1193-NFATC2::NUTM2A/B 融合定义了一种新型的肺和唾液腺惰性肌上皮样肿瘤
摘要
随着二代测序技术的日益广泛应用，对迄今尚未分类的肿瘤的分类正在迅速发展。具体而言，基因融合已成为越来越多实体瘤（主要起源于软组织、骨骼和唾液腺）在特定背景下的定义性遗传标记。我们描述了四例起源于唾液腺（两例）和肺（两例）的肌上皮样肿瘤，它们携带重复性NFATC2融合，其融合伙伴涉及NUTM2B（3例）和NUTM2A（1例）。患者为两女两男，年龄24-67岁（中位数33岁）。肿瘤大小从1厘米到4.5厘米不等。治疗方式为手术，其中三例未进行辅助放化疗，一例进行了辅助放化疗。诊断时未发现转移或其他原发性肿瘤。三名获得随访的患者（两例唾液腺肿瘤，一例肺肿瘤）在9个月、11个月和31个月时均无病生存。最初的诊断均为“未分类肿瘤”，并考虑过造釉细胞瘤样尤文肉瘤和肌上皮肿瘤。组织学显示浸润性的、形态单一的上皮样至基底样细胞排列成小叶状集合体、巢状和索状结构，分布于不同程度硬化的间质中，间质内含大量基底膜样玻璃样物质。未见明确恶性特征（恶性细胞学、高核分裂活性、坏死、神经周围或淋巴血管侵犯）。免疫组化（IHC）显示低分子量和高分子量角蛋白（AE1/AE3和CK5/6；4/4）、EMA（2/2）和CD99（2/2）共表达。阴性标志物包括p63（0/4）、NUT（0/4）、S100（0/4）、SOX10（0/4）、p40（0/2）和SMA（0/2）。本研究介绍了一种由NFATC2::NUTM2A/B融合驱动的新型唾液腺和肺部肿瘤实体，其呈现肌上皮样形态但不完全具备肌上皮免疫表型。报告更多病例将有助于阐明这种新型肿瘤的生物学特性和合适的治疗策略。
1 | 引言
NFATC2和NUTM2A/B最近已被确认为多种不同实体瘤中独立的融合伙伴。具体来说，NUTM2A/B是以下肿瘤亚群中常见的融合伙伴：高级别子宫内膜间质肉瘤（ESS）、肾脏透明细胞肉瘤、CIC重排肉瘤以及新出现的原始未分化性儿童肉瘤。除少数例外，所有这些罕见肉瘤均呈现未分化的高级别形态，并伴有侵袭性的临床病程。在这些解剖学上多样化的实体瘤中，YWHAE是最常见的融合伙伴，其次是CIC、ATXN1和ATXN1L。
另一方面，NFATC2是EWSR1/FUS基因的一个定义性的非ETS融合伙伴，见于表型和生物学上高度异质性的病变/肿瘤中，这些病变包括单纯性骨囊肿、骨上皮样血管肿瘤的亚群以及一组异质性的、未分类的骨与软组织上皮样和圆细胞肿瘤/肉瘤。然而，据我们所知，涉及NFATC2和NUTM2A/B的融合此前尚未在任何已定义的实体瘤中作为一种独特的融合被报道过。我们在此详细描述了四例无法归类于任何已确立的软组织、肺或唾液腺肿瘤实体的肿瘤的临床病理和分子特征，它们均携带一种新型的NFATC2融合。
2 | 材料与方法
病例选自作者的会诊档案。组织标本经福尔马林固定并按常规流程进行组织病理学处理。由于大多数病例的会诊性质，免疫组化（IHC）在不同的实验室进行，且基于组织可用性和初始的鉴别诊断考虑，各病例所进行的染色项目各不相同（染色方案和抗体来源的详细信息可应要求提供）。
2.1 | 二代测序
使用Qiagen（德国希尔登）的RNeasy FFPE Kit从福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织切片中分离RNA，并使用NanoDrop-1000（美国沃尔瑟姆）进行分光光度法定量。使用TruSight RNA Fusion panel（Illumina Inc., 美国加州圣地亚哥）进行分子分析，按照制造商的方案，输入500 ng RNA。文库在MiSeq（Illumina Inc., 美国加州圣地亚哥）上进行测序，每个病例测序读数超过300万条，并使用RNA-Seq Alignment workflow, version 2.0.1（Illumina Inc., 美国加州圣地亚哥）分析序列。使用Integrative Genomics Viewer (IGV), version 2.2.13（Broad Institute）进行数据可视化。
我们声明，在撰写本手稿的任何部分时，均未使用人工智能生成内容（AIGC）工具，例如ChatGPT及其他基于大语言模型（LLM）的工具。
3 | 结果
3.1 | 临床特征
主要发现总结于表1。受累患者为两女两男，年龄24-67岁（中位数33岁）。治疗方式为手术，其中三例未进行辅助放化疗，一例进行了辅助放化疗。诊断时未发现转移或其他原发性肿瘤。唾液腺肿瘤患者在11个月和31个月时均无病生存。病例4在9个月时无病生存，而病例3失访。
3.2 | 病理学发现
肿瘤大小从1厘米到4.5厘米不等（表1和表2）。最初的诊断均为“未分类肿瘤”，并考虑过造釉细胞瘤样尤文肉瘤和肌上皮肿瘤。组织学显示浸润性的、形态单一的上皮样至基底样细胞排列成小叶状集合体、巢状和相互连通的索状结构，分布于不同程度硬化的间质中，间质内含数量不等的基底膜样玻璃样沉积物。核分裂活性<5个/10个高倍视野（HPF）。未见坏死或神经周围侵犯。免疫组化（IHC）显示低分子量和高分子量角蛋白（AE1/AE3, CK5/6; 4/4）、EMA（2/2）和CD99（2/2）共表达。阴性标志物包括p63（0/4）、NUTM1（0/4）、S100（0/4）、SOX10（0/4）、p40（0/2）和SMA（0/2），以及基于初始鉴别诊断考虑所检测的许多其他标志物（表2）。唾液腺和肺部肿瘤的代表性示例如图1和图2所示。
表1|NFATC2：：NUTM2A/B基因融合型唾液腺与肺部肿瘤的临床病理及分子特征
表2|NFATC2：：NUTM2A/B融合基因型唾液腺与肺部肿瘤的原始诊断及免疫组化检测结果
3.3 | 分子发现
在所有四个病例中均检测到框内（in-frame）的NFATC2融合。3’端的融合伙伴在三例中是NUTM2B，在一例中是NUTM2A。断点定位显示，NFATC2基因的外显子6（n=2）以及外显子7和外显子8（各n=1）分别与NUTM2B的外显子5（n=3；图3）和NUTM2A的外显子4（n=1）发生融合。
图 1 | NFATC2::NUTM2B 融合唾液腺肿瘤的代表性示例（病例1）。
(A) 肿瘤与周围的唾液腺小叶分界清晰。
(B, C) 肿瘤显示单形性基底样上皮样细胞，呈小梁状和巢状排列，间质玻璃样变程度不一。
(D) 高倍镜显示细胞密集区域中圆形、单形性、形态温和的细胞。
(E, F) 角蛋白AE1/AE3 (E) 和 CK5/6 (F) 的表达；注意 (F) 中局灶性的浸润性生长和被包绕的固有唾液腺导管。
图 2 | NFATC2::NUTM2B 融合肺部肿瘤的代表性示例（病例4）。
(A) 大体标本显示一个边界清楚的结节，切面呈均匀的黄褐色。
(B) 低倍视野确认肿瘤边界清楚但无包膜，可见局灶性外周淋巴细胞袖套，并且在此低倍镜下已可识别出显著的间质玻璃样沉积物。
(C) 高倍镜显示广泛的基底膜样玻璃样沉积物包绕单形性、淡染的上皮样肿瘤细胞。
(D) 在两例肺部病例中均可见局灶性促纤维增生型间质包绕细胞稀疏的肿瘤组织。
(E) 细胞高度密集区域，间质很少，细胞更多呈卵圆形至梭形。
(F) 在此病例中注意到少量散在的多形性深染细胞。
图 3 | 通过Panel测序检测到的基因融合示意图。
图示了每个融合伙伴的基因结构以及Panel测序的读段覆盖度，以及融合事件所保留的外显子。下方显示了编码的嵌合蛋白及其保留的蛋白结构域。所示为涉及 NFATC2 和 NUTM2B 基因的融合（病例3）。
4 | 讨论
尽管不同的二代测序工具在外科病理学和研究中已广泛应用，但携带NFATC2::NUTM2A/B融合的肿瘤此前尚未见报道，这凸显了这些融合的罕见性。据我们所知，近期一项关于未分类头颈部肿瘤的分子调查研究中仅包含了一例携带NFATC2::NUTM2B融合的唾液腺肿瘤病例，但尚不清楚该病例是代表一个新实体瘤还是偶然的单一观察结果。
这个小系列介绍了一种组织学上独特的新型唾液腺和肺部肿瘤实体，其由NFATC2::NUTM2A/B融合驱动，呈现不同程度的肌上皮样形态，但具有不完全的肌上皮免疫表型。这些NFATC2::NUTM2A/B融合肿瘤表现出的组织学特征与唾液腺和软组织的肌上皮肿瘤显著重叠，包括典型的细胞学形态（上皮样和卵圆形至丰满的梭形细胞）以及肌上皮样结构模式（实性片状、小叶状、大小不一的巢状以及分支状/相互连接的梁状结构，背景为硬化性或促纤维增生性间质，内含数量不等的无定形基底膜样玻璃样物质）。然而，肌上皮肿瘤的其他特征，包括浆细胞样和明确的梭形细胞形态以及粘液样间质改变，均不存在。此外，也缺乏导管分化、突兀的鳞状上皮珠/角化灶或明显的上皮特征。
尽管所有肿瘤在外周都表现出一定程度的浸润性生长，但不存在明确的恶性特征，如严重的细胞异型性或多形性、活跃的核分裂活性、坏死、淋巴血管侵犯或神经周围侵犯。在免疫组化水平上，所有四个肿瘤均表达广谱角蛋白和高分子量角蛋白（AE1/AE3, CK5/6），但缺乏鳞状上皮标志物（p63/p40）和肌上皮标志物（S100, SOX10, SMA）。单克隆NUT抗体在所有病例中均为阴性。
NUT成员2（NUTM2）是一个包含几个基因旁系同源物的家族，包括NUTM2A (10q23.2)、NUTM2B (10q22.3)、NUTM2D (10q23.2)、NUTM2E (10q22.3)、NUTM2F (9q22.32) 和 NUTM2G (9q22.33)。其中，NUTM2B 其次是 NUTM2A 是癌基因融合中最常涉及的成员，而 NUTM2G 是最近才在由MYC相关因子X二聚化（MAD）蛋白家族（MXI1, MXD4, 和 MGA）基因融合定义的NUT肉瘤亚群中被发现，这些融合大多与NUTM1融合，但很少与NUTM2A和NUTM2G融合（MXD4::NUTM2G 和 MXI1::NUTM2A 各一例）。在五例病例中观察到NUTM1的多灶性弱免疫表达，这可能代表了与NUTM2A蛋白的抗原交叉反应性。
我们在此描述的肿瘤与所有先前报道的NUTM1/NUTM2A/B融合实体瘤均不同。它们显示出相似的组织学特征，支持其为一个独特的实体瘤。事实上，一个肺部病例（病例4；在本研究准备过程中发现）最初就是基于与其他肿瘤的形态学相似性而被识别出来的。这些肿瘤温和的形态学、缺乏侵袭性临床特征以及两例病例中虽有限但平稳的随访结果，都符合其可能具有惰性临床行为的特征。最近报道的一例病例（一名68岁男性4.2厘米的NFATC2::NUTM2B融合颌下腺肿瘤，报告为具有肌上皮特征的癌，接受了手术+辅助放疗治疗）在20个月随访中病程平稳。这些观察结果与一个新兴的观点一致，即可能的细胞起源/组织发生以及确切的融合伙伴/断点很大程度上反映在不同肿瘤独特的临床和生物学特性中，并且没有哪个单一基因本身是致死的。
关于这些肿瘤的另一个争议点是它们的组织发生起源和解剖分布。这些肿瘤的肌上皮样形态、间质特征以及温和的形态学，让人联想到一些骨与软组织的NFATC2::EWSR1/FUS融合肿瘤中所见的特征。这一观察结果支持NFATC2（而非NUTM2A/B基因）是其在肿瘤发生/形态发生中的主要驱动因素，但这在目前仍是推测性的。值得注意的是，与报道的MAD::NUTM2融合肉瘤中存在的弱多灶性交叉反应性相反，我们使用单克隆抗体未检测到任何NUTM1的免疫表达。另一方面，与传统的唾液腺肌上皮肿瘤相比，缺乏S100、SOX10和p63的表达，尤其是在唾液腺病例中，是一个显著特征。因此，我们倾向于将这些肿瘤报告为“肌上皮样”肿瘤，以便它们与传统肌上皮瘤和肌上皮癌的区分有助于未来的界定。此外，生物学上中性的术语“肿瘤”优于称其为癌或肉瘤，以避免过度治疗的风险。最后，这一实体瘤是否仅限于肺和唾液腺，仍有待未来报告更多病例来研究。
总之，我们报道了四例（两例肺部，两例唾液腺）独特的低度恶性肿瘤，其特征为温和的组织学、肌上皮样形态但不完全具备肌上皮免疫表型、复发性NFATC2::NUTM2A/B融合以及可能的惰性临床行为。所有发现都支持这是一个新的实体瘤。未来需要更多的报告来全面描绘这种肿瘤类型的表型和解剖学谱系及其生物学潜能。
Agaimy A, Dermawan JK, Rios E, Meidenbauer N, Dimmler A, Stoehr R, Antonescu CR. NFATC2::NUTM2A/B Fusions Characterize a Novel Indolent Myoepithelial-Like Neoplasm of the Lungs and Salivary Glands. Genes Chromosomes Cancer. 2025 Sep;64(9):e70083. doi: 10.1002/gcc.70083. PMID: 40944358; PMCID: PMC12432481.