微精选
米黄色为Delta的变种AY.4，之后的毒株都是Omicron大类的
美国Delta期间AY.103占比较大，Omicron后期 BA.2.12.1取代了BA.1和BA.2
BA.4和BA.5已经在南非占据绝对主导地位，并引发新一轮疫情高峰[3]
新冠病毒是正链RNA病毒，RNA病毒的自然突变概率高，达到0.0001～0.000001之间。
突变可以体现为单个或多个碱基的替换、增加或减少，突变会影响病毒性状，如传播性、致病性等。
突变的详细内容，可参照：
病毒的种群越大（感染人数越多）、单次感染持续的时间越长（警惕免疫缺陷患者长期感染），病毒突变的概率就越大。
假设病毒在某个患者体内出现可存活变异的几率为，则对于一个数量为n的宿主群体，病毒发生可存活变异的概率为
。即使为
很低，只要n足够大，
就趋近于1。
俄罗斯女子体内发现有18个变异点的新冠病毒。西伯利亚联邦大学基因组学与生物信息学系教授康斯坦丁·克鲁托夫斯基指出，这项研究工作首次确认了一个事实，即“新冠病毒在一个生物体内长期存在即会导致大量突变的出现”。[4]
当二种有亲缘关系的不同病毒感染同一宿主细胞时，它们的遗传物质发生交换，结果产生不同于亲代的可遗传的子代，称为基因重组（Genetic recombination）。
在大流行背景下，病毒经过2年多的进化，有越来越丰富的基因库。
由于国际交通非常发达，不同地区的主流毒株都有前往其他地区的机会，人群交叉感染多种毒株的现象严重，不同病毒重组产生新毒株的概率很大。
所以，随着时间的推移，病毒的变异和重组已经进入正反馈状态，病毒通过重组丰富自身基因库的效率会越来越高。
选择压是进化生态学中的概念，指外界环境施加给物种演化方向的压力，不同的外在的压力导致物种向不同方向演化。[5]
假如：一个基因的选择压为0.001（比如拥有A基因个体的存活率比其他个体高0.1%），那么一个频率为0.00001的显性基因只要16100个世代就可增加到0.99的频率。
计算原文档：选择压推算.xlsx
在自然界，当选择压高的时候，在短时期中就可以形成新的品种。
例如在青霉素发明的时候，细菌普遍没有耐药性，在普遍使用抗生素的环境中，少数可以耐药的细菌被筛选出来，成为主流。
而自然感染后、接种疫苗均会产生抗体，这些抗体会阻碍既有病毒的继续传播，所以抗体成为主要选择压。
抗体可以中和指定种类的病毒，形成的选择压较大。
生物群体在经历高死亡率的选择压后，会将个别适应环境的突变筛选出来，成为主流毒株。
“物竞天择、适者生存”。如果某病毒具备能适应环境的特征，传播速度就会显著加快，从而占据该地区的主导地位。
对人口有限的局部地区而言，抗体会阻碍后续感染，疫情传播速度会越来越慢，危害越来越小
自然感染后会产生抗体，疫苗接种也可以产生抗体，抗体在一定时间内对感染有保护作用，。
人群抗体比例越高，病毒传播过程中传播到有免疫能力个体的几率越大，病毒传播就越困难。
一个人口有限的地区，产生颠覆性突变毒株的可能性并不是很大，如果各个地区相互隔离，则大部分地区疫情会自发结束。
所以，“群体免疫”在特定环境（聚落人口有限，与外界交流极少）下是可行的。
例如英国阿尔法毒株在2020年冬季快速传播，产生高峰，疫情在2021年春天大幅好转。
如果没有Delta的输入，疫情的危害会持续降低。
如果某个可以免疫既有抗体的全新毒株出现，则该病毒有可能传遍全球，在各地打破既有的”群体免疫“，引发新一轮疫情。
这个问题由 绝对最靠谱。
我不太了解病毒变异的实时动态。不过从“很久没有听到新变异”的角度，Nature最近发了一篇新闻，可能会提供一个不同的视角。
Why call it BA.2.12.1? A guide to the tangled Omicron family (nature.com)
第一句是这样说的。
在可以预见的未来，新冠都将继续进化出新的变异，带来一波又一波的新感染。
对，这是新闻，不是经过评议的文章。但不代表这话就听不得，没道理。评议可以同行匿名做，也可以就这样公开做，很多期刊已经开始公开评议内容了。有异议的尽管提。
2020年以来，世卫组织通过用希腊字母命名的方式来宣示需密切关注的新变异株（VOC）。但今年以来，关注的全是Omicron和其家族内层出不穷的免疫逃逸亚型。例如，BA2.12.1已占北美流行的26%，而BA.4和BA.5已经在南非超过90%。
既然亚型这么多，Nature询问相关研究人员现行命名的意义，以及为什么世卫给新的变种希腊字母名称以取得政策制定者更高的关注。
新冠通过在细胞内复制积累突变。这就意味着每天都会产生数以百万的突变体。但绝大多数突变并不会提高病毒的生存或复制能力，因此这些变异会遭到淘汰。
但是，少数突变体会留下。研究者需要对这样的情况进行基因组学监控，通过相同的变异发现流行株，然后由生物信息学家进行进化分析，从而确定病毒的命名。一个由二十余位进化生物学家和生物信息学家组成的团队，Pango，就在进行这样工作。
团队名字来自于一个由爱丁堡大学（不是上海）生物信息学家Aine O’Toole开发的叫作Pangolin的软件。如果分析认为新的样品来自于进化树的某个节点，就意味着新冠又产生了新的分支。决定是否为新分支命名时，Pango需要考虑该突变体是否会持续流行，以及其突变所在位置是否会带来竞争优势。目前来看，分支的标示并不意味着风险。更多只是让科学家保持关注。
爱丁堡大学的进化生物学家，也是Pango成员Andrew Rambaut说：“我们想要为每一个早期出现的变异体命名以便持续观察其是否具有生存优势。你可能没机会听说绝大多数我们命名的突变体，因为它们都被淘汰消失了。”
命名变异体时，Pango委员会使用一个层级系统来表示变异体的进化历史和发现的次序。首字母是谱系的标示，从A到Z排列。然后是AA到AZ，BA到BZ，以此类推。后缀用句点分隔的数字代表在该谱系内的分支次序。例如BA.1，BA.2，BA.3，BA.4和BA.5是Omicron始祖率先分化的五个分支。而BA.2.12.1表示从BA.2分化出的第十二个谱系中第一个被命名的分支。所有的亚型都是不同的变异体，但研究者沿用旧标示以表示所有谱系都来自于Omicron。
如果变异体可以更有效地免疫逃逸，或具有更高的致病性，或更强力的传播力，世卫组织可能会决定这是一个新的VOC，并将其名称改为希腊字母。例如，去年一个具有多个突变的变异体B.1.1.529快速兴起，导致世卫在11月将其名称改为Omicron。一言以蔽之，Pango的命名更多是为研究者追踪病毒的进化服务，而世卫的命名系统更重视与公众交流的便利性。
既然有这么多变异体，这说明新冠的进化比其它病毒更快吗？Rambaut说不一定。研究者发现新冠有很多变异体，但对新冠变异的关注也是前所未有的。自2020年1月以来已经有一千一百余万组新冠基因组数据上传到GISAID数据平台。与之相比，自2008年5月以来，只有约一百六十万流感基因组上传到GISAID数据库。
Rambaut说，还有很多关于新冠进化的问题需要解决。世界某些地方的测序资料是几乎空白的，而有些爆发流行的地区正在减少基因组学的监控。
Omicron的亚型如BA.4有没有可能最终获得希腊字母命名？有可能，不过目前尚未提上日程。一些研究者认为Omicron的亚型如BA.4和BA.2.12.1在掀起流行的浪潮，应该获得更简单的名字以便于政府和民众沟通，尤其是现在诸如口罩之类的公卫措施正在减少的时候。他们同时指出，媒体还很少提及关于免疫逃逸的问题。与Delta的亚型不同，BA.4和BA.2.12.1可以突破其它早期Omicron亚型感染带来的免疫屏障。南非CERI的生物信息学家Houriiyah Tegally说：“这令人非常意外。每个人都认为只有新变异株会造成新流行。但现在我们看到Omicron的亚型就可以做到。也许需要改变命名系统了。”
但世卫组织目前还没有这样的计划。世卫的病毒学家Lorenzo Subissi说Omicron的亚型间免疫逃逸能力的差别不大，无需单独命名。他补充说如果未来的研究证明Omicron的某个亚型会导致更严重的症状，世卫的评估可能会改变。世卫新冠反应小组的技术负责人Maria Van Kerkhove补充，世卫组织并不推荐通过用希腊字母命名的方式来提起领导人的重视。她表示：“新冠已经是一个可怕的病毒，造成了大量人口的非必要死亡。”她认为这足以让领导人提起重视。
翻译完这篇新闻，我不由想起了魔法部……
看到评论区有部分朋友怀疑咱开局一张图，内容全靠编？
刚好这里有个今天刚刚出的预印本，
作者跟下面那张聊天图厚码部分有一丢丢关系，
请品鉴啦：
当然了，这份预印本里的神秘变异株只是截止到2021年8月的过气货而已，
下面咱打码的是2022年5月份的新鲜货，哼哼哈哈
谢老铁邀，稍微剧透一点得了。
近期伊朗、阿根廷、墨西哥、美国（加州）都有全新未分类的变异株冒头。
只不过在八字还没一撇的状态下不方便公开而已。
——比如说，请品鉴：
加州这款刺突蛋白RBD结构域T430P+S438F+N439T+E484A+F486V+S494P+Q498H的变异株可还够劲儿？
当然了，GISAID上查不到这款，pango designation那边更是没影儿。
没办法，咱最多只能在简中互联网这边稍微剧透一嘴而已，还得打厚码。
其实还有一些更邪门的玩意儿，但现在不能公开，一个字都不能提。
各位感兴趣的话，可以留意高福老师他们近期将会发表的新论文。
含焦量爆表哦！
初代毒株之后最重要的第一个突变是阿尔法（20年12月，英国）。
下一个重要突变是德尔塔（21年5月，印度）。
半年一个新毒株都算匀速变异了。所以很多问题都跟不看合订本有关。
2021年11月9日，奥密克戎第一次被发现
现在是2022年5月，充其量也就过去了半年，哪来的两年
补一句：变异根本没有停止，只是没有命名新的希腊字母了，即使是新款BA.5还没出现多久就已经变出来了BE.1（BA.5.3.6.1）
并没有，而且可能更快了。
上一张图吧：
在2021年12月中旬，新冠的变异率中位数从1.60%左右飙升至2.14%，并且继续向上爬坡……
记忆好的朋友应该马上就回过味儿来了，那正是奥密克戎开始爆发的时间。
你没听到新病毒，主要是因为媒体报道的非专业性，以及新闻本身应当具备的爆点缺乏所致。
大多数人应该都听说过阿尔法、贝塔、德尔塔、奥密克戎这些毒株，但很少有人知道，这其中任何一个名字，都是成百上千种被命名毒株的集合体。
我们常见的阿尔法、贝塔、德尔塔、奥密克戎这几个名字，是世卫组织赋予名字的VOC，也就是variant of concern，值得担忧的变异株；还有一个与之近似的概念，称作VOI，variant of interest，值得关注的变异株。
你从VOC和VOI的含义就能知道，这肯定不是全部的病毒变异株。
因为病毒的实际突变速度是非常快的，用希腊字母命名，哪怕加上八十八星座其实也是远远不够的，而且世卫也不管这个。
通常来说，学界在用另一套毒株命名方式。
它是来自PANGO委员会的编号。
我尝试着简单讲一下这套编号的规则。
首先，在全球各地的一线病毒监测人员发现了某种病毒，他们就会借助一个名为PANGOLIN（Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages，你一看就知道它是专门拿来命名这类病毒爆发的系统）的软件渠道，将自己发现的病毒序列提交给PANGO委员会，而后，PANGO委员会就会根据一定的规则为这个病毒赋予名字。
而这个名字也是很有讲究的，举个例子，奥密克戎在成为奥密克戎之前，它叫B.1.1.529。
这串数字代表什么呢，我们分开看。
B.1.1，这也是一个毒株的名字，这个毒株是它的直接祖先，你可以理解为，B.1.1.529是它的孩子。
而B.1也是一个毒株的名字，它是B.1.1的直接祖先，你可以理解为，B.1.1是它的孩子，顺带一提，B.1就是早年肆虐全球的D614G，而D614G代表的又是另一种含义了，篇幅有限，这里就不展开了。
那么B又是什么呢？B是整个这一支家族谱系的专用标签，你看到前头带B的编码，就知道它们是一个家族了。这个标签从ABCD一直到Z，用完之后就变成AA、AB，用过EXCEL吧？是一样的。
类似的，你看到B.1.1.528，你就明白这家伙是奥密克戎的同胞兄弟，并且比它早一点被发现。
B.1.1.529，这个名字清晰地表明了它的身份，它的族裔，它的历代祖先，并能让你直接识别出它的兄弟姐妹，这就是PANGO命名法的优越性。
那么，在PANGO命名法的体系下，有多少种毒株呢？
你可以通过这里去看看，几万种还是有的：
而你之所以没有听说过它们，是因为这些毒株大部分都比较废，普普通通没什么好说的。
只有极少数的天选之子，会被世卫关注，列位VOI，而这其中更是只有极少数中的极少数，会被列入VOC。
并且呢，世卫的这个标准也不太一致，早期格外慷慨，像是贝塔、伽马这些VOC，其实都没有全球流行过，杀人数总体也不多（当然它们还有别的可怕特征，比如这俩招牌就是免疫逃逸）。
如果是早期标准，现在正在开始肆虐全球的BA.4、BA.5大概已经命名为派了……
但是因为世卫的定名收紧（可能是因为担心名字不够用），媒体们对于这种连个江湖诨号都没有的“杂鱼毒株”也就懒得报道，甚至一无所知。
补充阅读，几篇命名法的科普：
科普｜为何叫它BA.2.12.1? 奥密克戎家族命名揭秘_变异_病毒_谱系
Alpha、Beta、Delta……新冠变异毒株们有哪些区别？- 四川省人民政府
只要我不分类，病毒就没有新的种类！
话说，原始毒株和alpha,beta之流的交叉免疫，比BA.1,BA.2，BA.2.12.1，BA.5中的任意两个之间的交叉免疫，都要强……
小时候，看着车牌刚换成蓝色底白色字的时候，那时候上牌是按数字顺序的，一大关注点就是街上的新车排到多少号了，99999以后怎么办呢？
噢，原来是往前加字母，机动车再多就不按顺序来了
以前有刺突蛋白变异就给变异株发个新的希腊字母
可是这个单链RNA病毒很不稳定
现在防止希腊字母不够用了，变异株由字母＋谱系命名，字母已经准备了两位AA-AZ，用完就BA-BZ
你没听到朗朗上口的新名字不是新冠不变异了，是老车牌跟不上机动车新增了
我不知道你们是不是一伙的，就这么公然带节奏。
我这个群是北京最新一轮被集中隔离的小区群，就有人能在这个群里散布类似奥密克戎的假信息，这上百口子在酒店里隔离好多天的人如果因此产生不满抗拒，后果不堪设想。
就这么满嘴胡说八道的文章，什么疫苗检测都没用，什么不变异了，得了不会再得，得了上呼吸道都没事还不如流感，还哈佛牛津。
我真的挺生气的，看社区工作人员也没出来说点啥，没忍住在群里辟谣了。
你们就带节奏吧，还有跟着瞎折腾的，是不是真的蠢啊？
奥密克戎都变异到5了，台湾好几千人反复感染，重症破万死了好几千人了，孩子新冠引发脑炎mis-c都死了小20个了。
也是奇怪，就这些真实的信息，官方没有任何普及动作，让一群傻子和坏人传播这种无知谣言，好像回到了我小时候德国的下水道美国的肯德基。
评论都被系统删了，只有一条共存的没被删
新冠病毒的变异不是停止了，而是加快了。
只要不检测，就没有确诊案例？
只要CT检测忙不过来，那就是无症状感染者？
不命名新版本，不代表新冠病毒停止变异。
从2020年初新冠病毒的原始毒株，到德尔塔变异毒株，仅仅从希腊字母就可以知道，这中间已经有了很多和变异版本。
这些变异版本都没有引起国内民众的关注，是因为在德尔塔变异毒株之前，都没有在国内本土引发影响较大的一波疫情。
德尔塔变异毒株之所以引起重视，主要有两个原因:
一、德尔塔变异毒株在印度引发了一波大规模的疫情；
二、2021年5月21日广州德尔塔的疫情；
在德尔塔变异毒株之前，国内除了输入病例，国内有一年多的时间内几乎没有本土新增病例。
奥密克戎变异株最早出现于2021年11月。当时，南非、博茨瓦纳等非洲国家相继发现了一种新的新冠病毒变异株B.1.1.529。专家称，该变异株有大量突变，可能有更强的传染性。
2021年11月26日，世界卫生组织（WHO）正式将此变异株命名为奥密克戎，并定义为令人担心的变异株（Variants of Concern，VOC），和席卷全球的德尔塔变异株同一级别。
奥密克戎变异毒株对国内的影响非常大。国内“动态清零”疫情防控政策就是在对付奥密克戎变异病毒过程逐渐成熟起来。
2021年1月8日，天津市第一个抗击奥密克戎变异病毒。
造成上海疫情的是奥密克戎BA.2，是国内规模最大的一波疫情。这个版本比奥密克戎初始版本的传染力已经增强了很多。
目前流行的奥密克戎已经是BA.4和BA.5版本。
从变异的程度、传染能力等角度来看，奥密克戎BA.2和BA.5和奥密克戎原始毒株差别很大，已经可以重新命名新版本了。
为什不用新名字来命名这几个新冠病毒的新毒株呢？
因为从2021年底开始，配合奥密克戎疫情，国外势力的疫情攻击战略是误导和逼迫中国接受“与病毒共存”，幻想拉中国下水。
因此2021年底开始，各种“大号流感”、“最后一个寒冬”的言论此起彼伏，某网红医生更是不余遗力的吹嘘要“与病毒共存”。
如果把BA.2和BA.5用新名字命名，那不是直接打他们的脸吗？
可以预测，只要国外势力对中国疫情攻击的策略没有改变，新冠病毒就不会出新的版本名称，只会在奥密克戎加小版本号。
这两年以来主要流行欧米可溶的主要原因是把新变异都定义成欧米可溶了，现在流行的欧米可溶已经是新新新新新欧米可溶了，都变异五回了，你这么定义的话我只能说新冠从未变异，因为变异之后的新冠也是新冠。
至于共存就‘疫情结束了’纯属放狗屁，欧米可溶的传播速度加上其变异能力，尤其是可重复感染这一点，一旦任由其传播有足够的阳性患者之后就再也无法控制和中断传播，而变异的病毒是可能会出现免疫逃逸的，结果就是从一个免疫逃逸迈向另一个免疫逃逸，从一次群体免疫走向另一次群体免疫，像这种‘只要我不管新冠就结束了’的经典‘我闭上眼睛就是天黑’的傻卵唯心主义言论是怎么理直气壮说出嘴我我是真搞不明白。
共存派乐子：‘新冠结束了’ ‘怎么结束的？’ ‘就是当它不存在’
楚虽三户，亡秦必楚。
奥米克戎内部分裂成了好几派在混战，其实严格意义上说，分家差异已经大到可以独占一个名字了，但WHO懒得折腾了，就这样吧。
美国病毒内战图，BA.2干没了BA.1，然后BA.2.12.1上位很快，卷没了BA.2，但最近天道好循环，来自南非的BA.4/5最近两周迅速上位大有赶超之势
友情提示，搓米问答可以看到问题日志的，可以看到这个提问最早的样子。后续每个人都可以对问题进行修改，你现在看到的是最新修改的问题。所以很可能存在一群人对着最初的提问进行回答，回答完了有人把问题给改了，最后导致回答和提问对不上号。
当然，如果这个问题上了热搜，搓米问答后台会把问题编辑给关了，这个时候就改不了了。
最初的问题是“发现奥密克戎已经两年了”。
你不怎么关注这方面的新闻而已。
实际上新变异毒株出现的速度比去年还加快了很多，多到把造假之声的蛙编都搞到破防了。
很多人就是被国家保护得太好了，觉得新冠的危害不过如此。
你去看看台湾的社交平台和新闻媒体，一天七八万的新增病例，死亡病例里面还有一些十岁以下的小孩。
反正台湾的网友们是有些绷不住的。
新冠变异从未停止，但是不是每个变种都有资格拥有自己的名字。
首先目前影响力较大的几个新冠变种是Alpha(B.1.1.7) , Beta(B.1.351), Delta(B.1.617.2) , Gamma(P.1), Omicron (B.1.1.529)，这罗马味儿的名字来自于WHO。WHO会对关键的兴趣变体(VOI)和关注变体(VOC)进行命名。但是除此之外，还有大量的其他变体存在
目前奥密克戎确实是最新的一个变体大类，但是奥密克戎本身就有很多的亚型变体包括但不限于：B.1.1.529，BA.1，BA.1.1，BA.2，BA.3， BA.4 , BA.5
各国都是在不停地经历着不同变种迭代流行.
正所谓山头变换大王旗，新冠覆盖星条旗。下图是美国最近的新冠变种流行情况，可以看到3个月内已经被BA1.1 / BA.2 / BA.2.12.1 犁过好几遍了，后面BA.4 BA.5正在发育
关于BA.4, BA.5的详情，可以参考 的帖子。
