前排提醒，下面是一个答疑示例。
【问题标签】这里是问题
这里是问题补充。
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这里是解答。
【R包安装报错】安装R包的过程提示这个错误是什么原因？
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网络问题，你换个网络环境试试，如果你开了代理，请先关掉。
【R版本切换】我这里R的版本是4.2.2，我也重新下载了4.5版本的R，但是不知道怎么切换
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点击顶部的 Tools — global option
【代码运行】请问在安装包的时候，碰到这样的错误提示怎么处理？
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代码不要运行太快，第11 12 行代码，重新run一下
【RStudio安装】我安的Rstudio这样怎么回事呢
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先安装R语言，要默认安装在C盘
【代码运行】这个是什么意思
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光标定位到第一行，重新从第一行开始点run，每run一行观察左下角窗口的输出信息，没有关键词 error 且返回一个大于号 > 再run下一行
【R镜像设置】这样有问题吗？
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改用中科大的镜像把第5,6换成 options(“repos”=”https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/”) options(BioC_mirror=”https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/”)
【R版本】改用中科大的报错是这个
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你的R语言版本太低了，建议安装群公告网盘里的新版本，R语言和Rstudio都可以升级一下
【软件安装路径】请问这是为什么呢
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Rstudio Rtools 都建议安装在C盘，默认位置
【R包安装依赖】加载clusterProfiler时报错，请问该怎么处理呀？
错误: package or namespace load failed for ‘clusterProfiler’ in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]): 不存在叫’GO.db’这个名称的程序包
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因为有个别r包依赖于几十个其它包，比如这个大名鼎鼎的clusterProfiler，如果你网络不好，很有可能它本来是可以自动安装各种依赖的因为网络问题终止。 所以如果你在library(clusterProfiler)报错很正常的。 这个时候你需要单独的安装它缺失的依赖包即可，比如 GO.db是一个R包，需要装它，仿写你运行的脚本里面BiocManager开头的代码，把引号里面的词换成GO.db就行。
案例就是（复制粘贴下面的代码）： BiocManager::install(‘GO.db’,ask = F,update = F)
【R包安装网络】请问这种情况怎么处理呀
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最近镜像确实在抽风。 你可以做4个尝试： 1.网址的开头，有https和http可以选择，两个都试试 2.换几个镜像试试，清华北大中科大西湖都试试。如果是4.4及以下版本就不用试了，只有西湖还支持低版本，其他镜像都不支持了。 3.切换一下自己的网络，如宽带和手机热点之间切换。如果做过一些网络设置，比如代理，防火墙等，就把它们都关上。 4.不设置任何镜像，把tools-global options里和配置文件(如果没动过就不需要管)里的也都要删掉，这样就会使用官方网站，速度慢，但还是可以用的。
【R包安装】这几行是error
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install.packages(‘xxx’)，替换一下R包，然后运行一下
【R包安装确认】这样算是装好了吗
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是的装好了
【R包安装依赖】遇到报错了
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安装这个包：BiocParallel，BiocManager::install(“BiocParallel”)
【R版本更新】这个也算是报错对吧？下边这个选择a还是n
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输入n。另外，你的R语言版本较低，建议先升级到R4.5 版本
【突变分析软件】请问strelka call 胚系突变有较好的学习资料吗
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胚系突变不建议使用 strelka，somatic 才会用 strelka，推荐GATK 的 HaplotypeCaller，DeepVariant
【R语言绘图】请问这个颜色对应的规则是什么呢？为什么它能自动识别下调的是蓝色，不变的是黄色，上调的红色
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默认就是字母顺序，你的change列如果是factor的话就是因子水平，这里可以给向量一个名字 比如 c(up=”red”,down=’green”,stable=”grey”)
【生物信息学基础】表达芯片和表达矩阵的关系，是表达芯片是更原始的数据，经过处理后就是表达矩阵吗？
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区别如图，一个是原始数据，公司给的，一个是表达矩阵，作者处理原始数据得到的。表达芯片是一种技术，表达矩阵是一个矩阵，数据，不是一样的东西。
【R语言绘图】蓝色和红色小提琴图的两端各有一个黑点是什么呢，如何去掉或者需要去掉嘛？绿色的小提琴两端却没有。小洁老师的视频里也有这个黑点。
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那是箱线图的离群值
【R镜像设置】请问如果在美国的话，下载R也是中国清华的镜像吗？如果下美国的有影响吗
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在美国就跳过镜像这一步，不需要使用镜像。
【数据完整性】我自己尝试的时候，图1是网站上的分组，图2是我pData提取出来的临床信息，为什么只有两组了呢
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你运行完19行后，检查一下eset里面的临床信息子集，看是否也是两行，如果是的话就是数据不完整。确认不完整，你再用getgeo下载，同样检查看看，如果还是不完整，那就是作者上传的数据有问题，也没救了。
【生物信息学基础】是不是不管是哪个平台的原始数据都不应有负数。
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是的，都应该从源头开始。
【数据处理】两个问题，一个是我没用常规的去背景方法，一个是我把<0的小部分数据 取零了。这俩没问题的话，那这个数据就能用了。
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我觉得没有问题，最终检验标准是看文章，跟文章里面的差异基因对比看看。看生物学背景
【R/RStudio环境配置】因C盘空间有限，我把R Rstudio和rtools安装到了E盘
把R的library指向了E，rtools的E:Rtools44usrbin和E:Rtools44ucrt64bin写入了环境变量，目前看的话，有警告，但非报错，具体如下
使用library打开程序包时没有报错，检查路径为这样，想问下这样是否安装完成且环境配置正确了
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继续安装R包，看看是否有其他报错。如果没有，那就可以继续在这样使用。
【R包安装依赖】这个scRNAseq包装不了是为什么？
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提示缺Rsamtools，安装一下这个R包