采取的改造措施卓有成效，部队面貌有了很大提高。不过49年初进行军改时，何克希却面对一个很棘手的问题，感到挠头。
随着三野番号建立，一些原本实力不突出的纵队，需要跟原国民党起义部队进行合编。这本来也不是难事，比如淮海战役初期，张克侠、何基沣带领国民党第三绥靖区发动起义，为我军围歼黄百韬兵团创造条件，贡献显著。其实这两位将军早就是我党党员，加上起义部队在历史上没有过多问题，加入华野后比较受欢迎，发展出33军及34军。49年跟他们整编时，华野老部队没有什么情绪，官兵都很配合。
但35军情况明显不同。原因无他：军长吴化文名声太差，抗战期间投靠过日本人，在山东境内烧杀抢掠制造无人区，手上沾着八路军及百姓的鲜血。恰恰49年要跟他们合编的，是老华野的鲁中南纵队，多年前就跟吴化文有仇怨，广大官兵说什么也不肯认“汉奸”当军长，认为合编是对老八路及华野部队的侮辱。
为了维护团结和统战局面，三野司令员陈老总亲自出面，给大家做思想工作：鲁中南纵队人数少一些，没法独立成军，所以肯定要跟起义部队整编；人家既然起义了，就是要坚决跟旧历史划清界限，咱们要给起义官兵机会，团结成一家人才对嘛！
陈老总在华东威望极高，但这一次他讲的话也不怎么好使，大批官兵接受不了这项政策，意见还是非常大。无奈之下，老总要求军政委何克希想想办法，把工作做具体，不能影响野战军内部团结，以及接下来的渡江战役。
何克希知道这件事不好办，连陈老总一时之间都摆不平，不出奇招的话很难转圜。思前想后，何克希还真想出一个办法，经请示野司和相关人员后，把这一招使了出来。在陈老总、何克希等人的沟通劝说下，吴化文本人登台：他在35军全军大会上，当着广大将士的面，痛哭流涕做检讨，并且接受大家的现场批评，让同志们把火给撒出来。
出了问题，最好的办法就是直面问题，不这么干，不用狠招，哪能真正解决矛盾？同时何克希上台补充：整编后的35军，华野老部队占三分之二，仍然是队伍主体和基石，接下来还有大仗要打，希望全军鼓足干劲和士气，为解放全中国贡献力量。何克希这个办法，效果还是不错的，大家的怨气有了出口，逐步接受了组织决定，合编工作终于能推动了。
显而易见，吴化文虽挂名军长，但根本谈不上什么威望，35军的实际指挥权在政委何克希手里，吴化文则基本退居幕后，不负责具体决策；也只有这样，才能真正确保队伍的凝聚力和作战行动。1949年4月，三野35军第一个攻入南京市区，占领了总统府，得到军委表扬。何克希政委在35军起义、整编、南下的过程中，做了大量细致工作，成绩非常突出，1955年获得了少将军衔。