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【原】三阴性乳腺癌表达数据探索笔记之GSVA分析

【原】三阴性乳腺癌表达数据探索笔记之GSVA分析

学徒和学员已经陆续出师,是时候把生信技能树的舞台交给后辈了!

现代美女免抠PNG透明图片(第三集)

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三分钟教你如何快速熟悉电脑,怎样快速准确的熟悉键盘打字以及快捷键的使用

之前的几篇文章说了一下电脑的快捷键,很多朋友回复我很有用处。希望我能多发点关于如何使用电脑的知识,能用一种很简单的方法记住这些使用电脑的技巧。怎么说呢!凡事只要你努力,就没有你办不到的事。下面下边总结了一下如何快速的熟悉电脑,让你分分钟对电脑有一个全新的认识。如何运用一个台式电脑或者笔记本,首先你要知道电脑的组成部件有哪些?光说外表的话,一个电脑无非就是一个显示屏和一个键盘。显示屏你用眼去看就行,但是键盘你一定要了解。因为你的所有意向和操作都是通过电脑的键盘传输出去的,所以说电脑的键盘也是一个电 更多

文献解读

数据下载及理解

差异性分析

差异基因的富集分析

TNBC定义

三阴性乳腺癌表达数据分析笔记之PAM50

三阴性乳腺癌表达矩阵探索笔记之GSEA

除了GSEA之外,还有很多其他类型的分析方式,用到的统计学原理有差别。如GSVA,SSGSEA, PGSEA

GSVA与GSEA的差别在于,这种方法不需要对基因进行排序,因此也意味着不需要首先进行其他的统计学分析,如基因在样本之间的表达差异,如变化倍数,然后根据变化值从高到低进行排序。只需要样本内基因的排序,每个样本内部可以根据基因表达的count值来进行排序,从而在样本内部是否有基因富集。针对每个样本进行分析。

表达矩阵,需要进行ID转换,需要SYMBOL号,这根据下载的数据集类型,和GSEA用到的数据集,从MSigDB 下载

需要分组信息

基因集(gene_list)

GSVA对数据库中的每一个通路在每个样本中算了一个值,相当于GSEA的enrichment score, 如果得分越高,说明这个通路在该样本中被改变的越严重。

得到的GSVA得分矩阵可以用来做差异分析,看哪些通路在两个分组中存在差异,类似于基因表达差异分析。

这些分析,基本上读一下我五年前在生信技能树的表达芯片的公共数据库挖掘系列推文 就明白了;

我把3年前的收费视频课程:3年前的GEO数据挖掘课程你可以听3小时或者3天甚至3个月,免费到B站:

然后马上就有了3千多学习量,而且有学员给出来了图文并茂版本万字笔记,让我非常感动!

扫描下面二维码马上就可以学习起来啦,笔记需要至少半个小时来阅读哦!

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三分钟教你如何快速熟悉电脑,怎样快速准确的熟悉键盘打字以及快捷键的使用

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