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【原】生信编程11.根据gtf格式的基因注释文件提取人所有基因的染色体坐标

【原】生信编程11.根据gtf格式的基因注释文件提取人所有基因的染色体坐标

 有一些五六年前的学生们都成长为了各个生物信息学相关公司的小领导,而且他们都有了自己的公众号,知乎号,也算是一番人物。最近他们跟我反馈面试找不到或者说很难直接考核筛选到认真干活的生信工程师,挺有意思的。让我想起来了早在生信技能树论坛创立之初我为了引流,而规划的200个生信工程师面试题。值得继续分享:

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三分钟教你如何快速熟悉电脑,怎样快速准确的熟悉键盘打字以及快捷键的使用

之前的几篇文章说了一下电脑的快捷键,很多朋友回复我很有用处。希望我能多发点关于如何使用电脑的知识,能用一种很简单的方法记住这些使用电脑的技巧。怎么说呢!凡事只要你努力,就没有你办不到的事。下面下边总结了一下如何快速的熟悉电脑,让你分分钟对电脑有一个全新的认识。如何运用一个台式电脑或者笔记本,首先你要知道电脑的组成部件有哪些?光说外表的话,一个电脑无非就是一个显示屏和一个键盘。显示屏你用眼去看就行,但是键盘你一定要了解。因为你的所有意向和操作都是通过电脑的键盘传输出去的,所以说电脑的键盘也是一个电 更多

GTF全程为gene transfer format,主要用对基因进行注释。GTF文件共由9列组成,这两种数据的前8列都是相同的,存在一些细微的差别。

原文链接:https://blog.csdn.net/sinat_38163598/article/details/72851239

这里以GRCh38为例

我们的要求是提取基因的染色体坐标

首先我们要明确这个注释文件到底有几个来源

#245472 ENSEMBL #2654302 HAVANA

该文件中的注释信息有两个来源,我们挑选数据多的HAVANA

结果文件如下:

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