今天分享一个marker资源:来自文献:2021年4月15号发表在 Nature Communications 杂志上,标题为《Single cell regulatory landscape of the mouse kidney highlights cellular differentiation programs and disease targets》。

样本情况

对出生第0天(P0)、3周龄(P21)和8周龄(P56)的小鼠肾脏进行了单细胞测序(图1a)。小鼠出生时仍存在肾单位祖细胞,且肾单位形成过程持续至约第21天。

发育期和成年小鼠的肾脏细胞亚群marker基因

scATAC-seq部分注释

根据标记基因的可及性特征,成功鉴定了代表以下细胞类型的聚类(图1d):

  • 肾单位祖细胞 nephron progenitors:Uncx和Cited1、
  • 内皮细胞 endothelial cells:Egfl7
  • 足细胞 podocytes:Nphs1和Nphs2
  • 近端小管第一段和第三段细胞 proximal tubule segment 1 and segment 3 cells:Akr1c21、Slc34a1和Slc5a2、Kap
  • 髓袢 loop of Henle:Slc12a1和Umod
  • 远曲小管 distal convoluted tubule:Slc12a3和Pvalb
  • 连接小管 connecting tubule:Trpv5
  • 集合管主细胞 collecting duct principal cells:Aqp2和Fxyd4
  • 集合管闰细胞 collecting duct intercalated cells:Atp6v1g3和Atp6v0d2
  • 基质细胞 stromal:Col3a121
  • 免疫细胞 immune cells:C1qb

作者还提供了别的文献中使用的:

对于scRNA-seq部分

作者也已经提供好了整理好的表格:

快去下载看看:https://static-content./esm/art%3A10.1038%2Fs41467-021-22266-1/MediaObjects/41467_2021_22266_MOESM5_ESM.xlsx